More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3875 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3874  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  67.7 
 
 		 585 aa  807    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3294  extracellular solute-binding protein  61.07 
 
 		 573 aa  722    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.207016 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3875  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  100 
 
 		 568 aa  1172    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0715  extracellular solute-binding protein  58.79 
 
 		 565 aa  662    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.109389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0608  extracellular solute-binding protein  59.27 
 
 		 566 aa  686    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4599  extracellular solute-binding protein  48.07 
 
 		 621 aa  511  1e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.593059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0383  extracellular solute-binding protein  47.98 
 
 		 618 aa  511  1e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.531894  normal  0.778896 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1410  extracellular solute-binding protein family 5  46.42 
 
 		 615 aa  499  1e-140  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2770  extracellular solute-binding protein  44.9 
 
 		 603 aa  497  1e-139  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.14158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0337  extracellular solute-binding protein family 5  44.56 
 
 		 581 aa  494  9.999999999999999e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2270  extracellular solute-binding protein family 5  43.95 
 
 		 580 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2321  extracellular solute-binding protein family 5  43.95 
 
 		 580 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.815964 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1563  extracellular solute-binding protein  44.05 
 
 		 588 aa  466  9.999999999999999e-131  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal  0.279007 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0892  extracellular solute-binding protein  41.49 
 
 		 596 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1356  extracellular solute-binding protein family 5  41.45 
 
 		 596 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6956  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  40.25 
 
 		 571 aa  416  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4579  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 		 596 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6955  oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  40.11 
 
 		 597 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.42 
 
 		 556 aa  171  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0324  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 586 aa  152  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000261589  hitchhiker  0.0038707 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.87 
 
 		 575 aa  136  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.31 
 
 		 555 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.31 
 
 		 575 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  26.86 
 
 		 575 aa  131  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  28.19 
 
 		 509 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7448  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  27.25 
 
 		 626 aa  130  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.338891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  25.9 
 
 		 575 aa  130  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.1 
 
 		 559 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  27.85 
 
 		 520 aa  129  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 575 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0265  oligopeptide-binding protein OppA  26.43 
 
 		 566 aa  127  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0247  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein, putative  26.81 
 
 		 567 aa  126  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.460021  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2657  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 617 aa  126  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000297428  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.63 
 
 		 575 aa  124  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0207  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 567 aa  124  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3501  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 639 aa  124  6e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000268642  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 		 575 aa  124  6e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5725  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 519 aa  121  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.78 
 
 		 542 aa  120  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  26.7 
 
 		 575 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3466  extracellular solute-binding protein family 5  26.43 
 
 		 596 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0853012  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  26.7 
 
 		 575 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  25.85 
 
 		 528 aa  118  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  26.18 
 
 		 628 aa  118  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  25.58 
 
 		 605 aa  117  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.17 
 
 		 525 aa  116  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2073  extracellular solute-binding protein family 5  28.25 
 
 		 627 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0694715  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1465  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 541 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  27.47 
 
 		 562 aa  115  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.77 
 
 		 511 aa  115  3e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2857  extracellular solute-binding protein  24.31 
 
 		 593 aa  114  5e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.358002 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  24.65 
 
 		 536 aa  114  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.29 
 
 		 511 aa  112  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3196  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 600 aa  113  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000171923  unclonable  0.0000000000413572 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.05 
 
 		 589 aa  113  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.1 
 
 		 511 aa  112  2.0000000000000002e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  25.12 
 
 		 525 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1481  ABC oligopeptide transporter, perplasmic substrate-binding protein OppA  24.6 
 
 		 529 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.869658  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  25.98 
 
 		 531 aa  111  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 541 aa  110  5e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  27.12 
 
 		 560 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  27.03 
 
 		 518 aa  110  6e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  29.8 
 
 		 524 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  23.54 
 
 		 533 aa  110  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 536 aa  110  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  23.6 
 
 		 631 aa  110  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  23.03 
 
 		 546 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.45 
 
 		 539 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  23.58 
 
 		 524 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34930  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.9 
 
 		 563 aa  108  3e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.953561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.91 
 
 		 511 aa  108  3e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 529 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0614  extracellular solute-binding protein family 5  27.1 
 
 		 593 aa  108  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.459899  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  23.3 
 
 		 530 aa  107  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 544 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0093  extracellular solute-binding protein  24.54 
 
 		 604 aa  107  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0567  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.32 
 
 		 592 aa  107  6e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.41 
 
 		 594 aa  107  6e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1765  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.82 
 
 		 596 aa  107  6e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.220703  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3798  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 557 aa  107  6e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 529 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 534 aa  107  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 		 545 aa  107  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 525 aa  107  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  26.55 
 
 		 527 aa  106  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  24.23 
 
 		 535 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4505  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 538 aa  105  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.347947 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 		 555 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  26.2 
 
 		 532 aa  105  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.4 
 
 		 531 aa  105  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  25.44 
 
 		 511 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0398  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 559 aa  104  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.333674  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.89 
 
 		 532 aa  104  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 526 aa  104  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0691  extracellular solute-binding protein family 5  24.7 
 
 		 600 aa  103  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  24.8 
 
 		 535 aa  103  7e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  24.96 
 
 		 532 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  24.4 
 
 		 508 aa  103  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1731  extracellular solute-binding protein family 5  25.58 
 
 		 539 aa  103  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.308556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>