150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0899 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
151 aa  304  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  96.69 
 
 
151 aa  293  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  90.07 
 
 
151 aa  270  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  77.08 
 
 
147 aa  228  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  69.29 
 
 
152 aa  205  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  70.14 
 
 
147 aa  196  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1758  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  69.93 
 
 
160 aa  193  8.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.86 
 
 
162 aa  142  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.14 
 
 
162 aa  140  4e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  48.65 
 
 
168 aa  137  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
170 aa  135  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  51.77 
 
 
173 aa  134  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  52.45 
 
 
177 aa  134  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  51.75 
 
 
169 aa  133  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  49.29 
 
 
166 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  47.95 
 
 
163 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  51.06 
 
 
170 aa  130  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  49.32 
 
 
159 aa  130  6.999999999999999e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.86 
 
 
167 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.37 
 
 
156 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.94 
 
 
153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.99 
 
 
165 aa  124  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.2 
 
 
150 aa  125  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.71 
 
 
144 aa  124  5e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.66 
 
 
164 aa  123  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
165 aa  122  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.89 
 
 
156 aa  122  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  48.57 
 
 
160 aa  122  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.77 
 
 
173 aa  121  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.96 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.534215  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  44.68 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  45.81 
 
 
160 aa  119  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.18 
 
 
148 aa  118  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.71 
 
 
165 aa  118  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  48.91 
 
 
148 aa  117  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
171 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  43.41 
 
 
145 aa  115  3e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
165 aa  114  3.9999999999999997e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  44.59 
 
 
149 aa  114  3.9999999999999997e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.29 
 
 
165 aa  114  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  46.21 
 
 
153 aa  114  5e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.57 
 
 
165 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
162 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.26 
 
 
151 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  42.96 
 
 
155 aa  113  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.83 
 
 
155 aa  113  7.999999999999999e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.14 
 
 
162 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.45 
 
 
159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.07 
 
 
151 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.26 
 
 
151 aa  111  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
149 aa  110  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.54 
 
 
147 aa  110  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.28 
 
 
173 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06066  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.11 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0237058  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00861  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.11 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.145358  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.36 
 
 
161 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.55 
 
 
175 aa  108  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  52.38 
 
 
149 aa  107  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.53 
 
 
155 aa  106  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.55 
 
 
156 aa  106  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  44.96 
 
 
155 aa  106  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.6 
 
 
153 aa  104  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.88 
 
 
151 aa  103  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  39.46 
 
 
158 aa  104  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.88 
 
 
151 aa  103  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  48.62 
 
 
153 aa  103  9e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.44 
 
 
158 aa  103  9e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.76 
 
 
166 aa  103  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.85 
 
 
164 aa  103  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  48.76 
 
 
147 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.76 
 
 
166 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  50 
 
 
154 aa  102  2e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  43.28 
 
 
144 aa  102  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3892  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50 
 
 
151 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00332618  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.46 
 
 
164 aa  101  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0373  putative cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.43 
 
 
162 aa  101  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00440688 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.13 
 
 
161 aa  100  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  36.13 
 
 
161 aa  99.8  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  41.18 
 
 
157 aa  99  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.06 
 
 
160 aa  98.6  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3573  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.19 
 
 
163 aa  97.4  6e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.075405  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  45.61 
 
 
144 aa  97.1  7e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  39.72 
 
 
155 aa  97.1  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2277  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.01 
 
 
146 aa  97.1  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.61 
 
 
157 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  41.26 
 
 
166 aa  96.7  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0286  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.3 
 
 
133 aa  95.9  2e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0843854  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0397  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.5 
 
 
174 aa  94.7  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.322278  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0586  CcmE/CycJ protein  46.85 
 
 
149 aa  95.5  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1564  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.23 
 
 
142 aa  94.7  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.114776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.66 
 
 
164 aa  94.4  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0391  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.66 
 
 
164 aa  94.4  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.377712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1500  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.66 
 
 
164 aa  94.4  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.71 
 
 
143 aa  93.2  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1621  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.5 
 
 
142 aa  93.2  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.376219  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0972  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  35.43 
 
 
130 aa  92.4  2e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.411706  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2703  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.34 
 
 
153 aa  92.4  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.679884  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.71 
 
 
143 aa  92.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.55 
 
 
159 aa  92.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1686  CcmE/CycJ protein  45.13 
 
 
158 aa  92.8  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>