More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1868 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1868  glycine cleavage system T protein  100 
 
 		 398 aa  811    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0707876  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2683  glycine cleavage system T protein  85.57 
 
 		 384 aa  655    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.837498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1741  glycine cleavage system T protein  78.04 
 
 		 376 aa  602  1.0000000000000001e-171  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.959068  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1938  glycine cleavage system T protein  77.78 
 
 		 376 aa  600  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.976777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3957  glycine cleavage system T protein  75.27 
 
 		 408 aa  573  1.0000000000000001e-162  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0748489 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3145  glycine cleavage system T protein  78.33 
 
 		 376 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3299  glycine cleavage system T protein  72.94 
 
 		 392 aa  541  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3019  glycine cleavage system T protein  74.13 
 
 		 403 aa  544  1e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.456959  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  67.17 
 
 		 391 aa  523  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1561  glycine cleavage system T protein  61.11 
 
 		 374 aa  463  1e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4394  glycine cleavage system T protein  59.69 
 
 		 374 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  60.21 
 
 		 373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1023  glycine cleavage system T protein  60.21 
 
 		 373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33040  glycine cleavage system protein T2  59.01 
 
 		 373 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000417127  hitchhiker  0.000519847 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  59.11 
 
 		 374 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4232  glycine cleavage system T protein  59.69 
 
 		 373 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26050  glycine cleavage system T protein  59.64 
 
 		 374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.620637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  59.95 
 
 		 373 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1275  glycine cleavage system T protein  57.33 
 
 		 409 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1095  glycine cleavage system T protein  57.96 
 
 		 374 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0280431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1433  aminomethyltransferase  61.48 
 
 		 381 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000230  aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)  57.78 
 
 		 372 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05968  glycine cleavage system protein T2  57.78 
 
 		 376 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2809  glycine cleavage system protein T2  58.75 
 
 		 373 aa  433  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3841  glycine cleavage system T protein  55.35 
 
 		 375 aa  426  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1815  glycine cleavage system T protein  56.73 
 
 		 379 aa  424  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.863047  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0949  glycine cleavage system T protein  57.78 
 
 		 376 aa  418  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2726  glycine cleavage system T protein  53.91 
 
 		 376 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0496  glycine cleavage system T protein  54.35 
 
 		 372 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  55.78 
 
 		 384 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2393  glycine cleavage system T protein  56.28 
 
 		 374 aa  397  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.673157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0688  glycine cleavage system T protein  56.17 
 
 		 380 aa  396  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.628122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2254  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.12 
 
 		 379 aa  394  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1733  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.31 
 
 		 382 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1889  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.05 
 
 		 378 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163517  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4373  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.51 
 
 		 382 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520618  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1184  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.91 
 
 		 379 aa  385  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3738  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.31 
 
 		 382 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0571205  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2091  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  52.74 
 
 		 378 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.149567  normal  0.326559 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  52.32 
 
 		 387 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723708  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2299  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  56.14 
 
 		 377 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3051  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53.85 
 
 		 375 aa  373  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1570  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  53 
 
 		 384 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000466042 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2211  glycine cleavage system T protein  53.03 
 
 		 365 aa  373  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.722508  normal  0.250133 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1286  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  51.44 
 
 		 383 aa  371  1e-101  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.846982  normal  0.193132 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0534  glycine cleavage system T protein  57.7 
 
 		 377 aa  370  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.406364 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2282  glycine cleavage system T protein  49.87 
 
 		 366 aa  364  1e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.88282 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0868  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.38 
 
 		 377 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2193  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  54.52 
 
 		 377 aa  363  4e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4268  glycine cleavage system T protein  51.3 
 
 		 380 aa  360  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0733  glycine cleavage system T protein  51.16 
 
 		 384 aa  360  2e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0358369 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2201  glycine cleavage system T protein  54.33 
 
 		 381 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.399384 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2348  glycine cleavage system T protein  50.66 
 
 		 370 aa  350  3e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843782  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0779  glycine cleavage system T protein  51.26 
 
 		 392 aa  346  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678322  normal  0.0882666 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4387  glycine cleavage system T protein  49.47 
 
 		 370 aa  341  2e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.817765 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3620  glycine cleavage system T protein  51.05 
 
 		 366 aa  338  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2694  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.61 
 
 		 377 aa  331  1e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1871  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  51.32 
 
 		 374 aa  330  3e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.224663  normal  0.125667 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6035  glycine cleavage system T protein  52.49 
 
 		 380 aa  325  7e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  49.74 
 
 		 377 aa  324  2e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0814  glycine cleavage system T protein  51.13 
 
 		 392 aa  322  6e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.327481  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  49.74 
 
 		 366 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0855  glycine cleavage system T protein  51.13 
 
 		 392 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0510506  normal  0.0771176 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1850  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  46.75 
 
 		 388 aa  310  4e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0344364  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2682  aminomethyltransferase, glycine cleavage system T protein  46.54 
 
 		 361 aa  289  5.0000000000000004e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.122455  normal  0.82644 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3526  glycine cleavage system T protein  53.85 
 
 		 380 aa  289  7e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3864  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  45.07 
 
 		 367 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.782346  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  41.41 
 
 		 414 aa  285  8e-76  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0727  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  44.53 
 
 		 367 aa  282  9e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0681  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  44.27 
 
 		 367 aa  281  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1096  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  41.8 
 
 		 373 aa  272  8.000000000000001e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.184957  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1018  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  42.52 
 
 		 364 aa  265  8.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04350  aminomethyltransferase, mitochondrial precursor, putative  39.6 
 
 		 409 aa  253  4.0000000000000004e-66  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.716927  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83560  Aminomethyl transferase  37.47 
 
 		 393 aa  247  3e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.77 
 
 		 360 aa  246  6.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0253  glycine cleavage system T protein  38.02 
 
 		 367 aa  240  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.44 
 
 		 369 aa  238  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.4 
 
 		 381 aa  235  1.0000000000000001e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  35.48 
 
 		 360 aa  233  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  39.43 
 
 		 375 aa  232  7.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0406  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.5 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.885714  normal  0.283909 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0765  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  40.1 
 
 		 385 aa  227  4e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.858386  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21611  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.42 
 
 		 372 aa  226  5.0000000000000005e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.532359 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  36.84 
 
 		 357 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  38.02 
 
 		 371 aa  226  7e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.95 
 
 		 376 aa  225  9e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00490  aminomethyltransferase  39.38 
 
 		 381 aa  225  9e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.77 
 
 		 360 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  36.6 
 
 		 389 aa  224  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2714  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.13 
 
 		 360 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.13 
 
 		 360 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.398044  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  38.28 
 
 		 370 aa  223  4e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1289  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.42 
 
 		 372 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01198  hypothetical glycine cleavage system T protein (Eurofung)  37.83 
 
 		 480 aa  223  6e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.932708 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.17 
 
 		 372 aa  222  9e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_002950  PG1559  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.58 
 
 		 362 aa  220  3e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1245  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.6 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1912  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.74 
 
 		 441 aa  219  7e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000389017  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  36.53 
 
 		 365 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1496  glycine cleavage system T protein  37.53 
 
 		 371 aa  218  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>