155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1124 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
147 aa  297  3e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  78.47 
 
 
151 aa  230  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  77.08 
 
 
151 aa  228  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  79.86 
 
 
151 aa  226  9e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  66.45 
 
 
152 aa  207  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1758  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  70.14 
 
 
160 aa  189  9e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.35 
 
 
147 aa  188  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.48 
 
 
162 aa  148  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.06 
 
 
162 aa  145  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.06 
 
 
170 aa  143  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.06 
 
 
167 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  50.71 
 
 
168 aa  141  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
177 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
173 aa  138  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
169 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  48.23 
 
 
166 aa  135  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.22 
 
 
171 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  48.59 
 
 
163 aa  133  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  51.43 
 
 
160 aa  133  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.58 
 
 
149 aa  133  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.52 
 
 
144 aa  131  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.53 
 
 
150 aa  131  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.83 
 
 
165 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.9 
 
 
165 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
165 aa  130  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
164 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  47.18 
 
 
170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  47.52 
 
 
160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.07 
 
 
173 aa  124  5e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  46.48 
 
 
159 aa  123  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.06 
 
 
156 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  47.3 
 
 
149 aa  122  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.06 
 
 
156 aa  122  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.26 
 
 
165 aa  120  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.53 
 
 
159 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.37 
 
 
153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  48.91 
 
 
148 aa  117  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.79 
 
 
147 aa  117  7e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.84 
 
 
165 aa  116  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.84 
 
 
165 aa  116  9e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.84 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.48 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.534215  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.45 
 
 
156 aa  114  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  42.76 
 
 
158 aa  114  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.85 
 
 
155 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
151 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.58 
 
 
162 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
151 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00861  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.61 
 
 
156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.145358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.89 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06066  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.61 
 
 
156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0237058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  43.57 
 
 
155 aa  110  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.32 
 
 
153 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  41.38 
 
 
159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.86 
 
 
173 aa  108  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  43.18 
 
 
153 aa  107  5e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.76 
 
 
151 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.85 
 
 
164 aa  105  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.56 
 
 
151 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  40.14 
 
 
145 aa  105  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.56 
 
 
151 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.56 
 
 
151 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.36 
 
 
161 aa  104  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  41.09 
 
 
155 aa  104  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.61 
 
 
149 aa  103  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  43.36 
 
 
157 aa  102  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.57 
 
 
175 aa  102  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
164 aa  103  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.5 
 
 
166 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  45.38 
 
 
147 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.5 
 
 
158 aa  101  3e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  42.34 
 
 
144 aa  101  3e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  46.49 
 
 
144 aa  101  4e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  39.72 
 
 
155 aa  101  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.26 
 
 
155 aa  101  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.36 
 
 
157 aa  100  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  48.21 
 
 
154 aa  100  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.55 
 
 
166 aa  99  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.69 
 
 
174 aa  99  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.56 
 
 
164 aa  98.6  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.56 
 
 
164 aa  98.6  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  41.26 
 
 
166 aa  99  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.56 
 
 
164 aa  98.6  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  46.79 
 
 
153 aa  98.2  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1564  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.02 
 
 
142 aa  98.2  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.114776  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.97 
 
 
162 aa  97.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  46.02 
 
 
158 aa  97.8  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.43 
 
 
146 aa  97.8  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.86 
 
 
160 aa  97.4  6e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1621  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.18 
 
 
142 aa  96.7  9e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.376219  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2703  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.34 
 
 
153 aa  95.9  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.679884  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.25 
 
 
163 aa  95.9  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.06 
 
 
164 aa  95.5  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.18 
 
 
161 aa  94.7  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.67 
 
 
159 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  36.17 
 
 
161 aa  94  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0944  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
147 aa  93.6  7e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.55 
 
 
161 aa  93.6  8e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.69 
 
 
162 aa  93.2  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.69 
 
 
162 aa  93.2  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>