More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4908 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4908  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 512 aa  1053    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.96823  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4229  AMP-dependent synthetase and ligase  80.63 
 
 		 512 aa  829    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1350  AMP-dependent synthetase and ligase  72.48 
 
 		 507 aa  763    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4081  AMP-dependent synthetase and ligase  83.01 
 
 		 512 aa  894    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  64.74 
 
 		 517 aa  654    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1405  AMP-dependent synthetase and ligase  60.28 
 
 		 514 aa  613  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1913  AMP-dependent synthetase and ligase  58.37 
 
 		 515 aa  608  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0115  AMP-dependent synthetase and ligase  57.68 
 
 		 526 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4884  AMP-dependent synthetase and ligase  59.44 
 
 		 510 aa  578  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0098  AMP-dependent synthetase and ligase  57.54 
 
 		 522 aa  580  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.690806  normal  0.913632 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0220  AMP-dependent synthetase and ligase  59.13 
 
 		 510 aa  578  1.0000000000000001e-163  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0209  AMP-dependent synthetase and ligase  57 
 
 		 526 aa  558  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0868  AMP-dependent synthetase and ligase  55.11 
 
 		 534 aa  533  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4859  AMP-dependent synthetase and ligase  48.91 
 
 		 512 aa  478  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0414  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 511 aa  312  1e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4612  AMP-dependent synthetase and ligase  37.15 
 
 		 511 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0516  putative AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 		 523 aa  306  6e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3198  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 		 509 aa  298  2e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.179395  normal  0.194105 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0286  putative AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 530 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.102918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.11 
 
 		 530 aa  264  3e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.82 
 
 		 513 aa  259  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4096  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 508 aa  256  6e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0377217  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 493 aa  255  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 503 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 		 525 aa  252  1e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.66 
 
 		 519 aa  252  1e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 520 aa  251  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.59 
 
 		 525 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 518 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0861  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 514 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 		 525 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.35 
 
 		 525 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.59 
 
 		 525 aa  243  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 509 aa  243  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 511 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 508 aa  240  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.979079 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.27 
 
 		 491 aa  239  6.999999999999999e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6739  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 532 aa  239  9e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0799452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 520 aa  239  1e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1095  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 518 aa  239  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.997125 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.21 
 
 		 509 aa  239  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  29.96 
 
 		 523 aa  237  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 501 aa  237  5.0000000000000005e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0814  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 508 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 520 aa  236  6e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 525 aa  236  7e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.72 
 
 		 526 aa  236  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0779  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.15 
 
 		 518 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.746675  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 1043 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2641  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.66 
 
 		 516 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.517138  normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.02 
 
 		 526 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 521 aa  234  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4674  acyl-CoA synthetase  31.15 
 
 		 531 aa  233  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 520 aa  233  7.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  31.37 
 
 		 537 aa  233  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6823  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase I  31.6 
 
 		 492 aa  233  8.000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  31.37 
 
 		 537 aa  233  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  31.37 
 
 		 537 aa  233  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0696  AMP-dependent synthetase and ligase  34.24 
 
 		 521 aa  232  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0927  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.25 
 
 		 518 aa  231  2e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 506 aa  231  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.38 
 
 		 512 aa  231  3e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.100628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 499 aa  231  3e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3597  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.08 
 
 		 543 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 		 521 aa  231  3e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 509 aa  231  3e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.52 
 
 		 518 aa  231  3e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2862  acyl-CoA synthetase  32.61 
 
 		 528 aa  230  4e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 516 aa  229  6e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  31.8 
 
 		 490 aa  230  6e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.77 
 
 		 525 aa  229  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0121  AMP-dependent synthetase and ligase  32.94 
 
 		 522 aa  229  8e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.06 
 
 		 521 aa  229  9e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 565 aa  229  9e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0965  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.2 
 
 		 518 aa  228  1e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.01 
 
 		 518 aa  228  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000650953 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 518 aa  229  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0177  putative ligase  30.97 
 
 		 514 aa  228  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709782 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 514 aa  228  2e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  33.6 
 
 		 527 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1681  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.36 
 
 		 514 aa  228  3e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0293  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 		 533 aa  227  3e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.406694  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  29.34 
 
 		 583 aa  227  3e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2858  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 485 aa  228  3e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  32.08 
 
 		 511 aa  227  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 519 aa  227  4e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.06 
 
 		 556 aa  227  4e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.06 
 
 		 556 aa  227  4e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.06 
 
 		 556 aa  227  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 512 aa  226  5.0000000000000005e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 517 aa  226  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1017  O-succinylbenzoate--CoA ligase  33.2 
 
 		 552 aa  226  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1967  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.26 
 
 		 514 aa  226  8e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.595404  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 517 aa  226  8e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1763  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 521 aa  226  8e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.494407 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0166  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.68 
 
 		 506 aa  226  9e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3161  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 516 aa  226  9e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3605  acyl-CoA synthetase  33.53 
 
 		 514 aa  225  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.133038  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1052  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.01 
 
 		 518 aa  226  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1964  acyl-CoA synthetase  31 
 
 		 496 aa  226  1e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000141031 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>