More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0207 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01893  shikimate transporter  73.81 
 
 		 438 aa  640    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1672  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  73.81 
 
 		 438 aa  640    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2571  shikimate transporter  73.7 
 
 		 437 aa  651    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.168346 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1662  shikimate transporter  74.05 
 
 		 438 aa  642    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.520984  normal  0.0496454 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2104  shikimate transporter  73.81 
 
 		 438 aa  639    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000181469  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2263  shikimate transporter  74.05 
 
 		 438 aa  640    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000638742  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2269  shikimate transporter  73.63 
 
 		 439 aa  636    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6035  shikimate transporter  73.77 
 
 		 439 aa  640    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.503054 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0212  shikimate transporter  95.48 
 
 		 465 aa  897    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0207  shikimate transporter  100 
 
 		 465 aa  937    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1144  shikimate transporter  74.05 
 
 		 438 aa  642    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000733491  hitchhiker  0.000000475287 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2823  shikimate transporter  73.81 
 
 		 438 aa  642    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.347269  normal  0.535086 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01882  hypothetical protein  73.81 
 
 		 438 aa  640    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4273  shikimate transporter  71.93 
 
 		 435 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.156206 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1626  shikimate transporter  71.93 
 
 		 435 aa  629  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0419838  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3973  shikimate transporter  71.69 
 
 		 435 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.483442  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3805  shikimate transporter  71.93 
 
 		 435 aa  628  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424485  normal  0.688015 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4394  shikimate transporter  71.69 
 
 		 435 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.477148  normal  0.899041 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4227  shikimate transporter  72.16 
 
 		 435 aa  627  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.29234  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5961  shikimate transporter  72.81 
 
 		 434 aa  626  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1221  shikimate transporter  70.14 
 
 		 435 aa  617  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0987  shikimate transporter  70.82 
 
 		 310 aa  443  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1587  major facilitator transporter  44.47 
 
 		 450 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.891359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3917  major facilitator superfamily MFS_1  44.42 
 
 		 446 aa  342  9e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.981496  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3443  major facilitator transporter  41.41 
 
 		 439 aa  339  7e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0269111 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3477  major facilitator transporter  41.41 
 
 		 439 aa  339  8e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160202 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3950  major facilitator transporter  41.41 
 
 		 439 aa  338  9e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.728189 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4318  major facilitator transporter  41.41 
 
 		 439 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4541  major facilitator transporter  43.47 
 
 		 439 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.474963  normal  0.714624 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4048  major facilitator transporter  41.41 
 
 		 439 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0869813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4107  General substrate transporter  44.69 
 
 		 447 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2032  major facilitator transporter  42.25 
 
 		 439 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.450728  normal  0.16892 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0243  major facilitator superfamily transporter metabolite/H(+) symporter  41.55 
 
 		 437 aa  335  1e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.292556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3577  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  39.41 
 
 		 437 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1047  major facilitator transporter  42.96 
 
 		 451 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4431  putative transmembrane transport protein (general substrate transporter)  38.24 
 
 		 468 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.90441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5928  major facilitator transporter  41.04 
 
 		 442 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0996299  normal  0.185357 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5496  major facilitator transporter  39.67 
 
 		 435 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.499469  normal  0.463125 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3580  major facilitator transporter  39.67 
 
 		 435 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4787  major facilitator transporter  39.67 
 
 		 435 aa  311  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.991397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0233  major facilitator family transporter  42.58 
 
 		 433 aa  310  5e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0442983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2344  major facilitator transporter  42.43 
 
 		 461 aa  310  5e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1438  major facilitator superfamily MFS_1  39.54 
 
 		 458 aa  309  6.999999999999999e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0251  shikimate transporter  42.58 
 
 		 433 aa  309  9e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0925  major facilitator transporter  39.67 
 
 		 439 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.291991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0233  shikimate transporter  42.34 
 
 		 433 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.30942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0374  major facilitator transporter  42.42 
 
 		 433 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0249  shikimate transporter  42.34 
 
 		 433 aa  308  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5329  major facilitator superfamily MFS_1  40.47 
 
 		 440 aa  307  3e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3902  major facilitator transporter  40.87 
 
 		 441 aa  305  8.000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0236  shikimate transporter  42.44 
 
 		 433 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2798  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  42.86 
 
 		 437 aa  305  9.000000000000001e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.606232  normal  0.0553764 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10040  nitrate/nitrite transporter  41.15 
 
 		 439 aa  304  2.0000000000000002e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4172  major facilitator transporter  39.19 
 
 		 439 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.756648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4694  major facilitator transporter  38.95 
 
 		 439 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3897  general substrate transporter  38.5 
 
 		 436 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19080  arabinose efflux permease family protein  39.53 
 
 		 443 aa  301  2e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.297545  normal  0.79631 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1708  General substrate transporter  39.16 
 
 		 430 aa  300  4e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3813  major facilitator transporter  40.88 
 
 		 439 aa  300  5e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000493152 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2899  major facilitator superfamily transporter  40.29 
 
 		 430 aa  299  9e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.872832  normal  0.0447216 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4135  general substrate transporter  41.73 
 
 		 449 aa  297  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3446  major facilitator superfamily MFS_1  39.81 
 
 		 435 aa  297  3e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.195476  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4108  major facilitator family transporter  41.73 
 
 		 449 aa  297  3e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.073539  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6090  major facilitator transporter  40.5 
 
 		 450 aa  296  7e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791826  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5087  general substrate transporter  38.78 
 
 		 461 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.829473 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4702  general substrate transporter  38.78 
 
 		 461 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.57172  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4788  general substrate transporter  38.78 
 
 		 461 aa  295  1e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8895  General substrate transporter  38.78 
 
 		 455 aa  294  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4723  major facilitator superfamily MFS_1  37.88 
 
 		 465 aa  294  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.238752  normal  0.508287 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3901  general substrate transporter  40.48 
 
 		 433 aa  293  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2499  major facilitator superfamily MFS_1  38.77 
 
 		 454 aa  293  5e-78  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4524  major facilitator transporter  38.31 
 
 		 439 aa  292  7e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.063118  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0772  General substrate transporter  38.69 
 
 		 450 aa  291  2e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2159  major facilitator superfamily MFS_1  37.44 
 
 		 438 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5300  major facilitator superfamily transporter  39.27 
 
 		 456 aa  291  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.363353 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2383  major facilitator transporter  41.28 
 
 		 441 aa  290  3e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5987  major facilitator transporter  36.56 
 
 		 458 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0025736  normal  0.0488638 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0314  major facilitator transporter  36.69 
 
 		 457 aa  289  9e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0076  major facilitator transporter  42 
 
 		 450 aa  288  1e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0325  major facilitator transporter  36.69 
 
 		 457 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0335  major facilitator transporter  36.69 
 
 		 457 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.280682 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4866  major facilitator transporter  37.65 
 
 		 445 aa  286  7e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.778964 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1319  general substrate transporter  37.04 
 
 		 484 aa  286  7e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1075  major facilitator transporter  39.36 
 
 		 439 aa  285  8e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5948  major facilitator transporter  40.88 
 
 		 442 aa  284  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5743  major facilitator superfamily MFS_1  40.78 
 
 		 461 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0804971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2735  general substrate transporter  38.6 
 
 		 443 aa  284  3.0000000000000004e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.453447  normal  0.0434107 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1471  general substrate transporter  38.57 
 
 		 447 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.360609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2586  major facilitator superfamily MFS_1  37.56 
 
 		 435 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.900551  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3998  General substrate transporter  38.44 
 
 		 430 aa  283  4.0000000000000003e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1794  major facilitator family transporter  41.45 
 
 		 433 aa  283  5.000000000000001e-75  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0265236  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2955  major facilitator superfamily MFS_1  39.04 
 
 		 431 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4830  major facilitator transporter  40 
 
 		 442 aa  281  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  unclonable  0.00000135827  hitchhiker  0.00785352 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2103  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  38.42 
 
 		 438 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1613  major facilitator superfamily protein  36.26 
 
 		 482 aa  281  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3334  major facilitator superfamily protein  39.81 
 
 		 439 aa  280  3e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.998489 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5098  putative MFS superfamily transport protein  35.94 
 
 		 459 aa  279  6e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.393625 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1111  General substrate transporter  38.72 
 
 		 460 aa  279  7e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1490  major facilitator superfamily MFS_1  39.45 
 
 		 432 aa  279  8e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.81003  normal  0.0711824 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4509  General substrate transporter  39.45 
 
 		 438 aa  279  9e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>