More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0004 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  100 
 
 
361 aa  724    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  100 
 
 
361 aa  724    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  43.72 
 
 
360 aa  332  5e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.17 
 
 
372 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  42.32 
 
 
375 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  42.32 
 
 
375 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  42.32 
 
 
375 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  42.32 
 
 
375 aa  305  8.000000000000001e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  42.32 
 
 
375 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  42.32 
 
 
375 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  42.32 
 
 
375 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  42.05 
 
 
375 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  42.05 
 
 
375 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  42.05 
 
 
375 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  42.55 
 
 
373 aa  301  1e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  44.96 
 
 
369 aa  294  1e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  39.84 
 
 
374 aa  293  4e-78  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  40.54 
 
 
370 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  40.54 
 
 
370 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  40 
 
 
371 aa  283  3.0000000000000004e-75  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  37.67 
 
 
374 aa  281  1e-74  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  40.16 
 
 
371 aa  280  3e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  40.05 
 
 
374 aa  280  4e-74  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  40.22 
 
 
369 aa  278  1e-73  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  39.39 
 
 
366 aa  278  1e-73  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  39.35 
 
 
372 aa  276  3e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  40.7 
 
 
374 aa  276  4e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  43.82 
 
 
375 aa  270  2e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.52 
 
 
373 aa  266  2.9999999999999995e-70  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  40.77 
 
 
359 aa  266  5e-70  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.73 
 
 
386 aa  261  1e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.98 
 
 
365 aa  246  4e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  39.88 
 
 
362 aa  245  8e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.89 
 
 
376 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  36.26 
 
 
371 aa  224  1e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  32.49 
 
 
398 aa  223  6e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.16 
 
 
359 aa  219  7e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  34.5 
 
 
371 aa  218  1e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.96 
 
 
382 aa  213  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  31.17 
 
 
364 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  31.89 
 
 
392 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  31.65 
 
 
377 aa  209  6e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.01 
 
 
401 aa  209  7e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  31.7 
 
 
365 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.95 
 
 
377 aa  206  4e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.01 
 
 
397 aa  205  8e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.86 
 
 
365 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.43 
 
 
370 aa  205  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  35.04 
 
 
386 aa  204  2e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  34.78 
 
 
385 aa  199  6e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  32.52 
 
 
387 aa  199  7.999999999999999e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  32.79 
 
 
376 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  35.54 
 
 
380 aa  196  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  31.97 
 
 
394 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  29.3 
 
 
371 aa  196  5.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  35.54 
 
 
380 aa  196  5.000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  29.3 
 
 
390 aa  195  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  33.88 
 
 
363 aa  193  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.11 
 
 
374 aa  193  3e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  30.96 
 
 
368 aa  193  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  34.38 
 
 
390 aa  193  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.22 
 
 
363 aa  193  4e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.76 
 
 
363 aa  193  5e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.89 
 
 
378 aa  192  7e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  32.28 
 
 
384 aa  192  8e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.15 
 
 
364 aa  192  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  32.51 
 
 
364 aa  191  1e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  28.45 
 
 
371 aa  192  1e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.98 
 
 
381 aa  191  2e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.87 
 
 
360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  28.57 
 
 
401 aa  190  2.9999999999999997e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  28.88 
 
 
404 aa  189  5.999999999999999e-47  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  34.77 
 
 
359 aa  189  5.999999999999999e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  26.8 
 
 
390 aa  189  5.999999999999999e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.63 
 
 
379 aa  189  7e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.42 
 
 
370 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  27.3 
 
 
386 aa  188  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  28 
 
 
398 aa  187  2e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  27.51 
 
 
402 aa  187  2e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.25 
 
 
399 aa  187  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  29.97 
 
 
369 aa  186  5e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  27.32 
 
 
399 aa  186  6e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.39 
 
 
391 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  26.25 
 
 
414 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.02 
 
 
397 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  28.22 
 
 
414 aa  182  8.000000000000001e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  26.33 
 
 
389 aa  182  9.000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.49 
 
 
380 aa  182  9.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  26.83 
 
 
380 aa  182  1e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  26.56 
 
 
380 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  26.56 
 
 
380 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.83 
 
 
370 aa  180  4e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  27.59 
 
 
377 aa  179  4.999999999999999e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.2 
 
 
415 aa  179  9e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  29.95 
 
 
366 aa  178  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  29.4 
 
 
365 aa  177  2e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  33.7 
 
 
377 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  30.43 
 
 
373 aa  177  3e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  27.39 
 
 
390 aa  177  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  27.84 
 
 
376 aa  176  7e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>