More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3861 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  536  1e-151  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 259 aa  163  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 252 aa  155  6e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  33.07 
 
 		 265 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 260 aa  149  5e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 252 aa  146  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 258 aa  144  2e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1946  DNA-binding response regulator  33.97 
 
 		 257 aa  143  3e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 251 aa  142  7e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 253 aa  139  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 259 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 538 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 233 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  29.41 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  36.16 
 
 		 546 aa  122  4e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  31.42 
 
 		 251 aa  118  9e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  28.85 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0213  response regulator receiver  29.76 
 
 		 252 aa  113  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0207  response regulator receiver protein  29.76 
 
 		 252 aa  112  8.000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 509 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 556 aa  105  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  39.62 
 
 		 519 aa  103  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 414 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  43.1 
 
 		 542 aa  103  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 543 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  39.2 
 
 		 519 aa  103  3e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  27.38 
 
 		 231 aa  103  4e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  27.38 
 
 		 231 aa  103  4e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  35.37 
 
 		 365 aa  102  5e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 535 aa  102  5e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  27.38 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  43.81 
 
 		 530 aa  102  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  27.38 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  42.74 
 
 		 532 aa  101  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  27.09 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 508 aa  101  1e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3249  two component transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 531 aa  101  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0314  two component transcriptional regulator, AraC family  46.23 
 
 		 494 aa  100  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  38.97 
 
 		 525 aa  99  7e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 509 aa  98.6  8e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 507 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 532 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 507 aa  96.7  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2007  two component AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 529 aa  95.9  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 534 aa  94.4  2e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 548 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  29.52 
 
 		 266 aa  94  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  29.15 
 
 		 1384 aa  93.6  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 548 aa  93.2  4e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 513 aa  92.8  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 532 aa  92.4  7e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 		 515 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  29.28 
 
 		 1335 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0149  two component transcriptional regulator, AraC family  36.75 
 
 		 525 aa  89.4  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 251 aa  89.4  6e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 502 aa  89.4  6e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  32.68 
 
 		 386 aa  89  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 539 aa  88.2  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  29.2 
 
 		 1370 aa  87.4  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  28.41 
 
 		 1296 aa  87.8  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  38.66 
 
 		 209 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000436161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  37.7 
 
 		 209 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.21 
 
 		 211 aa  86.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4320  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 427 aa  85.9  6e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  33.13 
 
 		 526 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  38.46 
 
 		 537 aa  84.3  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  29 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 288 aa  84.3  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 277 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1982  two component transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 544 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184696  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2267  two component transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00808217 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5322  two component LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 220 aa  83.6  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929677 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  27.03 
 
 		 1373 aa  83.6  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  28.57 
 
 		 1306 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.62 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0621  two component LuxR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 533 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 1201 aa  82  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 292 aa  82  0.000000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  25.57 
 
 		 289 aa  82  0.000000000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0171  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 719 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0928  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 766 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.197774  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 523 aa  82  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0525  two component AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 522 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  24.35 
 
 		 1363 aa  80.5  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 531 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2314  sporulation transcriptional activator Spo0A  37.5 
 
 		 259 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.453721  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 760 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6963  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 		 225 aa  80.1  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.029709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10690  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  29.76 
 
 		 215 aa  80.5  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4074  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.63505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>