159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_1368 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  100 
 
 
149 aa  301  3.0000000000000004e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  52.48 
 
 
148 aa  161  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
148 aa  159  2e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  58.27 
 
 
158 aa  154  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  54.81 
 
 
159 aa  154  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.45 
 
 
156 aa  153  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
156 aa  152  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
162 aa  151  2.9999999999999998e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  53.52 
 
 
153 aa  149  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.63 
 
 
147 aa  149  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
159 aa  148  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.98 
 
 
162 aa  149  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.98 
 
 
170 aa  145  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.37 
 
 
151 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
161 aa  144  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
173 aa  143  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  49.26 
 
 
169 aa  142  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.62 
 
 
167 aa  142  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  49.65 
 
 
168 aa  142  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
177 aa  142  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  50.71 
 
 
147 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  54.73 
 
 
154 aa  138  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  42.96 
 
 
144 aa  138  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.64 
 
 
153 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.91 
 
 
165 aa  137  4.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.91 
 
 
165 aa  137  4.999999999999999e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.29 
 
 
173 aa  137  7e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  47.1 
 
 
160 aa  135  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.76 
 
 
155 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.37 
 
 
162 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.62 
 
 
162 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.63 
 
 
165 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.43 
 
 
162 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
163 aa  134  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.27 
 
 
151 aa  133  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.26 
 
 
149 aa  133  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.97 
 
 
166 aa  133  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.97 
 
 
166 aa  133  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
149 aa  133  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  45.77 
 
 
144 aa  133  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  48.55 
 
 
166 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  48.53 
 
 
160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  42.96 
 
 
155 aa  130  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  130  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  130  6.999999999999999e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.43 
 
 
159 aa  130  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  48.23 
 
 
159 aa  130  7.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.36 
 
 
153 aa  129  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.43 
 
 
159 aa  129  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.43 
 
 
159 aa  129  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
159 aa  127  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.48 
 
 
149 aa  128  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
159 aa  127  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.28 
 
 
164 aa  127  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.37 
 
 
155 aa  127  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  40.28 
 
 
145 aa  126  8.000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.59 
 
 
165 aa  126  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.52 
 
 
174 aa  126  9.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  44.85 
 
 
170 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.52 
 
 
146 aa  126  1.0000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
159 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.71 
 
 
159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  46.72 
 
 
153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.97 
 
 
151 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.36 
 
 
164 aa  124  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.36 
 
 
164 aa  124  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.36 
 
 
164 aa  124  6e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.45 
 
 
165 aa  123  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.37 
 
 
157 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.44 
 
 
152 aa  122  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
160 aa  122  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.11 
 
 
156 aa  122  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.3 
 
 
147 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  42.96 
 
 
155 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.57 
 
 
164 aa  122  2e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.88 
 
 
151 aa  120  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.75 
 
 
144 aa  120  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.15 
 
 
164 aa  120  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  45.77 
 
 
157 aa  119  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.15 
 
 
161 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.14 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.26 
 
 
150 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.57 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.06 
 
 
163 aa  118  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.14 
 
 
164 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0211  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.6 
 
 
162 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
161 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0944  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.45 
 
 
147 aa  117  6e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  46.32 
 
 
158 aa  117  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40 
 
 
162 aa  117  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>