More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3487 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  94.46 
 
 		 291 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  94.46 
 
 		 297 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  94.46 
 
 		 297 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  66.32 
 
 		 294 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 319 aa  288  6e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 291 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  50.69 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 291 aa  266  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 290 aa  264  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  48.29 
 
 		 293 aa  260  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 297 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 288 aa  242  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.28 
 
 		 295 aa  212  5.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 293 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 316 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 322 aa  162  6e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 313 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0126  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 293 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  34.63 
 
 		 293 aa  155  6e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.07 
 
 		 295 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 295 aa  155  7e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_003296  RS01990  transcriptional regulator transcription regulator protein  38.89 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.473925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  30.41 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 293 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1478  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 324 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1150  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  32.54 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 332 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.22 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0876  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 317 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 319 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>