More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2529 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_2529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
299 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5812  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.28 
 
 
299 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  0.148731 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.6 
 
 
299 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337193  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.89 
 
 
299 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  88.89 
 
 
299 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.27 
 
 
297 aa  409  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.14 
 
 
300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0553918 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.91 
 
 
297 aa  406  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.335118 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
301 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.194706  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2693  putative short chain oxidoreductase  63.85 
 
 
299 aa  388  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.233392  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.23 
 
 
308 aa  344  8.999999999999999e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200803  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.93 
 
 
299 aa  333  1e-90  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.88 
 
 
308 aa  328  5.0000000000000004e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000847254  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.24 
 
 
302 aa  318  9e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.182755 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3013  putative oxidoreductase, short- chain dehydrogenase/reductase  54.73 
 
 
321 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2372  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.51 
 
 
201 aa  187  2e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.67309 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.82 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
307 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.958738  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
307 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
297 aa  166  4e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000449491  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.42 
 
 
285 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
287 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
296 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0965696 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
291 aa  149  7e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.387596  hitchhiker  0.000782233 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2894  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.09 
 
 
287 aa  145  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
292 aa  142  6e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.980475  normal  0.163061 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
268 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.71 
 
 
286 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.49 
 
 
329 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.821163 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.27 
 
 
266 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  35.51 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
291 aa  113  3e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.56 
 
 
272 aa  112  5e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  37.74 
 
 
268 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  32.82 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
273 aa  110  3e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  32.55 
 
 
272 aa  110  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4067  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  34.22 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.122191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
344 aa  109  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 
338 aa  108  7.000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
286 aa  108  8.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  normal  0.69464 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.98 
 
 
272 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.46 
 
 
327 aa  108  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
281 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
317 aa  107  2e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  36.17 
 
 
279 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.51 
 
 
273 aa  106  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
285 aa  106  4e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.593467  normal  0.105062 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  38.3 
 
 
272 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.17 
 
 
270 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.41 
 
 
271 aa  105  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  33.45 
 
 
268 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  34.57 
 
 
276 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
273 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 
273 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
282 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 
271 aa  104  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3541  short chain dehydrogenase  33.64 
 
 
270 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100637  normal  0.0669938 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  34.54 
 
 
278 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
270 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 
280 aa  102  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
284 aa  102  8e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
268 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 
268 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.57 
 
 
279 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.07 
 
 
258 aa  102  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.741108  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 
268 aa  102  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.01 
 
 
271 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  37.63 
 
 
271 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
278 aa  102  1e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.5 
 
 
265 aa  102  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 
242 aa  100  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 
279 aa  100  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
267 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.92 
 
 
281 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  26.98 
 
 
291 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 
283 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 
287 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.14 
 
 
275 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
272 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
272 aa  99.4  6e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
279 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.35 
 
 
342 aa  99  9e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 
272 aa  99  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
276 aa  99  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
275 aa  99  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  26.1 
 
 
291 aa  98.2  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000142979  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
282 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
296 aa  98.2  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
282 aa  98.2  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 
274 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
279 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.1 
 
 
268 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
249 aa  98.6  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.184253  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  37.3 
 
 
258 aa  97.8  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  26.98 
 
 
291 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  26.98 
 
 
281 aa  98.2  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 
276 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>