More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2372 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2372  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
201 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.67309 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.61 
 
 
299 aa  216  2e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5812  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.69 
 
 
299 aa  197  7.999999999999999e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  0.148731 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.23 
 
 
297 aa  195  4.0000000000000005e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2693  putative short chain oxidoreductase  60.51 
 
 
299 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64 
 
 
297 aa  188  4e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.335118 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.51 
 
 
299 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.42 
 
 
299 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337193  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.42 
 
 
299 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.42 
 
 
299 aa  186  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.51 
 
 
300 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0553918 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.78 
 
 
308 aa  186  3e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200803  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.11 
 
 
308 aa  181  5.0000000000000004e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000847254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.82 
 
 
302 aa  167  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.96 
 
 
301 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194706  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3013  putative oxidoreductase, short- chain dehydrogenase/reductase  49.66 
 
 
321 aa  141  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.45 
 
 
297 aa  127  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000449491  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.98 
 
 
307 aa  119  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.1 
 
 
307 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.1 
 
 
307 aa  115  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 
291 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.387596  hitchhiker  0.000782233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
287 aa  106  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.68 
 
 
296 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0965696 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.93 
 
 
271 aa  101  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
270 aa  101  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 
287 aa  100  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 
285 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 
292 aa  94  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.980475  normal  0.163061 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.88 
 
 
270 aa  94  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  38.2 
 
 
279 aa  92.4  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.56 
 
 
271 aa  92  5e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  41.13 
 
 
279 aa  92  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.85 
 
 
275 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
281 aa  89.4  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
278 aa  89.4  4e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
279 aa  87.8  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
268 aa  87.4  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  39.16 
 
 
283 aa  86.7  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  39.16 
 
 
278 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 
271 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  42.45 
 
 
272 aa  85.9  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 
286 aa  85.5  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000200632 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.05 
 
 
276 aa  85.1  7e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
266 aa  84.7  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  35.57 
 
 
272 aa  84.7  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
267 aa  84.3  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.54 
 
 
273 aa  84  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  38.97 
 
 
270 aa  84  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
306 aa  84  0.000000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
278 aa  84  0.000000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
300 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  35.57 
 
 
344 aa  83.6  0.000000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
268 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
273 aa  83.6  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
272 aa  82.8  0.000000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  37.59 
 
 
287 aa  82.8  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  40.29 
 
 
272 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  35.86 
 
 
272 aa  82.4  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  32.68 
 
 
286 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  38.03 
 
 
284 aa  81.6  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
277 aa  81.6  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  39.6 
 
 
278 aa  81.6  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
267 aa  81.3  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
282 aa  81.3  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
250 aa  81.3  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.41 
 
 
293 aa  81.3  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
275 aa  80.9  0.00000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
292 aa  80.1  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  35.03 
 
 
276 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  33.33 
 
 
304 aa  80.5  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 
247 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
273 aa  79.7  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.42 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.146439  normal  0.0308076 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.33 
 
 
282 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
272 aa  79.7  0.00000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
268 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
271 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
254 aa  77.8  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.496264  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  36.62 
 
 
274 aa  77.8  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  32.89 
 
 
268 aa  77.4  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
283 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
280 aa  77.4  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
314 aa  77.4  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
268 aa  76.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.03 
 
 
273 aa  77  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  30.13 
 
 
291 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
276 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
280 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.53 
 
 
248 aa  76.6  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
280 aa  77  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.88 
 
 
285 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
290 aa  77  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 
289 aa  76.6  0.0000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.23 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
290 aa  75.9  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>