More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6599 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  51.63 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 222 aa  191  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 233 aa  178  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 214 aa  118  6e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  35.45 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 233 aa  108  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 223 aa  108  7.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.07 
 
 		 223 aa  105  4e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1081  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 226 aa  101  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  34.95 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 239 aa  96.7  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 231 aa  97.1  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 227 aa  95.5  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 232 aa  95.1  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 221 aa  94.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  29.78 
 
 		 232 aa  93.6  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 267 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 230 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  32.8 
 
 		 210 aa  93.2  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 232 aa  92.8  4e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 230 aa  92.4  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 231 aa  92.4  5e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 239 aa  92  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 237 aa  91.7  8e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 247 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 226 aa  91.7  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 229 aa  91.7  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 260 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  28.02 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 245 aa  90.1  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  33.5 
 
 		 229 aa  89.4  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  26.37 
 
 		 225 aa  89.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4353  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 290 aa  89  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 221 aa  88.6  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_004310  BR1961  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 227 aa  87.8  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0634218  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  31.4 
 
 		 233 aa  88.2  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 229 aa  87  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 225 aa  87  2e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 226 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 224 aa  86.7  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1887  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 219 aa  87.4  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000514659  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 206 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 234 aa  86.7  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 240 aa  86.3  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  29.63 
 
 		 229 aa  86.7  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 250 aa  86.3  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4693  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 267 aa  86.3  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 230 aa  85.9  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 222 aa  85.1  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2049  GntR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 214 aa  85.1  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.384927  normal  0.298494 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 229 aa  85.1  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  29.53 
 
 		 249 aa  85.1  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 230 aa  85.5  7e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 222 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 257 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 246 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5075  transcriptional regulator, GntR family  32.62 
 
 		 228 aa  84.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.686169  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  33.87 
 
 		 242 aa  84.3  0.000000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 257 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2775  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 232 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  31.02 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 209 aa  83.6  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0336  transcriptional regulator, GntR family  28.9 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 222 aa  83.2  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 232 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0345  transcriptional regulator, GntR family  32.98 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.244112  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2765  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 		 238 aa  82.8  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0487708  normal  0.0102219 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  27.64 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  28.12 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 247 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.48 
 
 		 237 aa  81.3  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1174  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  26.94 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>