More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0253 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0253  putative Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  100 
 
 
519 aa  1043    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  56.42 
 
 
516 aa  546  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  54.19 
 
 
517 aa  499  1e-140  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0293  AMP-dependent synthetase and ligase  53.13 
 
 
533 aa  497  1e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.406694  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4024  AMP-dependent synthetase and ligase  50.76 
 
 
530 aa  472  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  50.38 
 
 
525 aa  471  1.0000000000000001e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2110  AMP-dependent synthetase and ligase  48.71 
 
 
549 aa  452  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.333319  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1925  AMP-dependent synthetase and ligase  50 
 
 
535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0636684  normal  0.805492 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1859  AMP-dependent synthetase and ligase  49.81 
 
 
535 aa  445  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.698404  normal  0.41558 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1879  AMP-dependent synthetase and ligase  50 
 
 
535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0992  AMP-dependent synthetase and ligase  48.5 
 
 
535 aa  445  1e-123  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162534  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4250  AMP-dependent synthetase and ligase  47.4 
 
 
542 aa  437  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4005  AMP-dependent synthetase and ligase  47.2 
 
 
522 aa  432  1e-120  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4115  AMP-dependent synthetase and ligase  44.85 
 
 
517 aa  356  5e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9896  coumaryl-coa ligase  41.63 
 
 
523 aa  351  2e-95  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05990  phenylacetyl-CoA ligase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10160)  39.78 
 
 
562 aa  346  5e-94  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.255662 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  38.9 
 
 
566 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  37.28 
 
 
557 aa  319  7e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.62 
 
 
561 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  40.9 
 
 
536 aa  315  9.999999999999999e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 
563 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 
563 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 
582 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.73 
 
 
582 aa  307  3e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.59 
 
 
561 aa  307  4.0000000000000004e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 
591 aa  306  5.0000000000000004e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 
573 aa  306  8.000000000000001e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.52 
 
 
561 aa  306  8.000000000000001e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.59 
 
 
561 aa  305  9.000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 
563 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 
563 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.18 
 
 
561 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 
544 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  37.26 
 
 
539 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.2 
 
 
585 aa  302  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 
590 aa  300  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 
564 aa  299  7e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 
583 aa  297  3e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.76 
 
 
577 aa  297  3e-79  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 
569 aa  297  3e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.79 
 
 
514 aa  296  8e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  35.16 
 
 
561 aa  295  1e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 
551 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 
577 aa  294  3e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09216  conserved hypothetical protein  36.4 
 
 
567 aa  293  4e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.945488  normal  0.813048 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 
549 aa  293  4e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 
521 aa  292  1e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 
510 aa  291  2e-77  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
512 aa  291  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
510 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_006683  CNN01570  AMP binding protein, putative  35.6 
 
 
577 aa  290  6e-77  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 
510 aa  289  7e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00649  4-coumarate-CoA ligase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G13110)  37.83 
 
 
560 aa  288  1e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
510 aa  288  1e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 
559 aa  288  1e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 
552 aa  288  1e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
510 aa  288  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
510 aa  288  2e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
510 aa  288  2e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
510 aa  288  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 
510 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  37.99 
 
 
549 aa  287  2.9999999999999996e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 
577 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00398  phenylacetyl-CoA ligase, putative (JCVI)  36.47 
 
 
569 aa  284  2.0000000000000002e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.38 
 
 
563 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11034  conserved hypothetical protein  36.86 
 
 
536 aa  283  4.0000000000000003e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.734558 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  34.41 
 
 
579 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 
584 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.13 
 
 
563 aa  282  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3122  AMP-dependent synthetase and ligase  35.95 
 
 
573 aa  282  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183253  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  36.41 
 
 
569 aa  282  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  36.77 
 
 
584 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.877669  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.04 
 
 
515 aa  281  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0200  AMP-dependent synthetase and ligase  37.18 
 
 
566 aa  281  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.366303  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 
536 aa  281  2e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1416  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 
584 aa  281  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.498039  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 
578 aa  281  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 
584 aa  280  7e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35 
 
 
557 aa  279  7e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 
584 aa  280  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1256  AMP-dependent synthetase and ligase  37.07 
 
 
572 aa  279  9e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.775315  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 
577 aa  279  1e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 
584 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.36 
 
 
513 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  34.84 
 
 
550 aa  279  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.69 
 
 
572 aa  278  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3333  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 
519 aa  277  3e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 
584 aa  276  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
561 aa  276  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
561 aa  276  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
561 aa  276  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
561 aa  276  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 
561 aa  276  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 
512 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 
565 aa  275  1.0000000000000001e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 
586 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
585 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  34.56 
 
 
543 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 
584 aa  274  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128568  normal  0.0101093 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>