More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0991 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  94.91 
 
 		 373 aa  720    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4232  glycine cleavage system T protein  89.54 
 
 		 373 aa  686    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  100 
 
 		 373 aa  756    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1023  glycine cleavage system T protein  94.1 
 
 		 373 aa  715    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4394  glycine cleavage system T protein  82.53 
 
 		 374 aa  626  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348746 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1275  glycine cleavage system T protein  80.11 
 
 		 409 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  78.76 
 
 		 374 aa  608  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1095  glycine cleavage system T protein  78.76 
 
 		 374 aa  609  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0280431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33040  glycine cleavage system protein T2  79.84 
 
 		 373 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000417127  hitchhiker  0.000519847 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26050  glycine cleavage system T protein  77.15 
 
 		 374 aa  592  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.620637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2809  glycine cleavage system protein T2  80.11 
 
 		 373 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05968  glycine cleavage system protein T2  66.58 
 
 		 376 aa  499  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000230  aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)  66.31 
 
 		 372 aa  492  9.999999999999999e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0496  glycine cleavage system T protein  64.17 
 
 		 372 aa  476  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3841  glycine cleavage system T protein  61.93 
 
 		 375 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2726  glycine cleavage system T protein  62.57 
 
 		 376 aa  468  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0949  glycine cleavage system T protein  65.86 
 
 		 376 aa  467  9.999999999999999e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1815  glycine cleavage system T protein  59.09 
 
 		 379 aa  445  1.0000000000000001e-124  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.863047  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1561  glycine cleavage system T protein  61.35 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4373  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  61.64 
 
 		 382 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520618  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3738  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  61.38 
 
 		 382 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0571205  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1868  glycine cleavage system T protein  59.95 
 
 		 398 aa  442  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0707876  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  61.38 
 
 		 384 aa  443  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1889  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.79 
 
 		 378 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163517  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1733  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  61.33 
 
 		 382 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1741  glycine cleavage system T protein  59.57 
 
 		 376 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.959068  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  59.57 
 
 		 391 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1938  glycine cleavage system T protein  59.3 
 
 		 376 aa  437  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.976777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1184  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.27 
 
 		 379 aa  432  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2091  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  58.99 
 
 		 378 aa  432  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.149567  normal  0.326559 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1433  aminomethyltransferase  62.26 
 
 		 381 aa  433  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2254  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.2 
 
 		 379 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.47 
 
 		 387 aa  428  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723708  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1286  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.31 
 
 		 383 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.846982  normal  0.193132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1570  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.73 
 
 		 384 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000466042 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2393  glycine cleavage system T protein  60.05 
 
 		 374 aa  422  1e-117  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.673157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2683  glycine cleavage system T protein  60.64 
 
 		 384 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.837498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3145  glycine cleavage system T protein  60.96 
 
 		 376 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3957  glycine cleavage system T protein  58.38 
 
 		 408 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0748489 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0688  glycine cleavage system T protein  58.67 
 
 		 380 aa  417  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.628122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2282  glycine cleavage system T protein  58.31 
 
 		 366 aa  417  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.88282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3299  glycine cleavage system T protein  57.44 
 
 		 392 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4268  glycine cleavage system T protein  57.03 
 
 		 380 aa  406  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3051  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.95 
 
 		 375 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0733  glycine cleavage system T protein  57.64 
 
 		 384 aa  393  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0358369 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3019  glycine cleavage system T protein  60.32 
 
 		 403 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.456959  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2348  glycine cleavage system T protein  57.88 
 
 		 370 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843782  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0534  glycine cleavage system T protein  59.37 
 
 		 377 aa  385  1e-106  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.406364 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2299  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.8 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2193  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.72 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0868  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.72 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2211  glycine cleavage system T protein  54.69 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.722508  normal  0.250133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0779  glycine cleavage system T protein  58.31 
 
 		 392 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678322  normal  0.0882666 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3620  glycine cleavage system T protein  56 
 
 		 366 aa  379  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6035  glycine cleavage system T protein  57.64 
 
 		 380 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2201  glycine cleavage system T protein  55.79 
 
 		 381 aa  363  3e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.399384 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0814  glycine cleavage system T protein  57.52 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.327481  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0855  glycine cleavage system T protein  58.31 
 
 		 392 aa  360  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0510506  normal  0.0771176 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4387  glycine cleavage system T protein  53.51 
 
 		 370 aa  358  9e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.817765 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1871  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.85 
 
 		 374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.224663  normal  0.125667 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  52.82 
 
 		 366 aa  355  6.999999999999999e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2694  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.67 
 
 		 377 aa  342  5.999999999999999e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  51.74 
 
 		 377 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3864  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  50.41 
 
 		 367 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.782346  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0727  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.05 
 
 		 367 aa  336  3.9999999999999995e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0681  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  48.77 
 
 		 367 aa  334  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3526  glycine cleavage system T protein  58.09 
 
 		 380 aa  330  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1850  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  50.13 
 
 		 388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0344364  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1096  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  47.86 
 
 		 373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.184957  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2682  aminomethyltransferase, glycine cleavage system T protein  49.46 
 
 		 361 aa  301  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.122455  normal  0.82644 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1018  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  44.66 
 
 		 364 aa  296  5e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  41.69 
 
 		 414 aa  287  2e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83560  Aminomethyl transferase  39.64 
 
 		 393 aa  268  8.999999999999999e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.42 
 
 		 369 aa  263  3e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04350  aminomethyltransferase, mitochondrial precursor, putative  39.95 
 
 		 409 aa  259  4e-68  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.716927  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.56 
 
 		 359 aa  256  7e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  38.29 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1817  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.57 
 
 		 363 aa  252  6e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000448698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0662  glycine cleavage system T protein  42.12 
 
 		 360 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  38.46 
 
 		 357 aa  250  3e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.79 
 
 		 376 aa  249  4e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.68 
 
 		 381 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0375  glycine cleavage system T protein  40.05 
 
 		 362 aa  248  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3155  glycine cleavage system T protein  40.11 
 
 		 362 aa  246  4e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29531  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  41.07 
 
 		 374 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0253  glycine cleavage system T protein  38.67 
 
 		 367 aa  246  6e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  40.64 
 
 		 375 aa  245  6.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  40.79 
 
 		 371 aa  245  8e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2675  glycine cleavage system T protein  39.84 
 
 		 366 aa  243  3e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11173  aminomethyltransferase  36.54 
 
 		 360 aa  243  3.9999999999999997e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.324081  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40.33 
 
 		 360 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2562  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.99 
 
 		 360 aa  242  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.97 
 
 		 441 aa  239  4e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.15 
 
 		 372 aa  239  4e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  39.27 
 
 		 389 aa  239  5.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2020  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  39.24 
 
 		 403 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.436876 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1656  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.4 
 
 		 366 aa  237  2e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.200164  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01198  hypothetical glycine cleavage system T protein (Eurofung)  38.31 
 
 		 480 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.932708 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.31 
 
 		 360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  40 
 
 		 367 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>