More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2393 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2393  glycine cleavage system T protein  100 
 
 		 374 aa  749    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.673157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2254  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  63.81 
 
 		 379 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1184  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  63.3 
 
 		 379 aa  461  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2193  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  64.38 
 
 		 377 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0868  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  64.38 
 
 		 377 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2348  glycine cleavage system T protein  62.3 
 
 		 370 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2091  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  62.2 
 
 		 378 aa  449  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.149567  normal  0.326559 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.53 
 
 		 384 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3738  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.86 
 
 		 382 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0571205  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4373  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.86 
 
 		 382 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520618  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1889  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.59 
 
 		 378 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163517  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2299  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  62.83 
 
 		 377 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3620  glycine cleavage system T protein  60.48 
 
 		 366 aa  434  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1733  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  58.98 
 
 		 382 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  60.05 
 
 		 373 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1570  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.52 
 
 		 384 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000466042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4232  glycine cleavage system T protein  58.45 
 
 		 373 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  58.18 
 
 		 373 aa  424  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4394  glycine cleavage system T protein  58.29 
 
 		 374 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1023  glycine cleavage system T protein  57.64 
 
 		 373 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.5 
 
 		 387 aa  422  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723708  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  58.71 
 
 		 374 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4268  glycine cleavage system T protein  57.71 
 
 		 380 aa  419  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1275  glycine cleavage system T protein  57.1 
 
 		 409 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05968  glycine cleavage system protein T2  58.67 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000230  aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)  58.67 
 
 		 372 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1286  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.57 
 
 		 383 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.846982  normal  0.193132 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0496  glycine cleavage system T protein  57.26 
 
 		 372 aa  412  1e-114  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3841  glycine cleavage system T protein  55.61 
 
 		 375 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1095  glycine cleavage system T protein  57.75 
 
 		 374 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0280431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  57.56 
 
 		 391 aa  414  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1815  glycine cleavage system T protein  57.22 
 
 		 379 aa  414  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.863047  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33040  glycine cleavage system protein T2  58.6 
 
 		 373 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000417127  hitchhiker  0.000519847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2282  glycine cleavage system T protein  57.1 
 
 		 366 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.88282 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2726  glycine cleavage system T protein  56.84 
 
 		 376 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0949  glycine cleavage system T protein  59.14 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0534  glycine cleavage system T protein  61.66 
 
 		 377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.406364 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1868  glycine cleavage system T protein  56.28 
 
 		 398 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0707876  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2809  glycine cleavage system protein T2  57.8 
 
 		 373 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26050  glycine cleavage system T protein  56.84 
 
 		 374 aa  401  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.620637  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1938  glycine cleavage system T protein  57.03 
 
 		 376 aa  395  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.976777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1741  glycine cleavage system T protein  57.03 
 
 		 376 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.959068  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3957  glycine cleavage system T protein  57.22 
 
 		 408 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0748489 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2683  glycine cleavage system T protein  57.56 
 
 		 384 aa  392  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.837498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3145  glycine cleavage system T protein  57.91 
 
 		 376 aa  379  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1433  aminomethyltransferase  54.99 
 
 		 381 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1561  glycine cleavage system T protein  53.64 
 
 		 374 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0688  glycine cleavage system T protein  54.69 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.628122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6035  glycine cleavage system T protein  56.87 
 
 		 380 aa  374  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0779  glycine cleavage system T protein  55.61 
 
 		 392 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678322  normal  0.0882666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0814  glycine cleavage system T protein  57.64 
 
 		 392 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.327481  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3299  glycine cleavage system T protein  55.06 
 
 		 392 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2211  glycine cleavage system T protein  53.49 
 
 		 365 aa  353  2.9999999999999997e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.722508  normal  0.250133 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0855  glycine cleavage system T protein  56.57 
 
 		 392 aa  353  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0510506  normal  0.0771176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3051  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.23 
 
 		 375 aa  349  4e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3019  glycine cleavage system T protein  55.91 
 
 		 403 aa  349  4e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.456959  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0733  glycine cleavage system T protein  52.13 
 
 		 384 aa  344  1e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0358369 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  53.21 
 
 		 366 aa  342  5e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3526  glycine cleavage system T protein  60.38 
 
 		 380 aa  342  5e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1871  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  51.49 
 
 		 374 aa  337  9.999999999999999e-92  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.224663  normal  0.125667 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4387  glycine cleavage system T protein  52.94 
 
 		 370 aa  335  7e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.817765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2201  glycine cleavage system T protein  51.86 
 
 		 381 aa  330  2e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.399384 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2694  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  50.4 
 
 		 377 aa  325  1e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3864  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.06 
 
 		 367 aa  311  7.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.782346  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2682  aminomethyltransferase, glycine cleavage system T protein  51.75 
 
 		 361 aa  311  1e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.122455  normal  0.82644 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0727  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.33 
 
 		 367 aa  307  2.0000000000000002e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0681  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.07 
 
 		 367 aa  306  5.0000000000000004e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  51.46 
 
 		 377 aa  299  6e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1850  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  47.59 
 
 		 388 aa  296  3e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0344364  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1018  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  44.56 
 
 		 364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1096  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  44.03 
 
 		 373 aa  278  1e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.184957  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  39.79 
 
 		 414 aa  251  1e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.44 
 
 		 372 aa  231  2e-59  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  39.78 
 
 		 357 aa  230  3e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  39.68 
 
 		 375 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83560  Aminomethyl transferase  38.01 
 
 		 393 aa  226  7e-58  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  39.33 
 
 		 389 aa  225  8e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04350  aminomethyltransferase, mitochondrial precursor, putative  38.4 
 
 		 409 aa  224  1e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.716927  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21611  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.06 
 
 		 372 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.532359 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11173  aminomethyltransferase  36.83 
 
 		 360 aa  223  4e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1289  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.06 
 
 		 372 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.07 
 
 		 359 aa  220  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29531  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.01 
 
 		 374 aa  219  7.999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0253  glycine cleavage system T protein  37.99 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01198  hypothetical glycine cleavage system T protein (Eurofung)  39.07 
 
 		 480 aa  217  2.9999999999999998e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.932708 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4451  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.32 
 
 		 369 aa  217  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.83 
 
 		 360 aa  217  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.3 
 
 		 365 aa  216  7e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.68 
 
 		 376 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  37.23 
 
 		 360 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0662  glycine cleavage system T protein  37.89 
 
 		 360 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1559  glycine cleavage system T protein  38.27 
 
 		 359 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.338769 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  40.21 
 
 		 370 aa  211  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  39.52 
 
 		 371 aa  211  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2594  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.27 
 
 		 375 aa  211  2e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26707 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4863  glycine cleavage system T protein  37.04 
 
 		 378 aa  211  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.9 
 
 		 381 aa  210  3e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2455  glycine cleavage system T protein  37.74 
 
 		 363 aa  210  3e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1656  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.3 
 
 		 366 aa  209  5e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.200164  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1403  glycine cleavage system T protein  38.87 
 
 		 376 aa  209  9e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>