More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2254 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2254  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  100 
 
 		 379 aa  769    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.397121  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2091  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  75.73 
 
 		 378 aa  594  1e-169  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.149567  normal  0.326559 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1889  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  74.14 
 
 		 378 aa  586  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.163517  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1184  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  71.5 
 
 		 379 aa  564  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.394661  normal  0.161716 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3738  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  65.34 
 
 		 382 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0571205  normal  0.669867 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1733  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  66.14 
 
 		 382 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4373  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  66.4 
 
 		 382 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.520618  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1620  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  63.4 
 
 		 387 aa  488  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.723708  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5449  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  64.08 
 
 		 384 aa  481  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1286  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.95 
 
 		 383 aa  478  1e-134  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.846982  normal  0.193132 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1570  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  62.17 
 
 		 384 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000466042 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4268  glycine cleavage system T protein  62.47 
 
 		 380 aa  462  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.055344  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2393  glycine cleavage system T protein  63.81 
 
 		 374 aa  461  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.673157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0534  glycine cleavage system T protein  63.81 
 
 		 377 aa  454  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.406364 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000230  aminomethyltransferase (glycine cleavage system T protein)  62.03 
 
 		 372 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05968  glycine cleavage system protein T2  61.07 
 
 		 376 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2348  glycine cleavage system T protein  61.13 
 
 		 370 aa  439  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0843782  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0986  glycine cleavage system T protein  58.67 
 
 		 373 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.761545  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26050  glycine cleavage system T protein  59.47 
 
 		 374 aa  435  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.620637  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1023  glycine cleavage system T protein  58.67 
 
 		 373 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4232  glycine cleavage system T protein  59.47 
 
 		 373 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1095  glycine cleavage system T protein  59.04 
 
 		 374 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0280431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0949  glycine cleavage system T protein  60.16 
 
 		 376 aa  431  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33040  glycine cleavage system protein T2  59.09 
 
 		 373 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000417127  hitchhiker  0.000519847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0991  glycine cleavage system T protein  59.2 
 
 		 373 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0496  glycine cleavage system T protein  59.36 
 
 		 372 aa  431  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1343  glycine cleavage system T protein  58.67 
 
 		 374 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.60604  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1275  glycine cleavage system T protein  58.4 
 
 		 409 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2193  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.58 
 
 		 377 aa  428  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0868  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.85 
 
 		 377 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2726  glycine cleavage system T protein  58.9 
 
 		 376 aa  425  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.129857 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2299  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  60.05 
 
 		 377 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4394  glycine cleavage system T protein  57.87 
 
 		 374 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.348746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2809  glycine cleavage system protein T2  59.36 
 
 		 373 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0620209  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3841  glycine cleavage system T protein  57.49 
 
 		 375 aa  420  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0779  glycine cleavage system T protein  59.09 
 
 		 392 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.678322  normal  0.0882666 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3620  glycine cleavage system T protein  58.18 
 
 		 366 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.839815  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1561  glycine cleavage system T protein  56.99 
 
 		 374 aa  408  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1815  glycine cleavage system T protein  57.11 
 
 		 379 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.863047  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6035  glycine cleavage system T protein  60.53 
 
 		 380 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.102062  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3051  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  59.21 
 
 		 375 aa  403  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4326  glycine cleavage system T protein  54.4 
 
 		 391 aa  398  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.707403  normal  0.0579992 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0855  glycine cleavage system T protein  60.05 
 
 		 392 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0510506  normal  0.0771176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0814  glycine cleavage system T protein  60.32 
 
 		 392 aa  397  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.327481  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1741  glycine cleavage system T protein  54.64 
 
 		 376 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.959068  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1938  glycine cleavage system T protein  54.64 
 
 		 376 aa  395  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.976777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1433  aminomethyltransferase  56.3 
 
 		 381 aa  393  1e-108  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1868  glycine cleavage system T protein  53.12 
 
 		 398 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0707876  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2282  glycine cleavage system T protein  54.16 
 
 		 366 aa  388  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.88282 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2683  glycine cleavage system T protein  55 
 
 		 384 aa  391  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.837498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0688  glycine cleavage system T protein  56.12 
 
 		 380 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.628122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3957  glycine cleavage system T protein  53.46 
 
 		 408 aa  391  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0748489 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3145  glycine cleavage system T protein  56.65 
 
 		 376 aa  391  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0733  glycine cleavage system T protein  55.67 
 
 		 384 aa  377  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0358369 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3299  glycine cleavage system T protein  53.75 
 
 		 392 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3526  glycine cleavage system T protein  60.21 
 
 		 380 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2201  glycine cleavage system T protein  53.12 
 
 		 381 aa  349  5e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.399384 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1871  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  52.11 
 
 		 374 aa  348  9e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.224663  normal  0.125667 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3019  glycine cleavage system T protein  54.17 
 
 		 403 aa  347  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.456959  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0049  glycine cleavage system T protein  52.41 
 
 		 366 aa  345  8.999999999999999e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.866309  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4387  glycine cleavage system T protein  52.14 
 
 		 370 aa  334  1e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.817765 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3864  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  50.13 
 
 		 367 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.782346  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2211  glycine cleavage system T protein  48.66 
 
 		 365 aa  318  9e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.722508  normal  0.250133 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0727  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.21 
 
 		 367 aa  318  1e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0681  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  48.95 
 
 		 367 aa  317  2e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1217  glycine cleavage system T protein  51.84 
 
 		 377 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0104927 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1850  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.47 
 
 		 388 aa  314  1.9999999999999998e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0344364  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2694  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  49.87 
 
 		 377 aa  310  2e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2682  aminomethyltransferase, glycine cleavage system T protein  49.6 
 
 		 361 aa  306  4.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.122455  normal  0.82644 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1096  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  46.67 
 
 		 373 aa  302  8.000000000000001e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.184957  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1018  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  44.8 
 
 		 364 aa  281  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26241  predicted protein  43.04 
 
 		 414 aa  273  5.000000000000001e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.010386 
 
 
-
 
NC_006685  CNC04350  aminomethyltransferase, mitochondrial precursor, putative  43.41 
 
 		 409 aa  271  2e-71  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.716927  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2037  glycine cleavage system T protein  43.01 
 
 		 375 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83560  Aminomethyl transferase  37.5 
 
 		 393 aa  239  9e-62  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1526  glycine cleavage system T protein  38.7 
 
 		 371 aa  232  7.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293085 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1800  glycine cleavage system T protein  40.16 
 
 		 367 aa  231  2e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2760  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.56 
 
 		 376 aa  229  5e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.792697 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2041  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.46 
 
 		 381 aa  229  5e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.044839 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3299  glycine cleavage system T protein  38.4 
 
 		 389 aa  227  2e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.212433  normal  0.550694 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2824  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.03 
 
 		 369 aa  225  1e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2308  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.86 
 
 		 372 aa  224  2e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.512156 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2285  glycine cleavage system T protein  38.34 
 
 		 370 aa  224  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00010894 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2594  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  38.86 
 
 		 375 aa  223  4.9999999999999996e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.26707 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1538  glycine cleavage system T protein  35.71 
 
 		 360 aa  222  9e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.641003  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0253  glycine cleavage system T protein  38.7 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1885  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37 
 
 		 363 aa  220  3e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4039  glycine cleavage system T protein  37.17 
 
 		 365 aa  218  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000142158  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0662  glycine cleavage system T protein  39.52 
 
 		 360 aa  216  5.9999999999999996e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2232  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.96 
 
 		 365 aa  215  8e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4863  glycine cleavage system T protein  37.83 
 
 		 378 aa  215  9.999999999999999e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1817  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.77 
 
 		 363 aa  214  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000448698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0214  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.81 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2361  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.26 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.365627  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29531  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  36.41 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4550  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  35.9 
 
 		 360 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.669623 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23440  glycine cleavage system T protein  35.47 
 
 		 357 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000137386  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4082  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.55 
 
 		 366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2522  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  37.8 
 
 		 360 aa  213  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.167801 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4358  glycine cleavage system aminomethyltransferase T  34.55 
 
 		 366 aa  213  3.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.51819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>