More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6408 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6408  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 253 aa  522  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9824  type IV system transglycosylase  57.14 
 
 		 322 aa  284  9e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4565  lytic transglycosylase catalytic  55.21 
 
 		 314 aa  267  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0155983  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4180  lytic transglycosylase, catalytic  59.44 
 
 		 210 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  44.6 
 
 		 198 aa  126  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  38.25 
 
 		 203 aa  123  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  42.45 
 
 		 202 aa  122  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  38.14 
 
 		 204 aa  122  8e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  38.97 
 
 		 204 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  41.73 
 
 		 206 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  40.74 
 
 		 191 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  46.51 
 
 		 196 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  45.53 
 
 		 189 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4448  lytic transglycosylase, catalytic  47.5 
 
 		 250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  44.19 
 
 		 207 aa  109  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  47.41 
 
 		 263 aa  109  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2441  lytic transglycosylase, catalytic  44.85 
 
 		 300 aa  107  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0168706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  44.09 
 
 		 233 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  42.74 
 
 		 212 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0483  lytic transglycosylase, catalytic  45.08 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  43.17 
 
 		 304 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  41.98 
 
 		 214 aa  106  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  45 
 
 		 200 aa  105  6e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  42.76 
 
 		 297 aa  105  6e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  42.76 
 
 		 297 aa  105  6e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  37.5 
 
 		 206 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6203  Lytic transglycosylase catalytic  42.4 
 
 		 384 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0827287  normal  0.0199903 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0561  lytic transglycosylase, catalytic  47.79 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1911  soluble lytic murein transglycosylase  47.79 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0241391  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  43.86 
 
 		 245 aa  102  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  45.08 
 
 		 221 aa  101  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  43.09 
 
 		 244 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  45.08 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1015  lytic transglycosylase, catalytic  36.42 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  47.32 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0476  lytic transglycosylase, catalytic  44.27 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  41.3 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  46.9 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  37.66 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  48.21 
 
 		 204 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  43.48 
 
 		 273 aa  99  6e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  42.98 
 
 		 211 aa  99  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0929  Lytic transglycosylase catalytic  35.84 
 
 		 300 aa  98.6  8e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.316405  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  41.32 
 
 		 217 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  41.67 
 
 		 202 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  36.76 
 
 		 251 aa  98.6  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  44.83 
 
 		 208 aa  97.4  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  40.52 
 
 		 438 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  42.61 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  42.02 
 
 		 235 aa  96.7  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  37.63 
 
 		 222 aa  96.7  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  42.61 
 
 		 291 aa  96.3  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  42.98 
 
 		 197 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  42.11 
 
 		 281 aa  96.3  5e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000100876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1002  lytic transglycosylase, catalytic  48.57 
 
 		 271 aa  95.5  8e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578014  normal  0.810596 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  43.86 
 
 		 278 aa  95.5  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  48.08 
 
 		 215 aa  94.7  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  42.96 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  42.96 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  37.68 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  44.04 
 
 		 146 aa  94  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  43.1 
 
 		 215 aa  94  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  42.98 
 
 		 234 aa  93.6  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6881  Lytic transglycosylase catalytic  40.44 
 
 		 271 aa  93.2  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987079  normal  0.0912273 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  43.08 
 
 		 285 aa  93.2  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  45.3 
 
 		 261 aa  93.6  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  41.32 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  45.45 
 
 		 217 aa  93.2  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  50.48 
 
 		 201 aa  92.8  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  42.19 
 
 		 217 aa  93.2  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3686  lytic transglycosylase catalytic  40 
 
 		 209 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  39.5 
 
 		 442 aa  92.8  4e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  46.96 
 
 		 199 aa  93.2  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  40.98 
 
 		 188 aa  92.8  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  42.98 
 
 		 228 aa  92.8  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0307  lytic transglycosylase, catalytic  33.53 
 
 		 332 aa  92.4  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  44.74 
 
 		 239 aa  92.4  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  47.12 
 
 		 258 aa  92.4  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  39.55 
 
 		 283 aa  92.4  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  44.74 
 
 		 239 aa  92  8e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  44.74 
 
 		 239 aa  91.7  9e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2357  lytic transglycosylase, catalytic  41.54 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  43.75 
 
 		 326 aa  90.9  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  44.35 
 
 		 198 aa  90.5  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  44.74 
 
 		 239 aa  90.1  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  37.29 
 
 		 280 aa  90.1  3e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  40.35 
 
 		 174 aa  90.1  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  42.98 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  36.94 
 
 		 362 aa  89.4  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  42.98 
 
 		 251 aa  89.4  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  42.98 
 
 		 251 aa  89  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  42.98 
 
 		 251 aa  89  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  39.83 
 
 		 199 aa  89  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5084  lytic transglycosylase catalytic  40.26 
 
 		 290 aa  89  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0436378  normal  0.0244706 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  41.61 
 
 		 280 aa  88.2  1e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  35.61 
 
 		 195 aa  88.2  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  41.41 
 
 		 212 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  43.52 
 
 		 204 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  42.62 
 
 		 362 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  31.39 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>