More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4884 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1913  AMP-dependent synthetase and ligase  63.78 
 
 		 515 aa  653    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4884  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 510 aa  1032    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1405  AMP-dependent synthetase and ligase  71.77 
 
 		 514 aa  708    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  62.52 
 
 		 517 aa  611  1e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4081  AMP-dependent synthetase and ligase  60.83 
 
 		 512 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4908  AMP-dependent synthetase and ligase  59.44 
 
 		 512 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.96823  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0098  AMP-dependent synthetase and ligase  60.12 
 
 		 522 aa  597  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.690806  normal  0.913632 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0115  AMP-dependent synthetase and ligase  60.12 
 
 		 526 aa  597  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0209  AMP-dependent synthetase and ligase  58.9 
 
 		 526 aa  582  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1350  AMP-dependent synthetase and ligase  58.85 
 
 		 507 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4229  AMP-dependent synthetase and ligase  60.83 
 
 		 512 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0220  AMP-dependent synthetase and ligase  54.81 
 
 		 510 aa  528  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0868  AMP-dependent synthetase and ligase  54.12 
 
 		 534 aa  523  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4859  AMP-dependent synthetase and ligase  50.2 
 
 		 512 aa  491  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0286  putative AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 		 530 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4612  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 		 511 aa  293  5e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 511 aa  291  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0516  putative AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 		 523 aa  288  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3198  AMP-dependent synthetase and ligase  34.85 
 
 		 509 aa  268  1e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.179395  normal  0.194105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 		 493 aa  239  8e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 508 aa  238  2e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 525 aa  235  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 499 aa  234  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 520 aa  232  1e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 		 511 aa  227  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  31.08 
 
 		 518 aa  225  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 		 521 aa  224  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 		 521 aa  223  4.9999999999999996e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 520 aa  223  6e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 518 aa  223  9e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.44 
 
 		 530 aa  221  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1124  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 509 aa  221  1.9999999999999999e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719867  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.63 
 
 		 525 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 		 525 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 		 525 aa  221  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.02 
 
 		 514 aa  220  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  31.37 
 
 		 518 aa  220  5e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.25 
 
 		 526 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  31.7 
 
 		 518 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 508 aa  218  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.52 
 
 		 525 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  29.42 
 
 		 512 aa  218  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 506 aa  216  5.9999999999999996e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.58 
 
 		 519 aa  216  7e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 518 aa  216  7e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.84 
 
 		 525 aa  216  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 525 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 509 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2397  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 516 aa  215  1.9999999999999998e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.264456  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 		 512 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.78 
 
 		 514 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3612  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.76 
 
 		 514 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.59 
 
 		 514 aa  214  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 501 aa  213  5.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 507 aa  213  7e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 509 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  32.48 
 
 		 503 aa  213  9e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.66 
 
 		 521 aa  212  1e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 520 aa  212  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 1043 aa  212  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.86 
 
 		 526 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 521 aa  212  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.39 
 
 		 543 aa  212  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3772  putative O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.33 
 
 		 531 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.910601 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 556 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 556 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 556 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.12 
 
 		 513 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 522 aa  211  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0912  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 515 aa  211  3e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.881726 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 		 515 aa  210  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0848  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 517 aa  210  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  32.35 
 
 		 528 aa  210  5e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  32.59 
 
 		 514 aa  210  5e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.42 
 
 		 516 aa  209  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4024  AMP-dependent synthetase and ligase  32.65 
 
 		 530 aa  209  7e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 		 523 aa  209  8e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 514 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.94 
 
 		 512 aa  209  1e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.05 
 
 		 509 aa  208  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.27 
 
 		 513 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3611  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 532 aa  208  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0778531  normal  0.0346233 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1347  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.55 
 
 		 512 aa  208  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4481  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 506 aa  208  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 511 aa  208  2e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 511 aa  208  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.37 
 
 		 515 aa  207  3e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.85 
 
 		 526 aa  207  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1902  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.98 
 
 		 518 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.889055  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 		 577 aa  207  4e-52  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.38 
 
 		 516 aa  207  5e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1905  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 512 aa  206  7e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.97218  normal  0.26016 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.85 
 
 		 527 aa  206  8e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5158  putative o-succinylbenzoate-CoA ligase  31.32 
 
 		 527 aa  206  9e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.20469 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1135  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 517 aa  205  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.755647  hitchhiker  0.000174804 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 485 aa  205  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  31.3 
 
 		 492 aa  206  1e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.67 
 
 		 569 aa  206  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0253  putative Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  33.6 
 
 		 519 aa  205  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06050  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.33 
 
 		 546 aa  205  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0872557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>