More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4115 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4115  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
517 aa  1018    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4005  AMP-dependent synthetase and ligase  48.94 
 
 
522 aa  428  1e-118  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  48.83 
 
 
525 aa  424  1e-117  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0293  AMP-dependent synthetase and ligase  44.13 
 
 
533 aa  395  1e-109  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.406694  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4024  AMP-dependent synthetase and ligase  42.7 
 
 
530 aa  375  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6754  AMP-dependent synthetase and ligase  42.67 
 
 
517 aa  370  1e-101  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0992  AMP-dependent synthetase and ligase  41.83 
 
 
535 aa  363  3e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162534  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0253  putative Acyl-CoA synthetases (AMP-forming)/AMP-acid ligases II  44.85 
 
 
519 aa  363  4e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2110  AMP-dependent synthetase and ligase  41.39 
 
 
549 aa  352  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.333319  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  41.1 
 
 
516 aa  349  6e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.493371 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4250  AMP-dependent synthetase and ligase  40.66 
 
 
542 aa  343  5e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1859  AMP-dependent synthetase and ligase  40.3 
 
 
535 aa  327  3e-88  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.698404  normal  0.41558 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1879  AMP-dependent synthetase and ligase  40.3 
 
 
535 aa  327  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1925  AMP-dependent synthetase and ligase  40.3 
 
 
535 aa  327  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0636684  normal  0.805492 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0667  AMP-dependent synthetase and ligase  39.35 
 
 
536 aa  301  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05990  phenylacetyl-CoA ligase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G10160)  37.96 
 
 
562 aa  300  4e-80  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.255662 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_9896  coumaryl-coa ligase  38.81 
 
 
523 aa  295  2e-78  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.44 
 
 
582 aa  292  9e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.44 
 
 
563 aa  292  1e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.44 
 
 
563 aa  292  1e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.13 
 
 
561 aa  289  1e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.27 
 
 
563 aa  288  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 
539 aa  288  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.89 
 
 
582 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.42 
 
 
561 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.95 
 
 
561 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.07 
 
 
563 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 
566 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.11 
 
 
561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 
557 aa  285  1.0000000000000001e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 
561 aa  279  8e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 
508 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  36.11 
 
 
518 aa  271  2e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 
579 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 
577 aa  269  1e-70  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 
512 aa  266  5.999999999999999e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 
521 aa  266  7e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.31 
 
 
577 aa  264  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.97 
 
 
515 aa  264  3e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 
577 aa  264  4e-69  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 
551 aa  263  6e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4160  AMP-dependent synthetase and ligase  38.66 
 
 
499 aa  262  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.365856  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  36.04 
 
 
549 aa  262  1e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 
569 aa  259  6e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 
536 aa  259  9e-68  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.67 
 
 
527 aa  259  9e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00398  phenylacetyl-CoA ligase, putative (JCVI)  34.55 
 
 
569 aa  259  1e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3122  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 
573 aa  258  1e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183253  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 
565 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  33.82 
 
 
561 aa  258  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.53 
 
 
513 aa  258  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.43 
 
 
565 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 
565 aa  257  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.43 
 
 
565 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  39.67 
 
 
505 aa  256  5e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 
514 aa  256  8e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.76 
 
 
563 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 
552 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 
584 aa  254  4.0000000000000004e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 
549 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 
511 aa  253  5.000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2675  AMP-dependent synthetase and ligase  39.3 
 
 
501 aa  253  8.000000000000001e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.493637  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 
544 aa  252  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.39 
 
 
563 aa  251  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 
563 aa  251  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 
532 aa  251  3e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.334483 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11034  conserved hypothetical protein  31.87 
 
 
536 aa  249  7e-65  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.734558 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 
562 aa  249  7e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00649  4-coumarate-CoA ligase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G13110)  34.81 
 
 
560 aa  248  1e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 
584 aa  248  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 
583 aa  249  1e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.18 
 
 
553 aa  248  2e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 
578 aa  248  2e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.51 
 
 
503 aa  247  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.19 
 
 
559 aa  247  3e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 
511 aa  247  3e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.54 
 
 
558 aa  248  3e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  34.66 
 
 
527 aa  247  3e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.23 
 
 
571 aa  247  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 
583 aa  247  4e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 
512 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  38.13 
 
 
506 aa  246  6e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  33.91 
 
 
543 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3333  AMP-dependent synthetase and ligase  38.07 
 
 
519 aa  245  9.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 
537 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.38 
 
 
568 aa  245  9.999999999999999e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 
562 aa  245  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 
662 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 
540 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.57 
 
 
562 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.24 
 
 
510 aa  244  3e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.24 
 
 
510 aa  244  3e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.77 
 
 
562 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 
558 aa  244  3e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 
553 aa  244  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.05 
 
 
510 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  37.96 
 
 
506 aa  244  3.9999999999999997e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.77 
 
 
562 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 
505 aa  243  5e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6769  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 
507 aa  243  5e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.147424  normal  0.533441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>