156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_0921 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
171 aa  346  9e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  92.55 
 
 
165 aa  298  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  75.68 
 
 
149 aa  223  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  71.71 
 
 
150 aa  207  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  64.14 
 
 
144 aa  182  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  56.85 
 
 
170 aa  166  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  56.76 
 
 
163 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  56.86 
 
 
169 aa  162  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  53.5 
 
 
160 aa  161  3e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  55.86 
 
 
166 aa  159  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.05 
 
 
162 aa  159  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  55.92 
 
 
173 aa  158  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  51.52 
 
 
159 aa  157  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  55.56 
 
 
177 aa  157  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.55 
 
 
162 aa  156  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  55.19 
 
 
168 aa  156  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  53.12 
 
 
160 aa  153  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.63 
 
 
165 aa  149  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.05 
 
 
170 aa  149  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.52 
 
 
165 aa  144  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.52 
 
 
165 aa  144  8.000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.62 
 
 
167 aa  142  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54 
 
 
165 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.74 
 
 
153 aa  136  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  47.8 
 
 
158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.22 
 
 
147 aa  133  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.41 
 
 
164 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.41 
 
 
165 aa  127  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.68 
 
 
173 aa  125  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.28 
 
 
162 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.14 
 
 
151 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.65 
 
 
162 aa  117  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.97 
 
 
152 aa  116  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
151 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.5 
 
 
161 aa  115  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.95 
 
 
173 aa  115  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.52 
 
 
151 aa  114  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.04 
 
 
151 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.36 
 
 
147 aa  113  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  43.57 
 
 
149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.38 
 
 
156 aa  112  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.534215  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1758  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.44 
 
 
160 aa  111  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
147 aa  111  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.45 
 
 
162 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.07 
 
 
153 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.22 
 
 
161 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  48.18 
 
 
159 aa  110  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.29 
 
 
155 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.22 
 
 
161 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0211  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.24 
 
 
162 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.57 
 
 
156 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.83 
 
 
156 aa  108  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.23 
 
 
151 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.45 
 
 
151 aa  108  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  44.59 
 
 
155 aa  107  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
161 aa  107  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00861  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
156 aa  106  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.145358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06066  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
156 aa  106  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0237058  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  43.31 
 
 
153 aa  107  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.88 
 
 
163 aa  105  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  44.53 
 
 
155 aa  106  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.57 
 
 
164 aa  105  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
161 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
161 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  42.31 
 
 
166 aa  105  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
162 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
162 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.76 
 
 
160 aa  104  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
162 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.22 
 
 
161 aa  104  6e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.22 
 
 
161 aa  104  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  42.25 
 
 
155 aa  103  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
162 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296266  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.83 
 
 
164 aa  103  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1564  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.98 
 
 
142 aa  103  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.114776  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1621  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.98 
 
 
142 aa  102  2e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.376219  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.54 
 
 
162 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0972  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.18 
 
 
130 aa  101  5e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.411706  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.55 
 
 
156 aa  101  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  41.01 
 
 
144 aa  101  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.93 
 
 
155 aa  101  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.15 
 
 
161 aa  100  7e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.5 
 
 
161 aa  100  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.41 
 
 
158 aa  100  8e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.51 
 
 
151 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.51 
 
 
151 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  38.57 
 
 
148 aa  100  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  42.47 
 
 
161 aa  100  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.21 
 
 
146 aa  99.8  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
164 aa  99.8  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.04 
 
 
151 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  42.57 
 
 
145 aa  99  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.74 
 
 
162 aa  97.8  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.17 
 
 
157 aa  97.4  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.27 
 
 
159 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.71 
 
 
174 aa  96.7  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
164 aa  96.7  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
164 aa  96.7  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>