159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3989 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  100 
 
 
155 aa  313  4e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  61.87 
 
 
145 aa  175  2e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  58.16 
 
 
156 aa  160  5.0000000000000005e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.534215  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.65 
 
 
153 aa  145  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.14 
 
 
148 aa  137  7.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.84 
 
 
159 aa  135  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  44 
 
 
160 aa  134  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
156 aa  132  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.86 
 
 
156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  44.16 
 
 
153 aa  130  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  48.55 
 
 
154 aa  130  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.11 
 
 
147 aa  130  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  44.3 
 
 
144 aa  130  7.999999999999999e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.67 
 
 
153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.3 
 
 
151 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  42.96 
 
 
149 aa  122  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
153 aa  121  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.96 
 
 
162 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.21 
 
 
155 aa  121  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.96 
 
 
162 aa  121  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  42 
 
 
168 aa  120  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.53 
 
 
149 aa  120  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.52 
 
 
150 aa  119  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  48.18 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  42.47 
 
 
166 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.15 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.89 
 
 
162 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.62 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.57 
 
 
162 aa  118  3e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  45.86 
 
 
149 aa  118  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.71 
 
 
144 aa  117  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.74 
 
 
162 aa  117  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.72 
 
 
151 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.96 
 
 
167 aa  117  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.72 
 
 
151 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.22 
 
 
149 aa  116  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  38.93 
 
 
148 aa  115  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  39.04 
 
 
158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.83 
 
 
151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  39.74 
 
 
160 aa  115  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  41.91 
 
 
159 aa  115  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.72 
 
 
165 aa  114  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.72 
 
 
165 aa  114  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.83 
 
 
165 aa  114  5e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  46.34 
 
 
166 aa  114  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  45.7 
 
 
170 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  41.98 
 
 
147 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.04 
 
 
151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  43.51 
 
 
144 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  37.5 
 
 
155 aa  110  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  42.95 
 
 
169 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.48 
 
 
157 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  40.79 
 
 
158 aa  110  8.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.07 
 
 
163 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  42.95 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.96 
 
 
170 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  42.95 
 
 
177 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  40.88 
 
 
163 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.3 
 
 
165 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.59 
 
 
171 aa  107  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3501  CcmE/CycJ protein  41.61 
 
 
156 aa  107  5e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.77 
 
 
158 aa  107  6e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.44 
 
 
173 aa  106  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.96 
 
 
151 aa  106  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.18 
 
 
164 aa  105  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.18 
 
 
164 aa  105  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.18 
 
 
164 aa  105  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1564  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.76 
 
 
142 aa  104  5e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.114776  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.09 
 
 
147 aa  104  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.03 
 
 
166 aa  103  7e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.42 
 
 
164 aa  103  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.19 
 
 
152 aa  103  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
161 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0228693  unclonable  0.0000000000264125 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0222  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
161 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525442 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0175  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.28 
 
 
161 aa  102  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.268493  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.6 
 
 
156 aa  103  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0259  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
161 aa  102  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
161 aa  102  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.153064  unclonable  0.0000000000366599 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3731  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
162 aa  102  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0433902  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.48 
 
 
164 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.42 
 
 
166 aa  101  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0186  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.1 
 
 
161 aa  101  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000150623  hitchhiker  0.00142907 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.71 
 
 
175 aa  101  3e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1621  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.53 
 
 
142 aa  101  4e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.376219  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
162 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.2014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4028  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
162 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.781991  hitchhiker  0.0000000663113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0227  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
162 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0141464  normal  0.0556364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.96 
 
 
165 aa  101  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.79 
 
 
155 aa  101  5e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4291  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.65 
 
 
161 aa  100  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000100265 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.4 
 
 
151 aa  100  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4663  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.1 
 
 
161 aa  100  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.257134  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0224  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.35 
 
 
162 aa  100  7e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0296266  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.22 
 
 
164 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0944  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.86 
 
 
147 aa  99.8  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  36.91 
 
 
157 aa  99.8  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.92 
 
 
174 aa  99.8  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.41 
 
 
151 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0211  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.18 
 
 
162 aa  99.4  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0270358  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.86 
 
 
164 aa  99.4  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>