More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3040 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3040  pseudouridylate synthase  100 
 
 
240 aa  495  1e-139  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.523078  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3759  pseudouridine synthase  63.9 
 
 
255 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.437728  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6555  pseudouridine synthase  62.34 
 
 
240 aa  309  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2521  pseudouridine synthase  55.19 
 
 
240 aa  272  3e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  37.39 
 
 
247 aa  141  8e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  32.76 
 
 
235 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.24 
 
 
360 aa  125  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  35.44 
 
 
244 aa  124  1e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  34.85 
 
 
325 aa  116  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.83 
 
 
315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  34.18 
 
 
329 aa  109  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.82 
 
 
368 aa  109  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0494  pseudouridine synthase  34.76 
 
 
268 aa  108  6e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.931297  normal  0.454399 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  33.88 
 
 
319 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  32.49 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000778536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  32.49 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000499668  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  36.27 
 
 
345 aa  108  8.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  32.49 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000557514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.49 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011451  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.49 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.7217399999999996e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.49 
 
 
319 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000444551  hitchhiker  0.0000916413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.49 
 
 
319 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
306 aa  108  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  33.07 
 
 
311 aa  107  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  33.92 
 
 
319 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.91 
 
 
323 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.91 
 
 
323 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  34.44 
 
 
325 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.91 
 
 
323 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.49 
 
 
319 aa  107  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000220754  hitchhiker  0.00000000172116 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.58 
 
 
314 aa  106  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.17 
 
 
312 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  34.07 
 
 
318 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  31.49 
 
 
315 aa  106  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.78 
 
 
319 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  0.000000000136846 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.78 
 
 
319 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  0.00000000220374 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.78 
 
 
319 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  0.000000178257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.78 
 
 
319 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000244921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.78 
 
 
319 aa  106  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.07 
 
 
319 aa  105  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000198156  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.67 
 
 
329 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.67 
 
 
329 aa  105  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  32.34 
 
 
324 aa  105  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000283334  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 
308 aa  105  9e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.63 
 
 
316 aa  105  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  32.07 
 
 
324 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000246501  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  31.14 
 
 
339 aa  104  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.07 
 
 
304 aa  104  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.08 
 
 
327 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.25 
 
 
329 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  31.67 
 
 
330 aa  104  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  31.91 
 
 
304 aa  103  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  33.19 
 
 
320 aa  103  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 
324 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 
324 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  33.05 
 
 
328 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  32.49 
 
 
324 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.5 
 
 
327 aa  103  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  32.49 
 
 
324 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 
325 aa  102  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  30.67 
 
 
317 aa  102  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  32.64 
 
 
298 aa  102  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  31.74 
 
 
309 aa  102  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  30.54 
 
 
286 aa  102  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 
329 aa  102  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 
329 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  31.3 
 
 
310 aa  102  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  32.37 
 
 
323 aa  102  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  35.57 
 
 
258 aa  102  6e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 
319 aa  102  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 
329 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  31.54 
 
 
323 aa  101  9e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  29.86 
 
 
211 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.2 
 
 
436 aa  100  1e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  31.67 
 
 
330 aa  101  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  32.23 
 
 
298 aa  101  1e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 
340 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  31.37 
 
 
322 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  34.25 
 
 
225 aa  100  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.08 
 
 
337 aa  100  2e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  29.41 
 
 
211 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.92 
 
 
315 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  30.64 
 
 
318 aa  99.8  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.91 
 
 
244 aa  99.4  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.85 
 
 
315 aa  99.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  31.2 
 
 
324 aa  99.4  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  30.96 
 
 
306 aa  99.8  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  31.47 
 
 
305 aa  99  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.12 
 
 
352 aa  98.6  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.6 
 
 
323 aa  99  7e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.63 
 
 
332 aa  99  7e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  30.49 
 
 
319 aa  98.6  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  32.44 
 
 
238 aa  98.6  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 
327 aa  98.2  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.05 
 
 
313 aa  98.2  9e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.51 
 
 
315 aa  97.8  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  35.23 
 
 
315 aa  97.8  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  26.24 
 
 
211 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
318 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  33.33 
 
 
226 aa  98.2  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>