More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0688 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0688  glycine cleavage system T protein  100 
 
 		 380 aa  764    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.628122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1095  glycine cleavage system T protein  59.15 
 
 		 374 aa  428  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0280431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1023  glycine cleavage system T protein  58.4 
 
 		 373 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26050  glycine cleavage system T protein  60 
 
 		 374 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.620637  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4232  glycine cleavage system T protein  58.13 
 
 		 373 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3051  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.95 
 
 		 375 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2726  glycine cleavage system T protein  57.6 
 
 		 376 aa  421  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  57.6 
 
 		 373 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000230  aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)  60.27 
 
 		 372 aa  420  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4394  glycine cleavage system T protein  57.03 
 
 		 374 aa  419  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348746 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2201  glycine cleavage system T protein  60.21 
 
 		 381 aa  418  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.399384 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0733  glycine cleavage system T protein  59.32 
 
 		 384 aa  421  1e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0358369 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33040  glycine cleavage system protein T2  60 
 
 		 373 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000417127  hitchhiker  0.000519847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1275  glycine cleavage system T protein  57.37 
 
 		 409 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05968  glycine cleavage system protein T2  58.68 
 
 		 376 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  58.67 
 
 		 373 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  57.33 
 
 		 374 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2211  glycine cleavage system T protein  57.84 
 
 		 365 aa  411  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.722508  normal  0.250133 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1741  glycine cleavage system T protein  58.45 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.959068  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1938  glycine cleavage system T protein  58.45 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.976777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2809  glycine cleavage system protein T2  58.82 
 
 		 373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0496  glycine cleavage system T protein  56.8 
 
 		 372 aa  404  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0949  glycine cleavage system T protein  58.99 
 
 		 376 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3957  glycine cleavage system T protein  56.03 
 
 		 408 aa  398  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0748489 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3841  glycine cleavage system T protein  56.65 
 
 		 375 aa  401  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1570  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.46 
 
 		 384 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000466042 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1868  glycine cleavage system T protein  56.17 
 
 		 398 aa  396  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0707876  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1184  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.38 
 
 		 379 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  55.94 
 
 		 391 aa  396  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2091  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.08 
 
 		 378 aa  392  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.149567  normal  0.326559 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1561  glycine cleavage system T protein  55.11 
 
 		 374 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2254  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.12 
 
 		 379 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1433  aminomethyltransferase  54.72 
 
 		 381 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2683  glycine cleavage system T protein  57.07 
 
 		 384 aa  386  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.837498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3145  glycine cleavage system T protein  58.05 
 
 		 376 aa  386  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4387  glycine cleavage system T protein  56.95 
 
 		 370 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.817765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.78 
 
 		 384 aa  379  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3299  glycine cleavage system T protein  55.32 
 
 		 392 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4373  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.76 
 
 		 382 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520618  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1889  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.23 
 
 		 378 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163517  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1286  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.4 
 
 		 383 aa  377  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.846982  normal  0.193132 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3738  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  55.2 
 
 		 382 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0571205  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.08 
 
 		 387 aa  377  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723708  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  57.53 
 
 		 377 aa  377  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2282  glycine cleavage system T protein  53.1 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.88282 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1815  glycine cleavage system T protein  52.62 
 
 		 379 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.863047  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2393  glycine cleavage system T protein  54.69 
 
 		 374 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.673157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0534  glycine cleavage system T protein  56.08 
 
 		 377 aa  367  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.406364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1733  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.4 
 
 		 382 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2348  glycine cleavage system T protein  54.69 
 
 		 370 aa  365  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1871  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.79 
 
 		 374 aa  363  3e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.224663  normal  0.125667 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0868  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.64 
 
 		 377 aa  362  8e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2193  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.52 
 
 		 377 aa  360  2e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4268  glycine cleavage system T protein  51.33 
 
 		 380 aa  353  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  53.68 
 
 		 366 aa  352  5e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2694  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.12 
 
 		 377 aa  352  8.999999999999999e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3620  glycine cleavage system T protein  53.33 
 
 		 366 aa  349  4e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2299  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  52.66 
 
 		 377 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3019  glycine cleavage system T protein  54.47 
 
 		 403 aa  346  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.456959  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6035  glycine cleavage system T protein  53.54 
 
 		 380 aa  344  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0855  glycine cleavage system T protein  55.38 
 
 		 392 aa  335  7e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0510506  normal  0.0771176 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2682  aminomethyltransferase, glycine cleavage system T protein  53.26 
 
 		 361 aa  335  7e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.122455  normal  0.82644 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0814  glycine cleavage system T protein  55 
 
 		 392 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.327481  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0779  glycine cleavage system T protein  52.89 
 
 		 392 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678322  normal  0.0882666 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3864  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.19 
 
 		 367 aa  325  1e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.782346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0727  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  48.92 
 
 		 367 aa  321  9.999999999999999e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1850  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.59 
 
 		 388 aa  321  9.999999999999999e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0344364  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0681  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  48.66 
 
 		 367 aa  320  3e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3526  glycine cleavage system T protein  53.66 
 
 		 380 aa  309  5e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1096  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  46.09 
 
 		 373 aa  305  9.000000000000001e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.184957  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  44.21 
 
 		 414 aa  298  8e-80  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04350  aminomethyltransferase, mitochondrial precursor, putative  44.56 
 
 		 409 aa  296  3e-79  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.716927  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1018  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  45.28 
 
 		 364 aa  294  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01198  hypothetical glycine cleavage system T protein (Eurofung)  41.98 
 
 		 480 aa  263  3e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.932708 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  41.97 
 
 		 389 aa  256  4e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  41.99 
 
 		 369 aa  253  3e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83560  Aminomethyl transferase  39.06 
 
 		 393 aa  251  1e-65  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40.87 
 
 		 359 aa  247  3e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.79 
 
 		 381 aa  245  9.999999999999999e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0720  glycine cleavage system T protein  39.4 
 
 		 364 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  36.26 
 
 		 360 aa  243  6e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1712  glycine cleavage system T protein  41.03 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.304402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.37 
 
 		 376 aa  241  1e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.57 
 
 		 372 aa  241  2e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.46 
 
 		 363 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0976  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.89 
 
 		 430 aa  240  2.9999999999999997e-62  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  41.55 
 
 		 360 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.02 
 
 		 360 aa  239  6.999999999999999e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0599  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  41.89 
 
 		 362 aa  238  9e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.611166 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0662  glycine cleavage system T protein  43.53 
 
 		 360 aa  238  1e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.02 
 
 		 360 aa  238  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  38.21 
 
 		 357 aa  237  3e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4863  glycine cleavage system T protein  38.24 
 
 		 378 aa  235  7e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1804  glycine cleavage system T protein  40.64 
 
 		 375 aa  236  7e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.280258  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0446  glycine cleavage system T protein  40.27 
 
 		 361 aa  233  6e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.190481  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  38.27 
 
 		 365 aa  232  7.000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4451  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40.64 
 
 		 369 aa  232  8.000000000000001e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2675  glycine cleavage system T protein  40.55 
 
 		 366 aa  232  9e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40.16 
 
 		 360 aa  232  9e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29531  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.63 
 
 		 374 aa  232  1e-59  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>