159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4057 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
149 aa  300  6.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  79.72 
 
 
159 aa  239  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  73.43 
 
 
156 aa  219  9e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  72.73 
 
 
156 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  60.43 
 
 
148 aa  178  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  65.03 
 
 
154 aa  172  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  59.46 
 
 
148 aa  172  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  55.03 
 
 
153 aa  168  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  61.87 
 
 
147 aa  166  7e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55 
 
 
153 aa  164  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  64.1 
 
 
162 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  60.14 
 
 
149 aa  156  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  52.82 
 
 
144 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  58.4 
 
 
153 aa  153  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.8 
 
 
147 aa  152  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.3 
 
 
151 aa  152  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.74 
 
 
153 aa  152  2e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  54.35 
 
 
166 aa  152  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.24 
 
 
162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.07 
 
 
162 aa  150  4e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.35 
 
 
162 aa  150  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
162 aa  150  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.62 
 
 
167 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.79 
 
 
173 aa  150  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.72 
 
 
161 aa  150  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.07 
 
 
170 aa  149  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.64 
 
 
151 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  57.14 
 
 
177 aa  149  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  56.43 
 
 
169 aa  148  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  49.26 
 
 
155 aa  147  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  56.43 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  55.46 
 
 
144 aa  145  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  48.2 
 
 
149 aa  144  5e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  51.45 
 
 
160 aa  142  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.68 
 
 
155 aa  141  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.23 
 
 
151 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  51.77 
 
 
160 aa  141  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.54 
 
 
151 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  49.64 
 
 
159 aa  139  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.54 
 
 
151 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.69 
 
 
151 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  52.9 
 
 
168 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.07 
 
 
165 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.23 
 
 
157 aa  136  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.45 
 
 
164 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  51.03 
 
 
158 aa  134  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0944  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.55 
 
 
147 aa  134  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  52.86 
 
 
170 aa  133  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.72 
 
 
165 aa  132  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  51.08 
 
 
163 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.97 
 
 
146 aa  130  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.76 
 
 
164 aa  128  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  50.72 
 
 
159 aa  128  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.55 
 
 
161 aa  128  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
164 aa  127  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.48 
 
 
160 aa  127  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
160 aa  126  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
161 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
161 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.36 
 
 
155 aa  125  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.94 
 
 
173 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
162 aa  124  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  124  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.38 
 
 
166 aa  124  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  124  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
164 aa  124  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
164 aa  124  4.0000000000000003e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
164 aa  124  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
161 aa  124  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.76 
 
 
149 aa  124  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.96 
 
 
174 aa  124  6e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
161 aa  124  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  42.45 
 
 
155 aa  124  6e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.33 
 
 
166 aa  123  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.33 
 
 
166 aa  123  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  40.14 
 
 
161 aa  123  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.84 
 
 
159 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
175 aa  122  1e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
159 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.91 
 
 
166 aa  122  2e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.13 
 
 
159 aa  122  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.18 
 
 
160 aa  122  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.84 
 
 
159 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.84 
 
 
159 aa  121  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  44.78 
 
 
145 aa  120  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.13 
 
 
159 aa  121  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.67 
 
 
161 aa  121  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.76 
 
 
162 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.76 
 
 
162 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.76 
 
 
162 aa  120  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.4 
 
 
163 aa  120  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>