81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3257 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  100 
 
 		 101 aa  199  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  69 
 
 		 100 aa  143  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  55.88 
 
 		 592 aa  99.8  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  57.84 
 
 		 456 aa  99.4  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  56.86 
 
 		 456 aa  97.8  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  52.48 
 
 		 461 aa  95.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  46.46 
 
 		 540 aa  77.4  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1293  PAAR  47.92 
 
 		 96 aa  74.7  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.455231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  46.74 
 
 		 466 aa  74.3  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  48.42 
 
 		 96 aa  73.9  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  46.88 
 
 		 169 aa  71.6  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0034  hypothetical protein  50 
 
 		 94 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.543283  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  43 
 
 		 1229 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2662  PAAR repeat-containing protein  48.75 
 
 		 323 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  44.05 
 
 		 1386 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  40.43 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0945  hypothetical protein  43.01 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120455  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2373  hypothetical protein  43.59 
 
 		 94 aa  58.2  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  47.3 
 
 		 386 aa  57.8  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  42.67 
 
 		 855 aa  57  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  42.47 
 
 		 1379 aa  57  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  41.56 
 
 		 1446 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  41.89 
 
 		 1140 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  41.46 
 
 		 1409 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  44 
 
 		 1400 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  44 
 
 		 1385 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0059  PAAR repeat-containing protein  35.16 
 
 		 99 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2184  PAAR repeat-containing protein  37.5 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.062242  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  38.78 
 
 		 379 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  40.51 
 
 		 434 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1867  hypothetical protein  40.91 
 
 		 107 aa  51.2  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  33.68 
 
 		 84 aa  51.6  0.000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4045  hypothetical protein  37.62 
 
 		 88 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  39.29 
 
 		 1411 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  33.33 
 
 		 1616 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 1505 aa  50.1  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  39.24 
 
 		 439 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  34.67 
 
 		 1495 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  42.47 
 
 		 406 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  37.66 
 
 		 1421 aa  48.9  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  37.76 
 
 		 386 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  35.35 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  32.22 
 
 		 1600 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  34.67 
 
 		 1494 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  34.67 
 
 		 1494 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3448  PAAR repeat-containing protein  38.16 
 
 		 88 aa  47.8  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.86089  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  32.91 
 
 		 1423 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  32.91 
 
 		 1475 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  32.91 
 
 		 1457 aa  47.4  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  42.86 
 
 		 1422 aa  47  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0532  PAAR repeat-containing protein  37.93 
 
 		 88 aa  47.4  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  35.37 
 
 		 1437 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  40.28 
 
 		 1517 aa  46.6  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  39.19 
 
 		 88 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  37.18 
 
 		 1583 aa  45.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  36.49 
 
 		 1410 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0483  PAAR repeat-containing protein  37.18 
 
 		 597 aa  44.7  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  49.02 
 
 		 179 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000563624  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3608  PAAR  39.6 
 
 		 92 aa  44.7  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000736395 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  34.67 
 
 		 1487 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  45.76 
 
 		 481 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  38.03 
 
 		 1604 aa  44.7  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  41.43 
 
 		 174 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0281  hypothetical protein  31.58 
 
 		 84 aa  43.1  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  45.61 
 
 		 469 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4775  PAAR repeat-containing protein  41.12 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.110358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  37.84 
 
 		 88 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  39.19 
 
 		 444 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  40.82 
 
 		 1447 aa  41.6  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  47.06 
 
 		 181 aa  41.2  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4969  PAAR  36.11 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  35.21 
 
 		 1527 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  34.88 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2190  PAAR  39.06 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  38.78 
 
 		 1428 aa  40.8  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1043  hypothetical protein  37.37 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  30.68 
 
 		 1359 aa  40.4  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_003296  RS01943  hypothetical protein  39.06 
 
 		 89 aa  40.4  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0985  hypothetical protein  41.18 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0761318  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4128  PAAR  39.13 
 
 		 164 aa  40.4  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 96 aa  40  0.01  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>