91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0169 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 342 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  72.22 
 
 		 342 aa  512  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  72.22 
 
 		 342 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  73.68 
 
 		 342 aa  508  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  71.55 
 
 		 342 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  71.35 
 
 		 342 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  71.35 
 
 		 343 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  44.9 
 
 		 342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  42.65 
 
 		 342 aa  249  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  42.52 
 
 		 340 aa  248  8e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  45.17 
 
 		 345 aa  248  9e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  43.48 
 
 		 343 aa  247  2e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  42.27 
 
 		 343 aa  240  2e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  41.81 
 
 		 338 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  42.27 
 
 		 343 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  43.73 
 
 		 342 aa  231  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  34.58 
 
 		 347 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  34.58 
 
 		 388 aa  201  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  37.03 
 
 		 345 aa  198  9e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  32.85 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  34.2 
 
 		 347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  35.17 
 
 		 343 aa  185  9e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  34.1 
 
 		 346 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  33.62 
 
 		 347 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  34.3 
 
 		 346 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  34.52 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  33.79 
 
 		 350 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  35.96 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  30.28 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  31.04 
 
 		 334 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  29.17 
 
 		 350 aa  107  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  28.9 
 
 		 340 aa  94  3e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  21.34 
 
 		 334 aa  85.5  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  20.77 
 
 		 334 aa  80.1  0.00000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  30 
 
 		 342 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  26.04 
 
 		 340 aa  72.4  0.000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  29.82 
 
 		 341 aa  67.8  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  24.07 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  26.47 
 
 		 330 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  26.69 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  22.29 
 
 		 331 aa  59.3  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  24.19 
 
 		 330 aa  59.3  0.0000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  26.16 
 
 		 330 aa  57.4  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  19.12 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  27.62 
 
 		 336 aa  54.7  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  24.24 
 
 		 345 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  24.24 
 
 		 345 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  23.98 
 
 		 346 aa  54.3  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  24.38 
 
 		 334 aa  53.5  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  23.55 
 
 		 333 aa  53.5  0.000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  23.05 
 
 		 351 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  22.45 
 
 		 329 aa  52.4  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  28.95 
 
 		 343 aa  52.8  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  22.41 
 
 		 340 aa  52.8  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3313  DNA polymerase III, delta subunit  21.61 
 
 		 343 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000619829  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  24.18 
 
 		 329 aa  51.6  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  26.21 
 
 		 336 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  26.21 
 
 		 336 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1096  DNA polymerase III, delta subunit  21.29 
 
 		 343 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00712318  hitchhiker  0.000000000697762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3271  DNA polymerase III, delta subunit  21.29 
 
 		 343 aa  50.4  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00947649  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 		 336 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 		 336 aa  50.1  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 		 336 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 		 336 aa  50.4  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 		 336 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  26.42 
 
 		 336 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1172  DNA polymerase III, delta subunit  20.95 
 
 		 343 aa  49.7  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0083  DNA polymerase III subunit delta  22.82 
 
 		 319 aa  48.9  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  22.37 
 
 		 351 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  24.05 
 
 		 335 aa  49.3  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  25.19 
 
 		 343 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  25.39 
 
 		 336 aa  49.3  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  25.91 
 
 		 336 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0995  DNA polymerase III, delta subunit  21.43 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0109002  normal  0.117484 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0999  DNA polymerase III, delta subunit  20.82 
 
 		 343 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000304897  normal  0.119076 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  26.05 
 
 		 389 aa  47  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4260  DNA polymerase III, delta subunit  25.49 
 
 		 323 aa  47  0.0005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  24.74 
 
 		 338 aa  46.6  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  26.59 
 
 		 345 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1060  DNA polymerase III, delta subunit  20.82 
 
 		 343 aa  46.2  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0315108  hitchhiker  0.00717458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  20.51 
 
 		 343 aa  45.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  25.71 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  23.79 
 
 		 336 aa  45.4  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  24.22 
 
 		 345 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  25.45 
 
 		 345 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1245  DNA polymerase III subunit delta  22.8 
 
 		 342 aa  44.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.440133  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21151  DNA polymerase III subunit delta  22.11 
 
 		 342 aa  45.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2629  DNA polymerase III, delta subunit  27.18 
 
 		 350 aa  42.7  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000921184  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  26.37 
 
 		 330 aa  42.7  0.008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  26.7 
 
 		 342 aa  43.1  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>