156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A2434 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
159 aa  328  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
159 aa  328  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  98.74 
 
 
159 aa  327  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  98.74 
 
 
159 aa  327  4e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  98.11 
 
 
159 aa  325  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  98.74 
 
 
159 aa  323  5e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  98.11 
 
 
159 aa  323  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  98.11 
 
 
159 aa  323  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4205  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  94.58 
 
 
166 aa  320  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2593  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  94.58 
 
 
166 aa  320  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.257893 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  81.76 
 
 
159 aa  280  8.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  81.13 
 
 
159 aa  278  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.3 
 
 
164 aa  225  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.3 
 
 
164 aa  225  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.3 
 
 
164 aa  225  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2420  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  65.99 
 
 
160 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  65.36 
 
 
164 aa  210  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  62.99 
 
 
160 aa  206  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  59.18 
 
 
160 aa  184  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  59.18 
 
 
161 aa  181  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  59.73 
 
 
174 aa  180  9.000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  57.82 
 
 
161 aa  179  1e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55 
 
 
161 aa  177  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.49 
 
 
164 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1030  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.33 
 
 
178 aa  177  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.12 
 
 
161 aa  176  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.33 
 
 
161 aa  173  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.33 
 
 
161 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  58.33 
 
 
155 aa  171  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54 
 
 
161 aa  170  9e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0241  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  55.33 
 
 
162 aa  170  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0554704  hitchhiker  0.000102983 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.67 
 
 
162 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54 
 
 
163 aa  169  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.67 
 
 
162 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.67 
 
 
162 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54 
 
 
161 aa  168  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0211  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.33 
 
 
162 aa  168  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54.67 
 
 
162 aa  167  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296266  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  54 
 
 
162 aa  167  7e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  56.46 
 
 
146 aa  166  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.5 
 
 
164 aa  155  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.35 
 
 
155 aa  148  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.32 
 
 
161 aa  147  5e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.15 
 
 
162 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
151 aa  143  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
159 aa  142  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.53 
 
 
162 aa  142  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.32 
 
 
151 aa  140  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  53.42 
 
 
157 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.75 
 
 
151 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  42.77 
 
 
155 aa  134  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  45.21 
 
 
148 aa  130  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
159 aa  130  9e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  45 
 
 
149 aa  127  4.0000000000000003e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.37 
 
 
155 aa  127  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  45.89 
 
 
157 aa  127  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.33 
 
 
153 aa  127  8.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.98 
 
 
175 aa  126  9.000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.58 
 
 
166 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.9 
 
 
166 aa  125  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
173 aa  125  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  43.75 
 
 
144 aa  124  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.63 
 
 
151 aa  124  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.63 
 
 
151 aa  124  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  46.21 
 
 
170 aa  123  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.58 
 
 
147 aa  123  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.95 
 
 
151 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  43.23 
 
 
173 aa  121  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.3 
 
 
156 aa  122  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.14 
 
 
156 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  44.83 
 
 
169 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.51 
 
 
156 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  44.06 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.58 
 
 
148 aa  117  4.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  44.14 
 
 
177 aa  117  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.45 
 
 
162 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.8 
 
 
149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  44.76 
 
 
168 aa  115  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  43.57 
 
 
153 aa  114  3.9999999999999997e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.36 
 
 
167 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
143 aa  112  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
143 aa  112  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.76 
 
 
162 aa  112  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  45.97 
 
 
144 aa  112  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.38 
 
 
170 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  42.76 
 
 
163 aa  110  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  42.54 
 
 
153 aa  110  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.06 
 
 
162 aa  110  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  43.06 
 
 
166 aa  110  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.69 
 
 
153 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  44.63 
 
 
147 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>