152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3974 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3974  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  100 
 
 
147 aa  296  5e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  70.14 
 
 
151 aa  207  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0593927 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1591  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  70.14 
 
 
151 aa  206  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0834574 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1124  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.35 
 
 
147 aa  202  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2945  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  67.35 
 
 
151 aa  201  3e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.639036  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  63.57 
 
 
152 aa  191  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.689717  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1758  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  63.27 
 
 
160 aa  181  4.0000000000000006e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1402  CcmE/CycJ protein  51.06 
 
 
169 aa  142  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0579765 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1682  CcmE/CycJ protein  51.06 
 
 
173 aa  142  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.125313  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4992  CcmE/CycJ protein  52.41 
 
 
170 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000144292 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1407  CcmE/CycJ protein  50.69 
 
 
177 aa  142  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.494992  normal  0.044054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4167  CcmE/CycJ protein  50.71 
 
 
168 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.97506  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.94 
 
 
167 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1438  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.1 
 
 
162 aa  139  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0437  CcmE/CycJ protein  48.23 
 
 
166 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.898696 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1192  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.81 
 
 
162 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.164675  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4432  CcmE/CycJ protein  50.35 
 
 
163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2231  CcmE/CycJ protein  50.35 
 
 
160 aa  137  7e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0036  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  51.77 
 
 
153 aa  135  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3072  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.52 
 
 
170 aa  135  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1656  CcmE/CycJ protein  49.65 
 
 
159 aa  134  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0590043  normal  0.627493 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.63 
 
 
156 aa  133  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.534215  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1835  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.35 
 
 
165 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0459521  normal  0.708765 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0940  CcmE/CycJ protein  47.86 
 
 
160 aa  127  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2853  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.75 
 
 
173 aa  127  7.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1363  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.39 
 
 
149 aa  126  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2670  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.77 
 
 
165 aa  124  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1956  CcmE/CycJ protein  46.27 
 
 
159 aa  123  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.07 
 
 
165 aa  122  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3449  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
165 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.750289  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2787  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.45 
 
 
161 aa  122  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0607  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.07 
 
 
165 aa  122  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0634  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.04 
 
 
150 aa  121  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361156  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2002  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  49.65 
 
 
164 aa  120  5e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0854915  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0921  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.36 
 
 
171 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.244094  normal  0.0612826 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4769  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.15 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.66 
 
 
165 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2445  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.77 
 
 
156 aa  118  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.816546 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0898  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.68 
 
 
144 aa  117  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.137616  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2851  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  47.41 
 
 
156 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846443  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1548  CcmE/CycJ protein  46.21 
 
 
153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.40263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3848  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.72 
 
 
162 aa  116  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30410  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.23 
 
 
155 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45330  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.99 
 
 
162 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4000  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.61 
 
 
147 aa  115  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1210  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.22 
 
 
148 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.260139  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2933  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.25 
 
 
173 aa  114  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.601085 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3892  CcmE/CycJ protein  49.65 
 
 
166 aa  114  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0109429  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.19 
 
 
175 aa  113  6.9999999999999995e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2957  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.07 
 
 
151 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3411  CcmE/CycJ protein  43.26 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  45.26 
 
 
153 aa  111  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1825  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  40.14 
 
 
166 aa  111  3e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.153118  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2109  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.26 
 
 
166 aa  111  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3649  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.75 
 
 
151 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3389  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  43.8 
 
 
155 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1581  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  44.37 
 
 
151 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409535  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2389  CcmE/CycJ protein  42.36 
 
 
148 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000465809  hitchhiker  0.0000169604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1517  CcmE/CycJ protein  48.06 
 
 
145 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1368  CcmE/CycJ protein  41.04 
 
 
149 aa  109  2.0000000000000002e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00217  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  42.54 
 
 
156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02124  periplasmic heme chaperone  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1462  CcmE/CycJ protein  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0744  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251219  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3334  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2335  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2496  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02083  hypothetical protein  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1453  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2345  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.97 
 
 
159 aa  108  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.666596 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3020  CcmE/CycJ protein  43.97 
 
 
155 aa  107  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4057  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  48.72 
 
 
149 aa  107  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.30033  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1514  CcmE/CycJ protein  42.75 
 
 
144 aa  107  6e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0940  CcmE/CycJ protein  41.43 
 
 
158 aa  105  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.253504  normal  0.217907 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1379  CcmE/CycJ protein  47.37 
 
 
144 aa  105  2e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03070  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  41.01 
 
 
164 aa  105  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.884076  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3995  CcmE/CycJ protein  48.15 
 
 
153 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.60024  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.13 
 
 
158 aa  104  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3387  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  39.16 
 
 
164 aa  103  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2385  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.93 
 
 
159 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3252  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.67 
 
 
164 aa  101  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1212  CcmE/CycJ protein  45.54 
 
 
154 aa  100  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1641  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.14 
 
 
160 aa  100  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.509174  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3989  CcmE/CycJ protein  40.14 
 
 
155 aa  100  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.244243 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00861  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.47 
 
 
156 aa  100  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.145358  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06066  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  50.47 
 
 
156 aa  100  7e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0237058  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03131  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  36.88 
 
 
161 aa  100  8e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4323  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.02 
 
 
151 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.117081  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1544  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.02 
 
 
151 aa  100  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3631  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  46.85 
 
 
157 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1870  cysteinyl-tRNA synthetase, class Ia  40.74 
 
 
157 aa  99.8  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19815  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2434  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.93 
 
 
159 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.614283 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2476  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.19 
 
 
159 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0523388  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2490  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.93 
 
 
159 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00918698 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4026  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  38.19 
 
 
159 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4147  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.93 
 
 
159 aa  100  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4098  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.93 
 
 
159 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4043  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE  37.93 
 
 
159 aa  99.8  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmE heme chaperone  36.88 
 
 
161 aa  99  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0041  CcmE/CycJ protein  41.88 
 
 
147 aa  98.2  3e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>