More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6314 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_6314  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  100 
 
 
377 aa  758    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3577  ABC transporter related  72.38 
 
 
378 aa  481  1e-135  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00156339  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2159  ABC transporter, ATPase subunit  66.94 
 
 
377 aa  424  1e-117  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0833  ABC transporter related  66.94 
 
 
377 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0750  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.75 
 
 
352 aa  301  1e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000146357  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  44.38 
 
 
373 aa  300  3e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.7 
 
 
355 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.05 
 
 
384 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2987  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.9 
 
 
366 aa  288  1e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.238574  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  43.44 
 
 
367 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.44 
 
 
367 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.25 
 
 
365 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.07 
 
 
385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.99 
 
 
374 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  43.99 
 
 
374 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0082  ABC transporter related protein  43.06 
 
 
367 aa  283  3.0000000000000004e-75  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.193863  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.19 
 
 
378 aa  283  5.000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.32 
 
 
374 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.15 
 
 
367 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.77 
 
 
358 aa  281  1e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.53 
 
 
382 aa  281  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  43.66 
 
 
361 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.66 
 
 
361 aa  280  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0442  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.9 
 
 
374 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.826065  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50 
 
 
365 aa  280  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.62 
 
 
345 aa  280  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.65462  normal  0.048511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0411  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  42.9 
 
 
374 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0445  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.9 
 
 
374 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4791  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.17 
 
 
374 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  43.38 
 
 
361 aa  279  6e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.34 
 
 
393 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2208  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.33 
 
 
363 aa  278  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.103585  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  42.82 
 
 
364 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.26 
 
 
367 aa  278  1e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.56 
 
 
366 aa  277  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1453  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.44 
 
 
368 aa  277  3e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  46.18 
 
 
363 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1407  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.44 
 
 
370 aa  277  3e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.890613  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.34 
 
 
395 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.35 
 
 
377 aa  276  4e-73  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8492  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.2 
 
 
379 aa  276  5e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19245  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1518  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.98 
 
 
362 aa  276  6e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0467578  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  42.82 
 
 
393 aa  276  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0385  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.81 
 
 
367 aa  275  6e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.6 
 
 
364 aa  276  6e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.54 
 
 
364 aa  275  7e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1548  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.23 
 
 
361 aa  275  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5048  ABC transporter related  44.85 
 
 
353 aa  275  1.0000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0424  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.3 
 
 
368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.79 
 
 
364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.38 
 
 
380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4297  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.9 
 
 
364 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.762259  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  44.1 
 
 
369 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.27 
 
 
355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0982  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.84 
 
 
363 aa  273  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0889  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.41 
 
 
348 aa  273  4.0000000000000004e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000209161  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2383  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.28 
 
 
363 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1266  ABC transporter related  40.78 
 
 
365 aa  272  6e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.358849  normal  0.95628 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4321  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.01 
 
 
363 aa  272  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692532  normal  0.412011 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.89 
 
 
364 aa  272  6e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  43.26 
 
 
369 aa  272  7e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.91 
 
 
388 aa  272  7e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.64 
 
 
355 aa  272  7e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3228  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.57 
 
 
377 aa  272  7e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.999114  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.91 
 
 
388 aa  272  8.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.91 
 
 
388 aa  272  8.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  54.84 
 
 
372 aa  271  1e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1467  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.42 
 
 
362 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765075  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  43.27 
 
 
355 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0011  ABC transporter related  43.23 
 
 
359 aa  270  2e-71  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2153  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.98 
 
 
367 aa  271  2e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.200708  normal  0.986613 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1734  ABC transporter ATP-binding protein  43.84 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.281801  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3496  ABC transporter related  40.45 
 
 
386 aa  270  2.9999999999999997e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.149399  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2369  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.7 
 
 
373 aa  270  4e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.63 
 
 
357 aa  270  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2631  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.42 
 
 
358 aa  269  5e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3636  ABC transporter related  42.46 
 
 
369 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1592  ABC transporter related  40.95 
 
 
356 aa  268  8.999999999999999e-71  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.911818  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4799  ABC transporter related  43.16 
 
 
363 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.102455  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0101  ABC transporter related protein  40.67 
 
 
366 aa  268  1e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.9 
 
 
372 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.29 
 
 
383 aa  268  1e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.97 
 
 
382 aa  268  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1111  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  42.66 
 
 
384 aa  267  2e-70  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3244  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.98 
 
 
384 aa  267  2e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.290922  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.89 
 
 
372 aa  268  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  43.84 
 
 
364 aa  267  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3862  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.35 
 
 
360 aa  267  2.9999999999999995e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  decreased coverage  0.000929662  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  44.13 
 
 
363 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  44.32 
 
 
381 aa  266  4e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1292  ABC-type spermidine/putrescine transport system, ATPase component  44.22 
 
 
367 aa  266  5e-70  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1222  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.06 
 
 
363 aa  266  5.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  44.65 
 
 
365 aa  265  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.77 
 
 
372 aa  265  8e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2933  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  42.15 
 
 
365 aa  265  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927824  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6112  ABC transporter related  43.37 
 
 
368 aa  265  8e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614045  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.5 
 
 
423 aa  265  8.999999999999999e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  43.84 
 
 
359 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2913  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  55.41 
 
 
369 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1034  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.45 
 
 
359 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.330861  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>