31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_A0230 on replicon NC_010660
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010660  SbBS512_A0230  reverse transcriptase  100 
 
 		 100 aa  205  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.287968  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0056  reverse transcriptase  93.81 
 
 		 405 aa  188  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009788  EcE24377A_D0032  hypothetical protein  88 
 
 		 256 aa  179  8.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4019  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.7 
 
 		 415 aa  65.5  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2112  RNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1245  RNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1076  RNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00722331  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0963  RNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0470152  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0416  RNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 413 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2554  reverse transcriptase  39.08 
 
 		 183 aa  60.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3730  RNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.70483 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1001  reverse transcriptase  37.5 
 
 		 251 aa  59.7  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4539  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  33.33 
 
 		 413 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal  0.634482 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2104  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.78 
 
 		 413 aa  54.7  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0282857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6736  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.98 
 
 		 417 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.328111  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3413  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  32.98 
 
 		 417 aa  52.4  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.344584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1223  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.83 
 
 		 419 aa  51.2  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0131896  normal  0.0593975 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6095  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.83 
 
 		 419 aa  51.2  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.915935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5513  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.83 
 
 		 419 aa  51.2  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.561681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4903  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.83 
 
 		 419 aa  51.2  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.791512  normal  0.702459 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0629  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  31.18 
 
 		 411 aa  50.1  0.000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0626  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.67 
 
 		 441 aa  49.3  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000304657  hitchhiker  0.00000002328 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0275  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  36.73 
 
 		 354 aa  47.4  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1979  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.77 
 
 		 417 aa  46.2  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.312745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.77 
 
 		 350 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.951259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0653  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.77 
 
 		 417 aa  46.2  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.008692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2146  reverse transcriptase  50 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1400  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.29 
 
 		 607 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1402  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.29 
 
 		 607 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2962  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.29 
 
 		 607 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2964  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  34.29 
 
 		 607 aa  40.8  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>