155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1548 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  100 
 
 
153 aa  306  5.9999999999999995e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  70.42 
 
 
154 aa  187  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  64.79 
 
 
148 aa  184  4e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.79 
 
 
159 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.77 
 
 
156 aa  178  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.77 
 
 
156 aa  178  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  68.12 
 
 
147 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  58.9 
 
 
147 aa  176  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  63.24 
 
 
148 aa  169  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  56.03 
 
 
144 aa  168  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  57.45 
 
 
144 aa  160  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  60.32 
 
 
149 aa  160  8.000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  64.49 
 
 
149 aa  159  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.04 
 
 
153 aa  153  7e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  53.52 
 
 
149 aa  149  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.25 
 
 
162 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  54.49 
 
 
153 aa  147  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.15 
 
 
153 aa  147  7e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.66 
 
 
161 aa  145  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  54.93 
 
 
158 aa  140  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.68 
 
 
162 aa  140  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.03 
 
 
162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  48.05 
 
 
177 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  51.25 
 
 
173 aa  136  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.36 
 
 
162 aa  135  2e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  51.02 
 
 
159 aa  135  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.7 
 
 
151 aa  134  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.19 
 
 
173 aa  134  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  47.71 
 
 
169 aa  133  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  51.06 
 
 
155 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.64 
 
 
170 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.05 
 
 
151 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.24 
 
 
165 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.72 
 
 
155 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  44.16 
 
 
155 aa  130  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.18 
 
 
162 aa  130  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  51.85 
 
 
160 aa  130  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  50.31 
 
 
168 aa  130  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.12 
 
 
165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.12 
 
 
165 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.09 
 
 
150 aa  128  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.72 
 
 
151 aa  128  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.91 
 
 
167 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.79 
 
 
161 aa  127  7.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.14 
 
 
155 aa  126  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  47.92 
 
 
159 aa  126  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.65 
 
 
151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  49.28 
 
 
163 aa  125  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
164 aa  125  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.37 
 
 
161 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.76 
 
 
156 aa  124  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
156 aa  123  9e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.534215  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  44.87 
 
 
161 aa  122  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.35 
 
 
151 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.68 
 
 
157 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.35 
 
 
151 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.52 
 
 
149 aa  121  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
161 aa  120  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.97 
 
 
161 aa  120  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
159 aa  120  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
159 aa  120  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  48.99 
 
 
170 aa  120  7e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
164 aa  120  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
164 aa  120  9e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
164 aa  120  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.67 
 
 
164 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.98 
 
 
161 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.03 
 
 
160 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.9 
 
 
161 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  44.97 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.71 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.98 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.98 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.98 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  46.72 
 
 
166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.51 
 
 
162 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0944  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.29 
 
 
147 aa  118  3.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.97 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.47 
 
 
166 aa  117  7e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0286  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.09 
 
 
133 aa  116  9.999999999999999e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0843854  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  44.97 
 
 
157 aa  116  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.81 
 
 
165 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.26 
 
 
146 aa  115  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.9 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.9 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.76 
 
 
166 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.9 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.76 
 
 
166 aa  115  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
159 aa  114  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>