More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2683 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1868  glycine cleavage system T protein  85.57 
 
 		 398 aa  674    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0707876  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2683  glycine cleavage system T protein  100 
 
 		 384 aa  780    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.837498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1938  glycine cleavage system T protein  79.62 
 
 		 376 aa  608  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.976777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1741  glycine cleavage system T protein  79.62 
 
 		 376 aa  608  1e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.959068  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3957  glycine cleavage system T protein  78.02 
 
 		 408 aa  593  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0748489 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3145  glycine cleavage system T protein  80.47 
 
 		 376 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3299  glycine cleavage system T protein  75.2 
 
 		 392 aa  550  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3019  glycine cleavage system T protein  80.95 
 
 		 403 aa  545  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.456959  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  70 
 
 		 391 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1561  glycine cleavage system T protein  62.57 
 
 		 374 aa  464  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1023  glycine cleavage system T protein  60.64 
 
 		 373 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  60.37 
 
 		 373 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33040  glycine cleavage system protein T2  59.89 
 
 		 373 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000417127  hitchhiker  0.000519847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1275  glycine cleavage system T protein  58.64 
 
 		 409 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4232  glycine cleavage system T protein  60.64 
 
 		 373 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000230  aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)  59.89 
 
 		 372 aa  442  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1433  aminomethyltransferase  61.66 
 
 		 381 aa  444  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4394  glycine cleavage system T protein  59.89 
 
 		 374 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  60.64 
 
 		 373 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1095  glycine cleavage system T protein  58.81 
 
 		 374 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0280431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05968  glycine cleavage system protein T2  58.82 
 
 		 376 aa  438  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2809  glycine cleavage system protein T2  59.89 
 
 		 373 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26050  glycine cleavage system T protein  59.21 
 
 		 374 aa  432  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.620637  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  57.63 
 
 		 374 aa  430  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3841  glycine cleavage system T protein  57.1 
 
 		 375 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0496  glycine cleavage system T protein  56.95 
 
 		 372 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.7 
 
 		 384 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1815  glycine cleavage system T protein  55.61 
 
 		 379 aa  413  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.863047  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0949  glycine cleavage system T protein  58.71 
 
 		 376 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1889  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  55.91 
 
 		 378 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163517  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2726  glycine cleavage system T protein  55 
 
 		 376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2254  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  55 
 
 		 379 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2091  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  55.5 
 
 		 378 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.149567  normal  0.326559 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1733  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  55.91 
 
 		 382 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3738  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.99 
 
 		 382 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0571205  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2393  glycine cleavage system T protein  57.56 
 
 		 374 aa  399  9.999999999999999e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.673157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1184  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.45 
 
 		 379 aa  395  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1570  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.1 
 
 		 384 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000466042 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.29 
 
 		 387 aa  396  1e-109  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723708  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0688  glycine cleavage system T protein  57.07 
 
 		 380 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.628122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3051  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.57 
 
 		 375 aa  391  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4373  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.83 
 
 		 382 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520618  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2299  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  58.56 
 
 		 377 aa  384  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1286  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.16 
 
 		 383 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.846982  normal  0.193132 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2193  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  57.96 
 
 		 377 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0868  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  57.96 
 
 		 377 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0534  glycine cleavage system T protein  57.37 
 
 		 377 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.406364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2282  glycine cleavage system T protein  51.48 
 
 		 366 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.88282 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4268  glycine cleavage system T protein  52.37 
 
 		 380 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2211  glycine cleavage system T protein  53.35 
 
 		 365 aa  365  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.722508  normal  0.250133 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0733  glycine cleavage system T protein  53.4 
 
 		 384 aa  364  2e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0358369 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2201  glycine cleavage system T protein  54.35 
 
 		 381 aa  360  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.399384 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2348  glycine cleavage system T protein  52.39 
 
 		 370 aa  359  5e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0779  glycine cleavage system T protein  52.74 
 
 		 392 aa  353  4e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678322  normal  0.0882666 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4387  glycine cleavage system T protein  50.81 
 
 		 370 aa  345  6e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.817765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6035  glycine cleavage system T protein  54.64 
 
 		 380 aa  343  4e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2694  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  52.66 
 
 		 377 aa  340  2e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3620  glycine cleavage system T protein  52.8 
 
 		 366 aa  337  1.9999999999999998e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  51.47 
 
 		 366 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1871  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  52.36 
 
 		 374 aa  335  5.999999999999999e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.224663  normal  0.125667 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  52.21 
 
 		 377 aa  333  2e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0814  glycine cleavage system T protein  54.33 
 
 		 392 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.327481  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0855  glycine cleavage system T protein  53.4 
 
 		 392 aa  325  1e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0510506  normal  0.0771176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1850  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  46.46 
 
 		 388 aa  309  5.9999999999999995e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0344364  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3864  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  47.75 
 
 		 367 aa  298  9e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.782346  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2682  aminomethyltransferase, glycine cleavage system T protein  49.06 
 
 		 361 aa  295  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.122455  normal  0.82644 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3526  glycine cleavage system T protein  55.44 
 
 		 380 aa  293  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  42.93 
 
 		 414 aa  293  4e-78  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0727  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  47.62 
 
 		 367 aa  290  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0681  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  47.35 
 
 		 367 aa  288  8e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1096  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  42.02 
 
 		 373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.184957  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1018  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  42.13 
 
 		 364 aa  260  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04350  aminomethyltransferase, mitochondrial precursor, putative  40.61 
 
 		 409 aa  257  3e-67  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.716927  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  36.14 
 
 		 360 aa  246  3e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83560  Aminomethyl transferase  37.85 
 
 		 393 aa  246  4e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.07 
 
 		 381 aa  243  3e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  39.27 
 
 		 375 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.34 
 
 		 359 aa  239  8e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.53 
 
 		 376 aa  238  2e-61  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.48 
 
 		 369 aa  237  3e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.77 
 
 		 360 aa  236  6e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0253  glycine cleavage system T protein  37.5 
 
 		 367 aa  233  6e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  39.58 
 
 		 370 aa  232  8.000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40.16 
 
 		 360 aa  232  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40.11 
 
 		 360 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.89 
 
 		 360 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.62 
 
 		 360 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  36.63 
 
 		 364 aa  226  6e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  36.17 
 
 		 357 aa  226  7e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  38.05 
 
 		 389 aa  225  9e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21611  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  33.77 
 
 		 372 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.532359 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.53 
 
 		 369 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  38.16 
 
 		 371 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3874  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.53 
 
 		 369 aa  224  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.644537  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4451  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.07 
 
 		 369 aa  224  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1559  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.5 
 
 		 362 aa  223  4e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00490  aminomethyltransferase  39.06 
 
 		 381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1289  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.03 
 
 		 372 aa  222  7e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.17 
 
 		 372 aa  221  9.999999999999999e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2455  glycine cleavage system T protein  38.01 
 
 		 363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>