153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2002 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
164 aa  328  3e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  82.82 
 
 
167 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  90.96 
 
 
165 aa  262  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  76.92 
 
 
162 aa  246  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  77.92 
 
 
170 aa  244  3e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  79.31 
 
 
162 aa  239  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  79.87 
 
 
165 aa  218  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  62.11 
 
 
168 aa  201  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  60.87 
 
 
169 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  59.15 
 
 
177 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  59.51 
 
 
163 aa  195  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  59.88 
 
 
173 aa  194  6e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  62.24 
 
 
170 aa  184  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  62.24 
 
 
159 aa  179  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  54.72 
 
 
166 aa  169  1e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  56.38 
 
 
160 aa  167  5e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  54.32 
 
 
160 aa  162  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.45 
 
 
165 aa  158  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.05 
 
 
149 aa  158  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.45 
 
 
165 aa  158  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.45 
 
 
165 aa  157  7e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.86 
 
 
150 aa  153  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.35 
 
 
159 aa  147  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.97 
 
 
173 aa  144  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.15 
 
 
144 aa  144  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.82 
 
 
153 aa  144  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  48.28 
 
 
149 aa  139  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.41 
 
 
165 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.41 
 
 
171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
147 aa  137  4.999999999999999e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.65 
 
 
151 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.98 
 
 
156 aa  136  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  46.75 
 
 
158 aa  136  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.65 
 
 
156 aa  135  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.83 
 
 
148 aa  132  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.94 
 
 
149 aa  131  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.83 
 
 
147 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.37 
 
 
153 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.71 
 
 
158 aa  131  3.9999999999999996e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  46.67 
 
 
148 aa  131  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
151 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.3 
 
 
164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
151 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
162 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.47 
 
 
151 aa  127  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  48.03 
 
 
159 aa  127  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  46.5 
 
 
166 aa  127  8.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.89 
 
 
161 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
152 aa  125  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48 
 
 
155 aa  125  2.0000000000000002e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.55 
 
 
151 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.78 
 
 
162 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1758  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.94 
 
 
160 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.28 
 
 
151 aa  124  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  48.91 
 
 
153 aa  124  6e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  45.93 
 
 
155 aa  123  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.36 
 
 
173 aa  122  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
164 aa  122  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.29 
 
 
155 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
147 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  49.64 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.82 
 
 
151 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.3 
 
 
157 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.82 
 
 
151 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.03 
 
 
151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  44.53 
 
 
144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  51.79 
 
 
147 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  46.62 
 
 
155 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06066  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.85 
 
 
156 aa  113  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0237058  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00861  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.85 
 
 
156 aa  113  8.999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.145358  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.21 
 
 
164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.39 
 
 
156 aa  110  9e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
159 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  48.21 
 
 
153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.49 
 
 
166 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.49 
 
 
166 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
161 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  48.21 
 
 
144 aa  107  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  42.22 
 
 
155 aa  107  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.54 
 
 
160 aa  107  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.38 
 
 
160 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
146 aa  106  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  45.65 
 
 
149 aa  106  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>