More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3837 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_4283  major facilitator transporter  90.55 
 
 		 460 aa  754    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.445263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3837  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 437 aa  865    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.550889  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5948  major facilitator transporter  81.82 
 
 		 442 aa  704    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5975  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4212  major facilitator superfamily MFS_1  72.43 
 
 		 458 aa  586  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6220  major facilitator transporter  68.96 
 
 		 434 aa  571  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4378  major facilitator superfamily MFS_1  70.64 
 
 		 436 aa  567  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.940021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0699  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  68.59 
 
 		 436 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.351028  hitchhiker  0.00674532 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6090  major facilitator transporter  65.09 
 
 		 450 aa  535  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791826  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4866  major facilitator transporter  66.11 
 
 		 445 aa  538  1e-151  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.778964 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4527  major facilitator transporter  64.52 
 
 		 434 aa  508  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2004  major facilitator transporter  65.37 
 
 		 434 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4279  major facilitator transporter  65.48 
 
 		 435 aa  504  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0810486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1782  major facilitator superfamily MFS_1  59.53 
 
 		 457 aa  496  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1438  major facilitator superfamily MFS_1  59.67 
 
 		 458 aa  475  1e-133  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1778  major facilitator transporter  53.86 
 
 		 452 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1047  major facilitator transporter  46.33 
 
 		 451 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4875  major facilitator transporter  46.75 
 
 		 439 aa  361  1e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4964  major facilitator superfamily transporter  46.75 
 
 		 439 aa  361  1e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5243  major facilitator transporter  46.75 
 
 		 439 aa  361  2e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2344  major facilitator transporter  50.13 
 
 		 461 aa  360  2e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4108  major facilitator family transporter  45.03 
 
 		 449 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.073539  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0374  major facilitator transporter  47.14 
 
 		 433 aa  358  9.999999999999999e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4135  general substrate transporter  45.03 
 
 		 449 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4541  major facilitator transporter  42.89 
 
 		 439 aa  355  1e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.474963  normal  0.714624 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3950  major facilitator transporter  44.42 
 
 		 439 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.728189 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3443  major facilitator transporter  44.42 
 
 		 439 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0269111 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3577  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  42.79 
 
 		 437 aa  351  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0243  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  43.18 
 
 		 437 aa  352  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292556  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1708  General substrate transporter  44.91 
 
 		 430 aa  349  4e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4318  major facilitator transporter  43.67 
 
 		 439 aa  349  7e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4048  major facilitator transporter  43.67 
 
 		 439 aa  349  7e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0869813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3477  major facilitator transporter  43.67 
 
 		 439 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160202 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5329  major facilitator superfamily MFS_1  47.84 
 
 		 440 aa  348  1e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2032  major facilitator transporter  43.67 
 
 		 439 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450728  normal  0.16892 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1456  major facilitator superfamily MFS_1  47.7 
 
 		 453 aa  343  2e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7815  major facilitator superfamily MFS_1  45.06 
 
 		 442 aa  343  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1587  major facilitator transporter  42.17 
 
 		 450 aa  342  5.999999999999999e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.891359  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2798  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  47.57 
 
 		 437 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.606232  normal  0.0553764 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2127  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  44.24 
 
 		 441 aa  338  9.999999999999999e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5928  major facilitator transporter  45.61 
 
 		 442 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0996299  normal  0.185357 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2383  major facilitator transporter  45.9 
 
 		 441 aa  335  1e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0140  major facilitator transporter  47.29 
 
 		 439 aa  333  3e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5743  major facilitator superfamily MFS_1  44.05 
 
 		 461 aa  330  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0804971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0076  major facilitator transporter  41.38 
 
 		 450 aa  322  6e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10040  nitrate/nitrite transporter  44.74 
 
 		 439 aa  322  9.999999999999999e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3832  major facilitator transporter  47.64 
 
 		 432 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.143168  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3818  major facilitator transporter  47.64 
 
 		 432 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.227675 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3906  major facilitator superfamily transporter  47.64 
 
 		 432 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.162053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4431  putative transmembrane transport protein (general substrate transporter)  43.39 
 
 		 468 aa  320  1.9999999999999998e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.90441  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2608  major facilitator superfamily protein  43.86 
 
 		 441 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.495276 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4509  General substrate transporter  44.03 
 
 		 438 aa  320  3.9999999999999996e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2571  shikimate transporter  42.48 
 
 		 437 aa  318  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2159  major facilitator superfamily MFS_1  41.22 
 
 		 438 aa  318  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5300  major facilitator superfamily transporter  40.09 
 
 		 456 aa  316  7e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363353 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1111  General substrate transporter  42.53 
 
 		 460 aa  315  9e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5496  major facilitator transporter  40 
 
 		 435 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499469  normal  0.463125 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8895  General substrate transporter  42.25 
 
 		 455 aa  315  9.999999999999999e-85  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3580  major facilitator transporter  40 
 
 		 435 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4787  major facilitator transporter  40 
 
 		 435 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.991397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0925  major facilitator transporter  39.72 
 
 		 439 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.291991  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3998  General substrate transporter  41 
 
 		 430 aa  314  1.9999999999999998e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2103  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  41.09 
 
 		 438 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4723  major facilitator superfamily MFS_1  40.53 
 
 		 465 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.238752  normal  0.508287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4830  major facilitator transporter  43.23 
 
 		 442 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.00000135827  hitchhiker  0.00785352 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1613  major facilitator superfamily protein  44.74 
 
 		 482 aa  312  6.999999999999999e-84  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1471  general substrate transporter  40.14 
 
 		 447 aa  312  7.999999999999999e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.360609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3446  major facilitator superfamily MFS_1  42.24 
 
 		 435 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.195476  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0771  major facilitator transporter  42.79 
 
 		 436 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.128344  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1224  major facilitator transporter  42.79 
 
 		 436 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1252  major facilitator transporter  42.79 
 
 		 436 aa  310  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603112  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4694  major facilitator transporter  39.01 
 
 		 439 aa  309  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2823  shikimate transporter  40.24 
 
 		 438 aa  309  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.347269  normal  0.535086 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4765  major facilitator transporter  39.8 
 
 		 442 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01893  shikimate transporter  40.67 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1672  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  40.67 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1662  shikimate transporter  40.67 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.520984  normal  0.0496454 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0772  General substrate transporter  41.48 
 
 		 450 aa  308  1.0000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01882  hypothetical protein  40.67 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2104  shikimate transporter  40.67 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000181469  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1144  shikimate transporter  40.72 
 
 		 438 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000733491  hitchhiker  0.000000475287 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4172  major facilitator transporter  38.77 
 
 		 439 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.756648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0314  major facilitator transporter  40.32 
 
 		 457 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3897  general substrate transporter  41.4 
 
 		 436 aa  307  3e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0325  major facilitator transporter  40.32 
 
 		 457 aa  307  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1131  major facilitator transporter  42.41 
 
 		 436 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0335  major facilitator transporter  40.32 
 
 		 457 aa  307  3e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.280682 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1143  major facilitator transporter  42.17 
 
 		 436 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.287074 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33020  arabinose efflux permease family protein  40.95 
 
 		 446 aa  306  5.0000000000000004e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.471979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2263  shikimate transporter  41.02 
 
 		 438 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3917  major facilitator superfamily MFS_1  43.21 
 
 		 446 aa  305  8.000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.981496  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2899  major facilitator superfamily transporter  42.17 
 
 		 430 aa  305  8.000000000000001e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.872832  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4524  major facilitator transporter  40.86 
 
 		 439 aa  305  8.000000000000001e-82  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.063118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2955  major facilitator superfamily MFS_1  42.55 
 
 		 431 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2735  general substrate transporter  41.61 
 
 		 443 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.453447  normal  0.0434107 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0207  shikimate transporter  40.69 
 
 		 465 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7098  major facilitator transporter  43.9 
 
 		 456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2487  major facilitator transporter  41.69 
 
 		 445 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0212  shikimate transporter  39.68 
 
 		 465 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2499  major facilitator superfamily MFS_1  42.37 
 
 		 454 aa  301  1e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4735  major facilitator transporter  41.37 
 
 		 445 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.110403  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>