159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2445 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
156 aa  313  7e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  98.08 
 
 
156 aa  309  9e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  76.82 
 
 
159 aa  233  9e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  61.87 
 
 
148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  62.84 
 
 
154 aa  187  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  71.54 
 
 
149 aa  186  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  59.56 
 
 
148 aa  180  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  55.77 
 
 
153 aa  178  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.29 
 
 
162 aa  172  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.63 
 
 
162 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.73 
 
 
147 aa  170  5e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  68.38 
 
 
162 aa  171  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.68 
 
 
161 aa  163  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  60.87 
 
 
149 aa  162  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  58.99 
 
 
147 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.05 
 
 
151 aa  161  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.14 
 
 
153 aa  156  8e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  55.4 
 
 
153 aa  156  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  51.08 
 
 
144 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  53.62 
 
 
159 aa  153  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.99 
 
 
155 aa  152  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.92 
 
 
151 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  50.35 
 
 
149 aa  152  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.33 
 
 
157 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.68 
 
 
151 aa  150  8e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.19 
 
 
153 aa  149  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  48 
 
 
155 aa  147  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  51.77 
 
 
144 aa  147  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.39 
 
 
162 aa  147  6e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
177 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  49.35 
 
 
166 aa  145  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.36 
 
 
151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.36 
 
 
151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.64 
 
 
151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  53.15 
 
 
158 aa  144  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.33 
 
 
173 aa  144  5e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  48.72 
 
 
169 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.67 
 
 
167 aa  143  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.02 
 
 
162 aa  142  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.34 
 
 
170 aa  142  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  48.65 
 
 
160 aa  140  6e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0944  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.08 
 
 
147 aa  140  7e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  48.08 
 
 
173 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.59 
 
 
144 aa  139  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  53.62 
 
 
168 aa  138  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.63 
 
 
165 aa  135  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  47.44 
 
 
160 aa  135  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.79 
 
 
165 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.79 
 
 
165 aa  132  9.999999999999999e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  42.86 
 
 
155 aa  132  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  51.08 
 
 
158 aa  131  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
165 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  47.33 
 
 
145 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.48 
 
 
155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.98 
 
 
164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  48.73 
 
 
163 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.48 
 
 
161 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.48 
 
 
161 aa  127  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.96 
 
 
146 aa  126  9.000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
161 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.45 
 
 
151 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  47.92 
 
 
159 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
161 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.84 
 
 
160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.14 
 
 
164 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.64 
 
 
165 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.76 
 
 
149 aa  124  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.53 
 
 
151 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
164 aa  123  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  49.31 
 
 
170 aa  123  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
162 aa  123  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.89 
 
 
151 aa  122  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.55 
 
 
150 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.36 
 
 
166 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.06 
 
 
147 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.12 
 
 
156 aa  122  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.36 
 
 
166 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.81 
 
 
162 aa  122  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296266  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.97 
 
 
161 aa  122  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.76 
 
 
163 aa  121  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.81 
 
 
161 aa  121  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.14 
 
 
159 aa  121  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.14 
 
 
159 aa  121  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.59 
 
 
173 aa  121  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.87 
 
 
143 aa  120  6e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.51 
 
 
159 aa  120  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.51 
 
 
159 aa  120  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.01 
 
 
160 aa  120  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.87 
 
 
143 aa  120  7e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
162 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
162 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
162 aa  120  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.93 
 
 
152 aa  119  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  41.83 
 
 
157 aa  119  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.91 
 
 
174 aa  120  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  40.28 
 
 
161 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.5 
 
 
161 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.51 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44 
 
 
159 aa  118  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.51 
 
 
159 aa  118  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>