294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0004 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 363 aa  744    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  38.48 
 
 		 376 aa  253  3e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.84 
 
 		 420 aa  253  4.0000000000000004e-66  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  38.06 
 
 		 378 aa  217  2e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.03 
 
 		 371 aa  196  6e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.96 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  32.22 
 
 		 361 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  32.22 
 
 		 361 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.96 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  34.7 
 
 		 374 aa  190  2.9999999999999997e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.38 
 
 		 386 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  34.19 
 
 		 369 aa  179  9e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.79 
 
 		 371 aa  179  9e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.81 
 
 		 376 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.05 
 
 		 392 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  33.06 
 
 		 374 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  33.62 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.61 
 
 		 371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  33.89 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.61 
 
 		 360 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.35 
 
 		 371 aa  171  2e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  32.04 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  32.07 
 
 		 398 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  31.91 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  31.07 
 
 		 364 aa  171  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  30.22 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  30.22 
 
 		 375 aa  169  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  31.15 
 
 		 373 aa  168  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  30.91 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.7 
 
 		 374 aa  169  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  32.75 
 
 		 370 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  30.22 
 
 		 375 aa  168  2e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.94 
 
 		 373 aa  167  2e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  29.95 
 
 		 375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  29.95 
 
 		 375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  32.61 
 
 		 372 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 		 374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  29.95 
 
 		 375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  29.95 
 
 		 375 aa  167  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  29.95 
 
 		 375 aa  167  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  29.95 
 
 		 375 aa  167  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.17 
 
 		 365 aa  166  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.09 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  30.87 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  34.72 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  32.7 
 
 		 374 aa  164  2.0000000000000002e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  32.68 
 
 		 386 aa  164  3e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  31.4 
 
 		 386 aa  162  1e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.77 
 
 		 358 aa  162  1e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  29.54 
 
 		 370 aa  162  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  29.54 
 
 		 370 aa  162  1e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.1 
 
 		 378 aa  160  5e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  31.91 
 
 		 380 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  33.83 
 
 		 359 aa  159  5e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  31.91 
 
 		 380 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  31.91 
 
 		 380 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.5 
 
 		 390 aa  158  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.96 
 
 		 397 aa  157  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.87 
 
 		 377 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.83 
 
 		 381 aa  158  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  30.92 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  33.15 
 
 		 384 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.14 
 
 		 364 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  30.75 
 
 		 402 aa  156  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  32.89 
 
 		 390 aa  155  7e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.83 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  31.78 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.11 
 
 		 401 aa  154  2e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  31.56 
 
 		 389 aa  153  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  30.75 
 
 		 401 aa  153  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0230  DNA replication and repair protein RecF  31.79 
 
 		 360 aa  152  8.999999999999999e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000612971  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.31 
 
 		 363 aa  151  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.73 
 
 		 370 aa  152  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  31.61 
 
 		 371 aa  151  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.11 
 
 		 379 aa  150  3e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  32.11 
 
 		 352 aa  150  5e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  29.71 
 
 		 365 aa  149  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.35 
 
 		 359 aa  149  7e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.25 
 
 		 380 aa  149  9e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  28.46 
 
 		 414 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  31.33 
 
 		 394 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  33.24 
 
 		 376 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  31.98 
 
 		 371 aa  146  5e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.37 
 
 		 398 aa  145  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.83 
 
 		 382 aa  145  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  36.77 
 
 		 377 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 		 404 aa  144  2e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  30.05 
 
 		 414 aa  144  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  33.89 
 
 		 387 aa  142  6e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  33.6 
 
 		 380 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  29.79 
 
 		 358 aa  142  7e-33  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  33.6 
 
 		 380 aa  142  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.59 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.88 
 
 		 365 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  31.75 
 
 		 385 aa  140  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  30.11 
 
 		 377 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  29.41 
 
 		 395 aa  139  7e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  31.02 
 
 		 377 aa  138  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.48 
 
 		 372 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20191  recombination protein F  30.95 
 
 		 348 aa  138  2e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>