158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_4992 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  100 
 
 
170 aa  343  8.999999999999999e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  77.33 
 
 
169 aa  263  8e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  76.57 
 
 
173 aa  263  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  73.89 
 
 
177 aa  259  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  70.19 
 
 
168 aa  235  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  67.47 
 
 
163 aa  230  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  68.63 
 
 
159 aa  206  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  62.26 
 
 
166 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  60.37 
 
 
160 aa  183  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  59.35 
 
 
170 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  60 
 
 
162 aa  181  5.0000000000000004e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.17 
 
 
167 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  57.96 
 
 
160 aa  177  7e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  59.44 
 
 
162 aa  175  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.85 
 
 
171 aa  166  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  58.04 
 
 
149 aa  165  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  62.24 
 
 
164 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.85 
 
 
165 aa  165  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  61.54 
 
 
165 aa  162  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.42 
 
 
165 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.08 
 
 
150 aa  158  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.71 
 
 
165 aa  156  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.56 
 
 
153 aa  155  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.29 
 
 
165 aa  153  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.29 
 
 
165 aa  153  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.55 
 
 
144 aa  149  1e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
173 aa  142  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  51.41 
 
 
158 aa  139  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  51.27 
 
 
166 aa  135  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.48 
 
 
151 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.59 
 
 
158 aa  132  3e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
148 aa  131  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.06 
 
 
151 aa  130  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.62 
 
 
159 aa  129  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.94 
 
 
151 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.45 
 
 
151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.18 
 
 
147 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
151 aa  128  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  47.83 
 
 
155 aa  127  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.18 
 
 
147 aa  127  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.8 
 
 
155 aa  127  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  44.85 
 
 
149 aa  126  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.9 
 
 
159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.41 
 
 
147 aa  125  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.55 
 
 
156 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  48.23 
 
 
159 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.72 
 
 
151 aa  124  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  124  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  124  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
162 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  124  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  124  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
162 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.93 
 
 
149 aa  123  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.2 
 
 
164 aa  123  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.31 
 
 
156 aa  123  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.03 
 
 
173 aa  123  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  123  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
159 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  58.47 
 
 
162 aa  122  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.71 
 
 
163 aa  122  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.45 
 
 
164 aa  122  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
153 aa  121  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.66 
 
 
152 aa  121  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
166 aa  120  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.14 
 
 
166 aa  120  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  52.68 
 
 
153 aa  120  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  49.66 
 
 
153 aa  120  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45 
 
 
161 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  46.27 
 
 
144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.32 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  43.92 
 
 
155 aa  118  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.94 
 
 
161 aa  119  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.52 
 
 
161 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.73 
 
 
157 aa  117  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.17 
 
 
160 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  44.85 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.86 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
161 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.53 
 
 
160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  45 
 
 
161 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.94 
 
 
161 aa  115  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
151 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
151 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1758  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
160 aa  114  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.52 
 
 
162 aa  114  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.23 
 
 
161 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.23 
 
 
161 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.41 
 
 
151 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>