More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_0275 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0275  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  100 
 
 
354 aa  745    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0626  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  62.46 
 
 
441 aa  463  1e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000304657  hitchhiker  0.00000002328 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4019  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  56.45 
 
 
415 aa  432  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4903  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  57.56 
 
 
419 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.791512  normal  0.702459 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5513  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  57.56 
 
 
419 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.561681  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6095  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  57.56 
 
 
419 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.915935  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1223  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  57.56 
 
 
419 aa  419  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0131896  normal  0.0593975 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2197  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  58.89 
 
 
440 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.298068  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2104  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  52.3 
 
 
413 aa  395  1e-109  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0282857  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0653  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.97 
 
 
417 aa  396  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.008692  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1979  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.97 
 
 
417 aa  396  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.312745  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1481  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  52.17 
 
 
418 aa  390  1e-107  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.251743  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0416  RNA-directed DNA polymerase  52.89 
 
 
413 aa  387  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1076  RNA-directed DNA polymerase  52.89 
 
 
413 aa  387  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722331  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1245  RNA-directed DNA polymerase  52.89 
 
 
413 aa  387  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2112  RNA-directed DNA polymerase  52.89 
 
 
413 aa  387  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  54.82 
 
 
350 aa  385  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.951259  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0963  RNA-directed DNA polymerase  52.89 
 
 
413 aa  387  1e-106  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0470152  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4539  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  51.9 
 
 
413 aa  376  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal  0.634482 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0629  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  52.35 
 
 
411 aa  374  1e-102  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3730  RNA-directed DNA polymerase  48.62 
 
 
340 aa  337  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.70483 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3413  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.67 
 
 
417 aa  333  4e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.344584  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6736  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  47.67 
 
 
417 aa  333  4e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.328111  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0056  reverse transcriptase  42.4 
 
 
405 aa  271  1e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1001  reverse transcriptase  47.14 
 
 
251 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3237  retron-type reverse transcriptase-like  51.43 
 
 
189 aa  198  9e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  36.14 
 
 
454 aa  178  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0032  hypothetical protein  38.71 
 
 
256 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  35.62 
 
 
439 aa  169  6e-41  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0245  RNA-directed DNA polymerase  57.58 
 
 
231 aa  168  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2318  RNA-directed DNA polymerase  39.57 
 
 
425 aa  166  5e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.428183  normal  0.0142975 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2269  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  34.14 
 
 
446 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.295773  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1127  RNA-directed DNA polymerase  34.71 
 
 
449 aa  162  6e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.961113  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2554  reverse transcriptase  43.58 
 
 
183 aa  161  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2627  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.54 
 
 
493 aa  161  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.332645  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.52 
 
 
602 aa  160  3e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4007  RNA-directed DNA polymerase  32.38 
 
 
483 aa  157  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0086  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.65 
 
 
493 aa  156  4e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0622  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.02 
 
 
603 aa  156  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000352823  hitchhiker  0.00000108768 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.02 
 
 
603 aa  155  7e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.229974  normal  0.255999 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3286  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.49 
 
 
596 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0460784  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4139  RNA-directed DNA polymerase  32.06 
 
 
488 aa  151  1e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4446  group II intron-encoding maturase, putative  31.79 
 
 
373 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.687408  hitchhiker  0.0000544163 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24740  RNA-directed DNA polymerase  31.41 
 
 
591 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1310  RNA-directed DNA polymerase  32.01 
 
 
428 aa  149  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1369  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.94 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2930  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.94 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2879  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.94 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.6071  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3066  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.94 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1402  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.88 
 
 
607 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1400  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.88 
 
 
607 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2962  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.88 
 
 
607 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2964  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.88 
 
 
607 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1102  RNA-directed DNA polymerase  35.33 
 
 
495 aa  145  1e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.127965  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0556  RNA-directed DNA polymerase  32.08 
 
 
549 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1245  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.48 
 
 
427 aa  144  3e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3345  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.18 
 
 
548 aa  143  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0063  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.18 
 
 
548 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.904418 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0075  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.18 
 
 
548 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0196  RNA-directed DNA polymerase  34.18 
 
 
553 aa  142  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0091  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.18 
 
 
548 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2883  RNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 
566 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3429  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.18 
 
 
548 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3351  reverse transcriptase/endonuclease protein  34.18 
 
 
548 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.27608  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2197  RNA-directed DNA polymerase  33.65 
 
 
458 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.187035  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
585 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 
461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.67 
 
 
434 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.70829 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
490 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0135  RNA-directed DNA polymerase  31.42 
 
 
560 aa  139  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.994203  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4791  RNA-directed DNA polymerase  31.42 
 
 
560 aa  139  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4626  RNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 
503 aa  139  7e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3886  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.91 
 
 
440 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  33.78 
 
 
585 aa  139  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0654  RNA-directed DNA polymerase  32.23 
 
 
544 aa  139  1e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  32.51 
 
 
569 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  33.02 
 
 
585 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4118  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.91 
 
 
440 aa  138  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0253  RNA-directed DNA polymerase  32.53 
 
 
571 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1354  RNA-directed DNA polymerase  33.91 
 
 
495 aa  139  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2705  RNA-directed DNA polymerase  33.04 
 
 
503 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  30.21 
 
 
455 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1618  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000636906  hitchhiker  0.000000000000550097 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5840  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.8 
 
 
309 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2550  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0006691  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1455  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.170778  normal  0.343243 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1922  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1878  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.18587  normal  0.561944 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2375  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0975  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.171918  normal  0.086195 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0697  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1463  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1733  reverse transcriptase  31.23 
 
 
492 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000121059  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2838  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.38 
 
 
422 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  32.11 
 
 
635 aa  136  6.0000000000000005e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1207  RNA-directed DNA polymerase  31.29 
 
 
490 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0557529  normal  0.0455501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2134  RNA-directed DNA polymerase  31.29 
 
 
490 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.0852814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3124  RNA-directed DNA polymerase  31.29 
 
 
487 aa  135  7.000000000000001e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.125839  unclonable  0.0000204119 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  33.12 
 
 
635 aa  135  7.000000000000001e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2784  RNA-directed DNA polymerase  31.29 
 
 
490 aa  135  8e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.352446 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>