206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6219 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6219  carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
363 aa  730    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1856  carboxymuconolactone decarboxylase  27.97 
 
 
275 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.519725  normal  0.376905 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2098  carboxymuconolactone decarboxylase  26.72 
 
 
295 aa  97.1  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.327283  normal  0.0268513 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1703  Carboxymuconolactone decarboxylase  40.34 
 
 
131 aa  95.5  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.232307  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7471  Carboxymuconolactone decarboxylase  29.62 
 
 
299 aa  92.8  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1479  carboxymuconolactone decarboxylase  35.66 
 
 
133 aa  89.4  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3680  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.28 
 
 
152 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2188  carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
129 aa  87.4  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3139  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.89 
 
 
132 aa  85.5  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2653  Carboxymuconolactone decarboxylase  37.27 
 
 
138 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3873  carboxymuconolactone decarboxylase  38.33 
 
 
125 aa  84  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0083  carboxymuconolactone decarboxylase  34.68 
 
 
128 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  34.68 
 
 
128 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02340  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.41 
 
 
138 aa  79.7  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0293457  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0086  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.68 
 
 
128 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0089  carboxymuconolactone decarboxylase  34.68 
 
 
128 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4266  carboxymuconolactone decarboxylase  34.68 
 
 
128 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0083  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.96 
 
 
128 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001374  4-carboxymuconolactone decarboxylase  36.67 
 
 
125 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210016  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2083  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.38 
 
 
123 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.995495 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1817  Carboxymuconolactone decarboxylase  38.32 
 
 
152 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.291528 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1373  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.378973  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2385  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2209  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231556  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1568  carboxymuconolactone decarboxylase  40.38 
 
 
109 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1863  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0034  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0633482  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2219  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2257  4-carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.769981  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1134  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  37.38 
 
 
132 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4049  carboxymuconolactone decarboxylase  33.9 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2477  Carboxymuconolactone decarboxylase  41.38 
 
 
118 aa  77  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.333736 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2370  putative carboxymuconolactone decarboxylase  37.38 
 
 
148 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.006176  normal  0.29565 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1781  carboxymuconolactone decarboxylase  40.19 
 
 
144 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0837  putative carboxymuconolactone decarboxylase  42.05 
 
 
110 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5696  carboxymuconolactone decarboxylase  34.68 
 
 
130 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1753  carboxymuconolactone decarboxylase  39.25 
 
 
144 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.165068 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3222  Carboxymuconolactone decarboxylase  26.55 
 
 
248 aa  72.4  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.02067  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5144  carboxymuconolactone decarboxylase  35.66 
 
 
144 aa  72  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0349025  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6236  carboxymuconolactone decarboxylase  38.32 
 
 
144 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291446  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1843  carboxymuconolactone decarboxylase  38.32 
 
 
144 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.19287  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1867  carboxymuconolactone decarboxylase  38.32 
 
 
144 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159406  hitchhiker  0.000781215 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0016  carboxymuconolactone decarboxylase  31.03 
 
 
261 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1430  carboxymuconolactone decarboxylase  35 
 
 
145 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.346703  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2473  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.48 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0944  carboxymuconolactone decarboxylase  32.8 
 
 
132 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292875  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0843  carboxymuconolactone decarboxylase  27.4 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.536951  normal  0.096524 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2291  Carboxymuconolactone decarboxylase  32.17 
 
 
122 aa  67.4  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.210071  normal  0.0104298 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3042  Alpha/beta hydrolase  29.03 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.440112  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5696  carboxymuconolactone decarboxylase  29.78 
 
 
283 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6060  carboxymuconolactone decarboxylase  29.78 
 
 
283 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272264  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6793  carboxymuconolactone decarboxylase  27.11 
 
 
265 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.215429  normal  0.323948 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32360  Carboxymuconolactone decarboxylase protein  28.16 
 
 
256 aa  62.8  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1761  carboxymuconolactone decarboxylase  26.24 
 
 
239 aa  62.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0864645  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3089  carboxymuconolactone decarboxylase  31.86 
 
 
265 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0521  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  34.65 
 
 
127 aa  60.8  0.00000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.66457 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2239  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  25.23 
 
 
122 aa  60.5  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4060  Carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
136 aa  60.1  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.735994  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0768  4-carboxymuconolactone decarboxylase  23.45 
 
 
250 aa  59.7  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.000000904176 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2687  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.84 
 
 
140 aa  59.7  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.22317 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  34.91 
 
 
122 aa  59.3  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  32.11 
 
 
133 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3726  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.08 
 
 
135 aa  59.3  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0644  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.08 
 
 
138 aa  58.2  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0606  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.08 
 
 
138 aa  58.2  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1954  hypothetical protein  38.89 
 
 
298 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.328983 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1069  Carboxymuconolactone decarboxylase  30.36 
 
 
118 aa  57.4  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00016362  normal  0.935882 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.33 
 
 
134 aa  57.4  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0381  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  33.72 
 
 
131 aa  57  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.07667  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0448  carboxymuconolactone decarboxylase  33.72 
 
 
131 aa  57  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  31.19 
 
 
132 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  31.19 
 
 
133 aa  57  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3910  carboxymuconolactone decarboxylase  30.81 
 
 
264 aa  57  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.984224  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  27.78 
 
 
129 aa  56.2  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2511  Carboxymuconolactone decarboxylase  24.55 
 
 
281 aa  56.2  0.0000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.955694  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1216  carboxymuconolactone decarboxylase family protein  32.56 
 
 
132 aa  56.2  0.0000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0658576  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1901  carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
129 aa  56.2  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.508941 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  29.73 
 
 
134 aa  56.2  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.64 
 
 
132 aa  55.5  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3211  carboxymuconolactone decarboxylase  25.13 
 
 
403 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0655  Carboxymuconolactone decarboxylase  27.81 
 
 
398 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47766  normal  0.236933 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  33.64 
 
 
128 aa  55.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2144  carboxymuconolactone decarboxylase  40.54 
 
 
268 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000390984 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.28 
 
 
130 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  33.64 
 
 
131 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.28 
 
 
132 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  30.28 
 
 
132 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.28 
 
 
130 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  27.97 
 
 
135 aa  54.7  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3004  3-oxoadipate enol-lactonase  31.87 
 
 
390 aa  55.1  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2661  carboxymuconolactone decarboxylase  37.63 
 
 
125 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.28 
 
 
130 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4934  carboxymuconolactone decarboxylase  26.17 
 
 
150 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.249654  decreased coverage  0.00938968 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.28 
 
 
130 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0717  carboxymuconolactone decarboxylase  32.04 
 
 
147 aa  53.9  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.226817  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  30.28 
 
 
130 aa  53.5  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  32.71 
 
 
132 aa  53.5  0.000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0934  carboxymuconolactone decarboxylase  32.48 
 
 
124 aa  52.8  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2049  4-carboxymuconolactone decarboxylase  26.89 
 
 
133 aa  52.8  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0437123  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  34.04 
 
 
132 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>