156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1581 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
151 aa  304  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  92.72 
 
 
151 aa  282  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  86.45 
 
 
155 aa  271  3e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  88.89 
 
 
151 aa  261  3e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  88.73 
 
 
162 aa  256  8e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  88.03 
 
 
162 aa  254  3e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  84.46 
 
 
157 aa  245  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  89.58 
 
 
151 aa  238  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  89.58 
 
 
151 aa  238  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  88.19 
 
 
151 aa  237  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  75.18 
 
 
161 aa  221  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  66.44 
 
 
155 aa  202  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  64.79 
 
 
159 aa  194  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  73.05 
 
 
155 aa  184  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.42 
 
 
156 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.05 
 
 
156 aa  161  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.99 
 
 
166 aa  159  1e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.08 
 
 
161 aa  159  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  56.76 
 
 
161 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.53 
 
 
146 aa  158  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.56 
 
 
164 aa  157  4e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.99 
 
 
166 aa  157  6e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  52.86 
 
 
157 aa  156  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.86 
 
 
160 aa  153  7e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.68 
 
 
148 aa  150  4e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  50.34 
 
 
148 aa  150  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
159 aa  149  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.06 
 
 
153 aa  149  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0944  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.22 
 
 
147 aa  148  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
161 aa  148  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
161 aa  148  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.32 
 
 
175 aa  147  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.04 
 
 
164 aa  147  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.04 
 
 
164 aa  147  4e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.04 
 
 
164 aa  147  4e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.68 
 
 
160 aa  147  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.56 
 
 
162 aa  147  6e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
162 aa  147  7e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.48 
 
 
163 aa  146  8e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.72 
 
 
174 aa  146  8e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
161 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.4 
 
 
143 aa  146  1.0000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.04 
 
 
160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.69 
 
 
164 aa  146  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  55.97 
 
 
149 aa  145  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.23 
 
 
164 aa  144  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.56 
 
 
161 aa  144  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
162 aa  144  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296266  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.11 
 
 
161 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.68 
 
 
159 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.68 
 
 
159 aa  144  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
159 aa  143  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
159 aa  143  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.68 
 
 
143 aa  143  9e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.3 
 
 
147 aa  143  9e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
159 aa  143  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
159 aa  143  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  57.02 
 
 
153 aa  142  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0211  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.42 
 
 
162 aa  142  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
159 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
159 aa  142  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  55.56 
 
 
155 aa  142  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.34 
 
 
166 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.34 
 
 
166 aa  141  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.4 
 
 
149 aa  140  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  53.28 
 
 
166 aa  140  8e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.28 
 
 
153 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  47.68 
 
 
160 aa  138  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  50.68 
 
 
169 aa  138  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  50.71 
 
 
144 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  55.24 
 
 
154 aa  137  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.11 
 
 
161 aa  137  7e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.42 
 
 
161 aa  137  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.31 
 
 
161 aa  136  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
177 aa  135  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  48.7 
 
 
153 aa  134  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  46.27 
 
 
149 aa  133  7.000000000000001e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  52.52 
 
 
173 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  50.99 
 
 
158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1030  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.68 
 
 
178 aa  131  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.39 
 
 
162 aa  131  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  52.55 
 
 
147 aa  130  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.62 
 
 
173 aa  130  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  48.15 
 
 
145 aa  130  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  49.64 
 
 
160 aa  130  6e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  55.75 
 
 
144 aa  130  7.999999999999999e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00861  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.3 
 
 
156 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.145358  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.45 
 
 
167 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>