More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_D0032 on replicon NC_009788
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009788  EcE24377A_D0032  hypothetical protein  100 
 
 
256 aa  530  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0056  reverse transcriptase  96.83 
 
 
405 aa  498  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4019  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.74 
 
 
415 aa  209  5e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0416  RNA-directed DNA polymerase  44.31 
 
 
413 aa  205  7e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1076  RNA-directed DNA polymerase  44.31 
 
 
413 aa  205  7e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722331  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1245  RNA-directed DNA polymerase  44.31 
 
 
413 aa  205  7e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0963  RNA-directed DNA polymerase  44.31 
 
 
413 aa  205  7e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0470152  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2112  RNA-directed DNA polymerase  44.31 
 
 
413 aa  205  7e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3730  RNA-directed DNA polymerase  41.41 
 
 
340 aa  197  1.0000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.70483 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4539  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.08 
 
 
413 aa  189  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal  0.634482 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2104  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  39.92 
 
 
413 aa  188  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0282857  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1481  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.75 
 
 
418 aa  185  7e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.251743  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0230  reverse transcriptase  88 
 
 
100 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287968  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0626  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  42.91 
 
 
441 aa  176  4e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000304657  hitchhiker  0.00000002328 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0629  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.4 
 
 
411 aa  172  5e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.31 
 
 
350 aa  172  5e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.951259  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1223  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  40.08 
 
 
419 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0131896  normal  0.0593975 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6095  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  40.08 
 
 
419 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.915935  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5513  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  40.08 
 
 
419 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.561681  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4903  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  40.08 
 
 
419 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.791512  normal  0.702459 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0653  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.31 
 
 
417 aa  172  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.008692  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1979  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.31 
 
 
417 aa  172  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.312745  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0275  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  38.71 
 
 
354 aa  170  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1001  reverse transcriptase  39.73 
 
 
251 aa  161  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2197  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  37.5 
 
 
440 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.298068  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3413  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.6 
 
 
417 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.344584  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6736  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  35.6 
 
 
417 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.328111  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2554  reverse transcriptase  33.15 
 
 
183 aa  102  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1402  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.28 
 
 
607 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2962  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.28 
 
 
607 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1400  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.28 
 
 
607 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2964  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.28 
 
 
607 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2146  reverse transcriptase  37.3 
 
 
134 aa  92.8  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3237  retron-type reverse transcriptase-like  50 
 
 
189 aa  91.7  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2269  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  32.5 
 
 
446 aa  85.9  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.295773  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7399  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.5 
 
 
497 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.216758  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4446  group II intron-encoding maturase, putative  40.15 
 
 
373 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.687408  hitchhiker  0.0000544163 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3066  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.19 
 
 
487 aa  82  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2930  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.19 
 
 
487 aa  82  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2879  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.19 
 
 
487 aa  82  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.6071  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1369  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.19 
 
 
487 aa  82  0.000000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1335  RNA-directed DNA polymerase  34.12 
 
 
490 aa  81.3  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.104079  normal  0.0206218 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2627  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.81 
 
 
493 aa  80.1  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.332645  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24740  RNA-directed DNA polymerase  39.39 
 
 
591 aa  79.3  0.00000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3345  reverse transcriptase/endonuclease protein  29.91 
 
 
548 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0075  reverse transcriptase/endonuclease protein  29.91 
 
 
548 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3351  reverse transcriptase/endonuclease protein  29.91 
 
 
548 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.27608  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3429  reverse transcriptase/endonuclease protein  29.91 
 
 
548 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0091  reverse transcriptase/endonuclease protein  29.91 
 
 
548 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0063  reverse transcriptase/endonuclease protein  29.91 
 
 
548 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.904418 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0196  RNA-directed DNA polymerase  29.91 
 
 
553 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1245  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  29.44 
 
 
427 aa  77.4  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3286  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.57 
 
 
596 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0460784  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  31.25 
 
 
439 aa  76.3  0.0000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3148  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.16 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.444355  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3305  RNA-directed DNA polymerase  26.5 
 
 
635 aa  75.9  0.0000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00301539 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1733  reverse transcriptase  30.41 
 
 
492 aa  75.9  0.0000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000121059  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0086  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.82 
 
 
493 aa  75.9  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0239  RNA-directed DNA polymerase  27.48 
 
 
635 aa  75.5  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.114729  normal  0.0192073 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1035  hypothetical protein  32.26 
 
 
482 aa  75.9  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1253  hypothetical protein  32.26 
 
 
482 aa  75.9  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1977  hypothetical protein  32.26 
 
 
482 aa  75.9  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1310  RNA-directed DNA polymerase  35.29 
 
 
428 aa  75.1  0.0000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0690  RNA-directed DNA polymerase  28.96 
 
 
576 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0182771  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0765  RNA-directed DNA polymerase  28.96 
 
 
576 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2004  RNA-directed DNA polymerase  28.96 
 
 
576 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2039  RNA-directed DNA polymerase  28.96 
 
 
592 aa  74.7  0.000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.328329  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0011  reverse transcriptase/endonuclease protein  27.31 
 
 
602 aa  74.3  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2231  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  28.33 
 
 
411 aa  74.3  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000756298 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2318  RNA-directed DNA polymerase  34.56 
 
 
425 aa  73.6  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.428183  normal  0.0142975 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1207  RNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 
490 aa  73.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0557529  normal  0.0455501 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2134  RNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 
490 aa  73.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0332728  normal  0.0852814 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2646  RNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 
490 aa  73.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.807029  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2784  RNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 
490 aa  73.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.352446 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3124  RNA-directed DNA polymerase  30.41 
 
 
487 aa  73.6  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.125839  unclonable  0.0000204119 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0556  RNA-directed DNA polymerase  26.41 
 
 
549 aa  73.6  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  31.17 
 
 
568 aa  72.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2214  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  43.96 
 
 
364 aa  72.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1292  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.21 
 
 
434 aa  72  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.70829 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2705  RNA-directed DNA polymerase  27.83 
 
 
503 aa  72  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0443471 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2051  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3919  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4007  RNA-directed DNA polymerase  33.95 
 
 
483 aa  71.6  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174227  hitchhiker  0.00583447 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1498  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4151  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  30.05 
 
 
454 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1508  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2924  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1223  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1471  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.24 
 
 
434 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000733074  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2027  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.61 
 
 
470 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0167  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.61 
 
 
470 aa  70.5  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46020  RNA-directed DNA polymerase  32.09 
 
 
455 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5394  RNA-directed DNA polymerase  28.84 
 
 
461 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.172533  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0487  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.61 
 
 
470 aa  70.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0265658  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45820  group II intron maturase  32.09 
 
 
455 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0240  RNA-directed DNA polymerase  26.58 
 
 
634 aa  70.9  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.816988  normal  0.0174648 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1127  RNA-directed DNA polymerase  28.68 
 
 
449 aa  70.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.961113  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18750  RNA-directed DNA polymerase  32.09 
 
 
455 aa  70.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.844696  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>