More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0034 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
538 aa  1075  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  74.95 
 
 
541 aa  763  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  46.99 
 
 
569 aa  473  1e-132  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.32 
 
 
546 aa  422  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  44.4 
 
 
558 aa  414  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  42.54 
 
 
518 aa  386  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.86 
 
 
531 aa  383  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.71 
 
 
569 aa  372  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  37.77 
 
 
520 aa  354  2e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  37.57 
 
 
520 aa  353  4e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  38.95 
 
 
517 aa  330  5e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.12 
 
 
526 aa  323  3e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.04 
 
 
517 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.05 
 
 
517 aa  317  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.85 
 
 
517 aa  316  8e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  38.33 
 
 
519 aa  315  1e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  39.05 
 
 
503 aa  310  5e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.1 
 
 
504 aa  306  8e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  39.04 
 
 
506 aa  305  1e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.43 
 
 
516 aa  305  2e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.66 
 
 
504 aa  303  5e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.63 
 
 
503 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.21 
 
 
523 aa  296  7e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  33.08 
 
 
547 aa  295  1e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.52 
 
 
504 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.92 
 
 
486 aa  279  9e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.07 
 
 
494 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.67 
 
 
502 aa  275  2e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.72 
 
 
493 aa  271  3e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.74 
 
 
483 aa  270  6e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.51 
 
 
482 aa  268  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  36.4 
 
 
479 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  37.6 
 
 
512 aa  261  2e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.69 
 
 
483 aa  260  4e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.06 
 
 
497 aa  259  9e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.16 
 
 
483 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  34.02 
 
 
520 aa  257  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  37.97 
 
 
479 aa  256  7e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.33 
 
 
484 aa  253  8e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  35.77 
 
 
479 aa  252  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.12 
 
 
484 aa  252  1e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.53 
 
 
513 aa  250  4e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.88 
 
 
511 aa  250  4e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.13 
 
 
512 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  35.46 
 
 
511 aa  246  9e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.95 
 
 
509 aa  245  1e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  34.17 
 
 
547 aa  245  1e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.46 
 
 
525 aa  244  2e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.98 
 
 
501 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.24 
 
 
483 aa  243  5e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.74 
 
 
515 aa  243  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.77 
 
 
518 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  36.38 
 
 
504 aa  243  8e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.41 
 
 
491 aa  243  8e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.4 
 
 
500 aa  241  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.54 
 
 
465 aa  242  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.76 
 
 
470 aa  241  2e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.03 
 
 
492 aa  241  3e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.95 
 
 
473 aa  241  3e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.44 
 
 
489 aa  240  6e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.32 
 
 
504 aa  239  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.58 
 
 
473 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  33.12 
 
 
479 aa  237  4e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  35.67 
 
 
465 aa  237  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3560  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.32 
 
 
493 aa  237  5e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.59 
 
 
517 aa  233  7e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.97 
 
 
482 aa  233  7e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  37.42 
 
 
520 aa  231  3e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.72 
 
 
521 aa  230  6e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  30.75 
 
 
489 aa  229  7e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.69 
 
 
464 aa  229  9e-59  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.72 
 
 
533 aa  228  2e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  30.75 
 
 
479 aa  228  3e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2526  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.7 
 
 
504 aa  227  4e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  35.82 
 
 
499 aa  225  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.48 
 
 
532 aa  224  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.05 
 
 
485 aa  223  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.49 
 
 
495 aa  223  1e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  33.83 
 
 
472 aa  222  1e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.37 
 
 
486 aa  222  1e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.3 
 
 
512 aa  220  5e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00901  multidrug resistance efflux pump protein  36.03 
 
 
495 aa  220  6e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.46 
 
 
471 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.18 
 
 
462 aa  219  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  33.96 
 
 
472 aa  219  8e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6156  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.78 
 
 
560 aa  219  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0572523 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.05 
 
 
504 aa  218  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.33 
 
 
475 aa  218  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.24 
 
 
471 aa  218  3e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.24 
 
 
471 aa  218  3e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3547  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
477 aa  217  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.138729  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1818  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.43 
 
 
482 aa  217  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.332659  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.45 
 
 
496 aa  216  9e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.45 
 
 
496 aa  216  9e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6272  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.59 
 
 
558 aa  216  1e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.397121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.69 
 
 
471 aa  216  1e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1281  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.78 
 
 
561 aa  215  2e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2426  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.9 
 
 
487 aa  214  3e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.335348  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.24 
 
 
490 aa  214  5e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6550  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.59 
 
 
561 aa  213  5e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.984668  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>