More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1102 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
314 aa  644    Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  63.07 
 
 
306 aa  421  1e-116  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  61.36 
 
 
311 aa  411  1e-114  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  61.69 
 
 
311 aa  411  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  50.33 
 
 
323 aa  293  2e-78  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  50.16 
 
 
319 aa  292  4e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  51.99 
 
 
305 aa  288  7e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  50.33 
 
 
331 aa  280  2e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  49.67 
 
 
302 aa  278  6e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.25 
 
 
309 aa  278  7e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  50.33 
 
 
302 aa  278  9e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  49.67 
 
 
302 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
302 aa  278  1e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
302 aa  277  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  50 
 
 
302 aa  277  2e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  50 
 
 
302 aa  277  2e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
302 aa  276  3e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  49.67 
 
 
302 aa  275  9e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  51.03 
 
 
302 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  51.03 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.17 
 
 
308 aa  272  5.000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  48.47 
 
 
305 aa  271  7e-72  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  48.68 
 
 
304 aa  270  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.02 
 
 
306 aa  270  2e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  46.69 
 
 
306 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.33 
 
 
296 aa  268  7e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  47.3 
 
 
304 aa  267  2e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.35 
 
 
301 aa  266  2.9999999999999995e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  47.49 
 
 
334 aa  266  4e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  47.7 
 
 
304 aa  265  5e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  46.23 
 
 
326 aa  265  7e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.07 
 
 
303 aa  261  1e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.93 
 
 
296 aa  260  2e-68  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  46.91 
 
 
313 aa  259  4e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.42 
 
 
320 aa  258  7e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  45.97 
 
 
305 aa  256  4e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.63 
 
 
306 aa  254  1.0000000000000001e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.07 
 
 
300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
313 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  46.08 
 
 
306 aa  250  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  46.26 
 
 
303 aa  249  3e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.07 
 
 
300 aa  249  4e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.23 
 
 
326 aa  249  5e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  45.33 
 
 
305 aa  248  8e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 
347 aa  248  8e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.67 
 
 
312 aa  247  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  43.09 
 
 
345 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.86 
 
 
319 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  45.55 
 
 
326 aa  246  3e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.18 
 
 
319 aa  246  4e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  44.74 
 
 
302 aa  246  4e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  41.89 
 
 
377 aa  245  9e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  43.09 
 
 
343 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  41.5 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  43.09 
 
 
343 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.48 
 
 
320 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.33 
 
 
343 aa  243  3e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.2 
 
 
326 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  43.23 
 
 
315 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  41.46 
 
 
334 aa  242  5e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43.85 
 
 
310 aa  242  6e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.98 
 
 
303 aa  242  7e-63  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.18 
 
 
319 aa  241  7.999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.26 
 
 
343 aa  241  9e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 
305 aa  240  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  45.48 
 
 
305 aa  240  2e-62  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
341 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  43.22 
 
 
341 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  43.26 
 
 
334 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  43.95 
 
 
334 aa  239  5e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40 
 
 
344 aa  239  5e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.81 
 
 
324 aa  239  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  43.12 
 
 
342 aa  239  5.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.56 
 
 
333 aa  238  6.999999999999999e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  40.78 
 
 
316 aa  238  6.999999999999999e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  43.38 
 
 
322 aa  238  8e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.38 
 
 
334 aa  238  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.38 
 
 
347 aa  238  1e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.9 
 
 
332 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.57 
 
 
319 aa  237  2e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 
323 aa  237  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.04 
 
 
322 aa  236  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.14 
 
 
348 aa  236  3e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.18 
 
 
305 aa  236  4e-61  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  40.79 
 
 
315 aa  236  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  40.82 
 
 
319 aa  236  4e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  40.82 
 
 
319 aa  236  4e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  41.29 
 
 
346 aa  234  1.0000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  40.67 
 
 
354 aa  233  3e-60  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.85 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  43.58 
 
 
304 aa  233  4.0000000000000004e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  43.71 
 
 
300 aa  232  5e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.67 
 
 
335 aa  232  5e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  41.9 
 
 
332 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  41.99 
 
 
326 aa  231  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  39.05 
 
 
482 aa  231  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  41.35 
 
 
343 aa  230  2e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  42.28 
 
 
320 aa  230  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  40.5 
 
 
337 aa  230  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.33 
 
 
350 aa  230  2e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>