More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001145 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001145  putative outer membrane protein  100 
 
 
547 aa  1120    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  38.23 
 
 
569 aa  373  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1914  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.9 
 
 
531 aa  364  3e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000272629  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0284  outer membrane efflux family protein  38.3 
 
 
518 aa  343  5e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.552621  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1740  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.99 
 
 
517 aa  335  2e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.16 
 
 
546 aa  331  2e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0630  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.6 
 
 
569 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00465168 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  34.87 
 
 
558 aa  324  2e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2820  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.1 
 
 
517 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2742  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.91 
 
 
517 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1710  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  34.02 
 
 
519 aa  311  1e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.733437  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44210  multidrug efflux pump outer membrane lipoprotein  36.05 
 
 
506 aa  308  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.489954  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2139  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.42 
 
 
517 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0143  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.76 
 
 
541 aa  306  8.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.302016 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0034  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.65 
 
 
538 aa  301  3e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.677331 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0749  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.44 
 
 
504 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0715  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.82 
 
 
504 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.871689  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6455  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.4 
 
 
516 aa  291  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.220531 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0753  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.03 
 
 
504 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.13209  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4468  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.75 
 
 
503 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.151382  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2436  hypothetical protein  33.27 
 
 
520 aa  276  6e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2582  hypothetical protein  33.27 
 
 
520 aa  273  5.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  33.73 
 
 
503 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.67 
 
 
502 aa  254  3e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.51 
 
 
493 aa  237  5.0000000000000005e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  32.31 
 
 
479 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
486 aa  234  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5852  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.26 
 
 
523 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.741914 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.06 
 
 
482 aa  230  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  30.72 
 
 
479 aa  230  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.1 
 
 
494 aa  230  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.2 
 
 
497 aa  229  8e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0447  Fis family transcriptional regulator  30.42 
 
 
512 aa  227  4e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.818927 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0868  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.64 
 
 
526 aa  225  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3443  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.2 
 
 
486 aa  223  9e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.267273  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2318  outer membrane protein  31.54 
 
 
479 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510391  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2435  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.24 
 
 
500 aa  220  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0164231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.07 
 
 
489 aa  218  2.9999999999999998e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.25 
 
 
525 aa  216  8e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0689129  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0874  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.47 
 
 
483 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.21 
 
 
509 aa  212  1e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4060  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.75 
 
 
492 aa  208  2e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2127  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.05 
 
 
513 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  29.72 
 
 
479 aa  207  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1695  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.86 
 
 
512 aa  207  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.57 
 
 
483 aa  206  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1481  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.15 
 
 
491 aa  205  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.290116  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1155  MFS efflux system, outer membrane porin  29.38 
 
 
511 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159689  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4575  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.98 
 
 
483 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4452  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.37 
 
 
484 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0511722  normal  0.669116 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1325  major facilitator superfamily efflux pump outer membrane lipoprotein  28.8 
 
 
547 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.324666  normal  0.0263416 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2924  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.71 
 
 
511 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3208  putative drug efflux lipoprotein  32.94 
 
 
486 aa  201  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0332853  normal  0.0695421 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4998  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.1 
 
 
515 aa  199  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599541  normal  0.824643 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2502  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.46 
 
 
533 aa  199  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.568762  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  31.4 
 
 
470 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1273  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.16 
 
 
484 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0681573  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.52 
 
 
471 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.52 
 
 
471 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1415  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  29.6 
 
 
520 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.94 
 
 
471 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2240  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.71 
 
 
518 aa  196  7e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  31.52 
 
 
465 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  31.68 
 
 
520 aa  196  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2670  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.44 
 
 
532 aa  196  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0133401  normal  0.268883 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  27.7 
 
 
489 aa  195  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.6 
 
 
465 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  27.7 
 
 
479 aa  194  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.42 
 
 
473 aa  194  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4486  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  29.02 
 
 
512 aa  193  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5243  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.03 
 
 
537 aa  193  7e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.727139  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1871  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.75 
 
 
485 aa  193  8e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.97882  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1397  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.51 
 
 
483 aa  192  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0470639  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5656  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.44 
 
 
501 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162521  normal  0.0223313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.85 
 
 
471 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2483  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.53 
 
 
486 aa  189  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.183146  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.82 
 
 
529 aa  189  1e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3184  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  28.46 
 
 
475 aa  189  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2680  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.31 
 
 
490 aa  189  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5103  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.46 
 
 
502 aa  189  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5642  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.78 
 
 
481 aa  188  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.20764  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  28.75 
 
 
504 aa  188  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5379  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.21 
 
 
482 aa  188  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.320478  normal  0.694464 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1557  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.14 
 
 
495 aa  187  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275301  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.08 
 
 
473 aa  187  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  27.9 
 
 
504 aa  187  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.19 
 
 
462 aa  186  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3318  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.98 
 
 
492 aa  186  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.36 
 
 
482 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  27.62 
 
 
517 aa  185  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3549  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.37 
 
 
486 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.504224  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.6 
 
 
501 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3709  RND efflux system outer membrane lipoprotein  27.9 
 
 
485 aa  182  9.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.53 
 
 
470 aa  182  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1267  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  28.88 
 
 
512 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522165  normal  0.0121166 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0105  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  28.48 
 
 
457 aa  181  2.9999999999999997e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.265235  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  31.5 
 
 
472 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1702  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  26.55 
 
 
521 aa  181  2.9999999999999997e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3604  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.88 
 
 
483 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6576  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.38 
 
 
486 aa  181  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189309  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>