More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5106 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
292 aa  587  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  98.97 
 
 
292 aa  582  1e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  92.33 
 
 
288 aa  518  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  95 
 
 
289 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  5.50538e-06  decreased coverage  4.51244e-08 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  91.64 
 
 
321 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  91.64 
 
 
321 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  52.94 
 
 
284 aa  262  5e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  46.77 
 
 
301 aa  248  8e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  40.66 
 
 
298 aa  218  7e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  39.57 
 
 
288 aa  215  9e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  39.47 
 
 
281 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  44.54 
 
 
294 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3271  putative small conductance mechanosensitive ion channel  42.21 
 
 
306 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.451043 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1280  MscS Mechanosensitive ion channel  42.21 
 
 
269 aa  198  1e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.138834  normal  0.117258 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1220  MscS mechanosensitive ion channel  40.64 
 
 
305 aa  195  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0859387 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  38.75 
 
 
283 aa  191  9e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  40.47 
 
 
269 aa  190  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  35.29 
 
 
268 aa  190  3e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  37.2 
 
 
280 aa  188  8e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  37.79 
 
 
288 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  36.08 
 
 
270 aa  186  3e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  38.58 
 
 
274 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  36.65 
 
 
287 aa  179  7e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 
275 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.76183e-05  hitchhiker  5.23866e-11 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 
275 aa  178  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  5.13684e-05 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 
275 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.45897e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  35.71 
 
 
286 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 
270 aa  177  1e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  35.95 
 
 
276 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  36.86 
 
 
275 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.53066e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  35.86 
 
 
288 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  35.04 
 
 
275 aa  174  1e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 
275 aa  174  1e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  34.25 
 
 
275 aa  174  1e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  37.65 
 
 
268 aa  174  1e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  35.86 
 
 
274 aa  174  2e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  35.16 
 
 
288 aa  174  2e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 
275 aa  174  2e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  1.88457e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 
275 aa  174  2e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 
275 aa  174  2e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  35.2 
 
 
273 aa  173  3e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  33.86 
 
 
274 aa  173  4e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  37.23 
 
 
266 aa  172  6e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  36.72 
 
 
277 aa  172  6e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  34.25 
 
 
275 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  35.8 
 
 
275 aa  170  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  35.02 
 
 
276 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  34.36 
 
 
275 aa  169  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 
322 aa  169  5e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  35.43 
 
 
274 aa  169  6e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  2.48019e-05 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1010  MscS Mechanosensitive ion channel  42.75 
 
 
292 aa  168  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.877455 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 
270 aa  166  4e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  34.39 
 
 
280 aa  162  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  34.23 
 
 
276 aa  162  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  33.87 
 
 
286 aa  162  8e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  33.47 
 
 
291 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  35.6 
 
 
274 aa  161  1e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 
275 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.24466e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  33.47 
 
 
286 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  32.13 
 
 
273 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  33.47 
 
 
286 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  33.47 
 
 
286 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  33.47 
 
 
286 aa  160  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  33.47 
 
 
286 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  33.47 
 
 
286 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  33.47 
 
 
286 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  35.57 
 
 
305 aa  159  4e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  34.77 
 
 
279 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  31.05 
 
 
277 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  32.44 
 
 
274 aa  159  7e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  36.33 
 
 
283 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  31.95 
 
 
276 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  36.84 
 
 
279 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 
292 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  33.09 
 
 
283 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  36.93 
 
 
305 aa  157  3e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  33.46 
 
 
283 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  34.16 
 
 
291 aa  156  4e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  34.26 
 
 
277 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  33.99 
 
 
275 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  33.84 
 
 
272 aa  152  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  34.27 
 
 
274 aa  152  5e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4903  MscS mechanosensitive ion channel  40.64 
 
 
327 aa  152  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  34.77 
 
 
297 aa  152  8e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  31.76 
 
 
277 aa  151  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  5.91532e-08  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0589  MscS mechanosensitive ion channel  34.73 
 
 
291 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.516163  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  34.82 
 
 
284 aa  150  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2492  MscS Mechanosensitive ion channel  33.46 
 
 
300 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0426  MscS mechanosensitive ion channel  31.56 
 
 
273 aa  149  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000444789  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4229  MscS Mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 
275 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00722211 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2898  MscS Mechanosensitive ion channel  33.07 
 
 
300 aa  149  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  35.27 
 
 
286 aa  149  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1199  mechanosensitive ion channel component  31.95 
 
 
281 aa  148  1e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  7.86613e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  34.39 
 
 
298 aa  147  1e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  33.33 
 
 
278 aa  148  1e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  34.82 
 
 
286 aa  148  1e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4190  MscS Mechanosensitive ion channel  35.63 
 
 
275 aa  148  1e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>