158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_1407 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  100 
 
 
177 aa  355  9.999999999999999e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  96.61 
 
 
173 aa  337  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  92.09 
 
 
169 aa  324  5e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  72.88 
 
 
170 aa  254  6e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  70.55 
 
 
168 aa  234  6e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  74 
 
 
163 aa  231  3e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  69.66 
 
 
159 aa  194  7e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.79 
 
 
167 aa  190  9e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  62.24 
 
 
162 aa  189  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  62.94 
 
 
170 aa  186  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  60.84 
 
 
162 aa  184  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  57.67 
 
 
166 aa  179  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  59.09 
 
 
160 aa  178  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  59.15 
 
 
164 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.93 
 
 
165 aa  175  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  58.23 
 
 
160 aa  174  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  60.25 
 
 
165 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.72 
 
 
149 aa  163  9e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.24 
 
 
165 aa  160  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.25 
 
 
153 aa  159  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.14 
 
 
165 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.71 
 
 
165 aa  158  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.71 
 
 
165 aa  158  3e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.56 
 
 
171 aa  157  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  58.87 
 
 
150 aa  157  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  57.66 
 
 
159 aa  149  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.15 
 
 
144 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.64 
 
 
156 aa  145  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.82 
 
 
147 aa  142  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.94 
 
 
148 aa  142  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
149 aa  142  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.23 
 
 
173 aa  141  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.66 
 
 
161 aa  140  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  50.33 
 
 
158 aa  140  9e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  58.97 
 
 
149 aa  140  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.9 
 
 
151 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.43 
 
 
153 aa  139  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
147 aa  138  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  50.31 
 
 
159 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.05 
 
 
151 aa  138  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  48.05 
 
 
153 aa  136  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
151 aa  135  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.41 
 
 
151 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  56 
 
 
166 aa  135  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.45 
 
 
155 aa  135  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.45 
 
 
151 aa  134  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  49.28 
 
 
155 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  48.53 
 
 
148 aa  132  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
162 aa  132  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
162 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.89 
 
 
152 aa  131  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.32 
 
 
151 aa  130  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.26 
 
 
173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.37 
 
 
151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.37 
 
 
151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.55 
 
 
151 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.65 
 
 
158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  53.24 
 
 
154 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  45.89 
 
 
144 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.69 
 
 
147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.96 
 
 
157 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  56.25 
 
 
147 aa  125  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.93 
 
 
162 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1758  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
160 aa  124  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.47 
 
 
163 aa  122  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
155 aa  120  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
159 aa  120  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.98 
 
 
164 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.91 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
153 aa  119  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.83 
 
 
159 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.83 
 
 
159 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  49.59 
 
 
144 aa  119  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.41 
 
 
175 aa  119  3e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.83 
 
 
159 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.83 
 
 
159 aa  118  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
159 aa  117  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
159 aa  117  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
159 aa  117  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  51.82 
 
 
149 aa  117  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
161 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.76 
 
 
164 aa  116  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.87 
 
 
162 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.88 
 
 
166 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.88 
 
 
166 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
166 aa  115  5e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.32 
 
 
160 aa  114  8.999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0211  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.23 
 
 
162 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
161 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.28 
 
 
162 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>