More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6117 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6117  branched chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 291 aa  557  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.139466 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  52.23 
 
 		 291 aa  291  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1849  inner-membrane translocator  51.55 
 
 		 291 aa  280  2e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  0.118432 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  50.52 
 
 		 291 aa  268  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 294 aa  175  8e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4070  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2188  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 294 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4796  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 290 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.212285  normal  0.40666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2362  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.016238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1516  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.713706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 291 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2039  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000380808 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0367  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000622442  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 290 aa  152  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1046  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 289 aa  152  8.999999999999999e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.316666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3768  inner-membrane translocator  35.42 
 
 		 291 aa  149  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.179629 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2129  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 294 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0996  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4820  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0225289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0110  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0834  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000998369  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2396  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 302 aa  145  9e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.228148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2501  inner-membrane translocator  30.33 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3367  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 291 aa  142  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1672  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1875  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.152214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1479  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3499  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3500  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 291 aa  140  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.334303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2608  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3304  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 289 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1408  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 317 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616079  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2177  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids NatD  36.46 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.801545 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2739  inner-membrane translocator  29.9 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3104  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 293 aa  137  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1822  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3515  ABC transporter membrane spanning protein  31.89 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4550  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1483  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3364  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 309 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.320486 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2712  inner-membrane translocator  31.63 
 
 		 309 aa  135  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1112  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1003  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 290 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23000  branched-chain amino acid ABC-type transport system, permease component  31.4 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.135077  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0478  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164888  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1725  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.83 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5323  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  35.16 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.446123 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1751  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.48853  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0940  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.48 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0796319  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1791  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.83 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0298  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0907201  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1622  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 304 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.332368  normal  0.937087 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0785  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.16 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0589  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0989  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.16 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.341358  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.55 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3667  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.67 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.344938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1143  putative amino-acid transport permease protein  30.16 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0034863  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3973  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.67 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.883814  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0245  branched-chain amino acid transporter permease subunit LivH  31.67 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3056  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5354  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.764467 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 291 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0983  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  30.16 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.156629  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4940  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 291 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2728  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613747  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2180  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  32.73 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3001  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 338 aa  129  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0998  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.75 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.301783  normal  0.758902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4054  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2164  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6112  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2544  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.995133  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2415  inner-membrane translocator  30.48 
 
 		 316 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.911595  normal  0.010798 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1721  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 290 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.021923  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0797  inner-membrane translocator  30.16 
 
 		 316 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.320354 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5829  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.16 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.903514  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1779  inner-membrane translocator  32.69 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601101  normal  0.644499 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4104  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2082  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.936766  normal  0.326487 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0679  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.796058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1130  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7078  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livH  31.03 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.666733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3135  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.85693 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3796  inner-membrane translocator  30.99 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2497  inner-membrane translocator  30.16 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.260851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>