More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4995 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4995  ABC transporter related  100 
 
 		 219 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0209263 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4077  ABC transporter related  56.68 
 
 		 219 aa  269  2e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0433978 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2127  ABC transporter related  54.38 
 
 		 225 aa  248  4e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5037  ABC transporter related  54.38 
 
 		 225 aa  248  4e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4084  ABC transporter related  52.53 
 
 		 269 aa  245  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.185467  normal  0.229237 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3839  ABC polysaccharide export transporter, ATPase subunit  52.53 
 
 		 273 aa  245  4e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00536302  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2758  ABC transporter related  53 
 
 		 229 aa  240  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.557326  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5580  ABC transporter related  53.74 
 
 		 217 aa  238  4e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.819808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3811  ABC transporter related  50.69 
 
 		 218 aa  230  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.545174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001783  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system ATPase component  50.97 
 
 		 217 aa  228  7e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0774  ABC transporter related  49.07 
 
 		 217 aa  224  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00137592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0815  ABC transporter related  49.07 
 
 		 217 aa  224  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.392518 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1659  ABC transporter related  46.26 
 
 		 217 aa  223  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0434  ABC transporter related  46.73 
 
 		 217 aa  224  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.554012  decreased coverage  0.00307291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0712  cell surface polysaccharide export ABC-2 transporter ATP-binding protein  49.28 
 
 		 217 aa  223  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517356  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3234  polysialic acid capsule biosynthesis transport protein KpsT  48.4 
 
 		 219 aa  221  7e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.953201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02776  hypothetical protein  48.84 
 
 		 225 aa  221  8e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000456764  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2730  ABC transporter related  50 
 
 		 216 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5954  ABC transporter related protein  48.61 
 
 		 218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0736  ABC transporter related  48.6 
 
 		 233 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0841853  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02827  Polysialic acid transport ATP-binding KpsT  49.04 
 
 		 219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2077  ABC transporter related  45.93 
 
 		 220 aa  213  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.475401 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2582  ABC transporter related  45.54 
 
 		 221 aa  212  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000122652 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3493  ABC transporter related  46.23 
 
 		 220 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.15394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2607  ABC transporter related  47 
 
 		 218 aa  210  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3903  ABC transporter related  44.91 
 
 		 217 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.106958 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3867  ABC transporter, ATPase subunit  44.95 
 
 		 217 aa  208  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.794513 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1781  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  46.76 
 
 		 220 aa  207  9e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1305  polysialic acid transport ATP-binding protein  46.82 
 
 		 220 aa  205  5e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0291  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  44.44 
 
 		 223 aa  204  9e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0292  ABC transporter related  46.67 
 
 		 218 aa  203  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0776  ABC transporter related  46.67 
 
 		 218 aa  203  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0623  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system ATPase component-like protein  44.65 
 
 		 286 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.563302 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1620  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  45.83 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1440  capsular polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  45.83 
 
 		 220 aa  202  3e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1152  ABC transporter related  44.5 
 
 		 217 aa  201  5e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.185217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2963  capsule polysaccharide exporter, ATP-binding protein  47.22 
 
 		 217 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.382388  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2576  ABC transporter related  47.22 
 
 		 217 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.502206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1335  BexA  45.45 
 
 		 217 aa  198  6e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0748  ABC transporter related  45.67 
 
 		 232 aa  198  6e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0660  ABC transporter related  44.86 
 
 		 215 aa  197  7e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.188715  normal  0.0364209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0745  ABC transporter related  44.98 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1505  ABC transporter related protein  45.64 
 
 		 224 aa  196  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1524  ABC transporter related  42.58 
 
 		 216 aa  192  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0720  ABC transporter related  45.1 
 
 		 215 aa  191  8e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3239  ABC transporter related  42.25 
 
 		 216 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1075  capsular polysaccharide export ABC transporter, ATP-binding protein  43.54 
 
 		 218 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.460756  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2304  capsule polysaccharide ABC transporter, ATP-binding protein  43.54 
 
 		 218 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3251  capsular polysaccharide export ABC transporter, ATP-binding protein  43.54 
 
 		 218 aa  189  4e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2182  capsular polysaccharide export ABC transporter, ATP-binding protein  43.54 
 
 		 218 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5731  polysialic acid transport ATP-binding protein KpsT  43.18 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3995  hypothetical protein  53.59 
 
 		 179 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.67953  normal  0.524106 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2344  ABC transporter related  40.74 
 
 		 217 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.268315  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03060  KpsT protein  39.91 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0585  capsule polysaccharide export  37.85 
 
 		 219 aa  172  3.9999999999999995e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1235  ABC transporter related  36.92 
 
 		 217 aa  163  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.000953894  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0655  ABC transporter related  35.51 
 
 		 219 aa  157  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1404  ABC transporter related  40.72 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4940  ATPase component ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system  37.56 
 
 		 230 aa  154  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3656  ABC transporter related  33.64 
 
 		 219 aa  148  5e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.340001  normal  0.381344 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14680  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system, ATPase component  38.34 
 
 		 264 aa  148  6e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.21715  hitchhiker  0.00000227338 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3976  ABC polysaccharide/polyol phosphate export pump, ATPase subunit  37 
 
 		 435 aa  148  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3032  ABC transporter related  38.78 
 
 		 478 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0524  capsular polysaccharide export ABC transporter, ATP-binding protein  46.48 
 
 		 157 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.216602  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2537  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system ATPase component  37.62 
 
 		 261 aa  142  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.481808  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4203  ABC transporter related  34 
 
 		 429 aa  138  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3883  ABC transporter related  36 
 
 		 435 aa  137  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3964  ABC transporter related  34.13 
 
 		 416 aa  137  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0319  ABC transporter related  36.81 
 
 		 455 aa  136  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.746089  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4048  ABC transporter-like  35.47 
 
 		 438 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.192199  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3931  ABC transporter related  37.5 
 
 		 446 aa  136  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.28105 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3138  ABC transporter related  37.06 
 
 		 248 aa  135  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.303207  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1244  ATPase  37.7 
 
 		 432 aa  135  4e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000485389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0267  ABC transporter, ATP-binding protein  37.02 
 
 		 393 aa  135  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0258  teichoic acid ABC transporter, ATP-binding protein  37.02 
 
 		 393 aa  135  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.591721  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0326  ABC transporter related  37 
 
 		 430 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.702087 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5670  ABC transporter related protein  37.5 
 
 		 253 aa  134  9e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0408186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1314  ABC transporter related  38.07 
 
 		 424 aa  134  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.471926  normal  0.0317706 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4318  ABC transporter related  36.63 
 
 		 456 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.976448 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1747  ABC transporter related  33.97 
 
 		 400 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2757  ABC transporter related  33.17 
 
 		 408 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26780  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system, ATPase component  39.7 
 
 		 264 aa  132  3e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.77258 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0545  ABC transporter related  35.18 
 
 		 816 aa  132  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.4863 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0264  ABC transporter, ATP-binding protein  36.18 
 
 		 390 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0255  teichoic acid translocation ATP-binding protein  36.36 
 
 		 390 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1362  ABC transporter related  34.16 
 
 		 472 aa  132  3e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0452028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3133  ABC transporter related  32.14 
 
 		 423 aa  132  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2633  ABC transporter related  39.34 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4204  ABC transporter related  36.18 
 
 		 424 aa  131  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.257703 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08890  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate transport system, ATPase component  39.34 
 
 		 247 aa  131  6.999999999999999e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.382609 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3870  ABC transporter related protein  35.64 
 
 		 296 aa  131  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2267  O-antigen export system ATP-binding protein RfbB  34.1 
 
 		 246 aa  131  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3643  ABC transporter related  35.47 
 
 		 443 aa  131  9e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000162695  decreased coverage  0.0000834131 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0028  ABC transporter related  37.36 
 
 		 472 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1285  ABC transporter-related protein  35.68 
 
 		 251 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4145  ABC transporter-related protein  35.82 
 
 		 429 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179677 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0293  ABC transporter related  36.96 
 
 		 397 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1387  ABC transporter related  40.22 
 
 		 402 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3694  ABC transporter related  37.16 
 
 		 429 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0293  ABC transporter related  36.96 
 
 		 397 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>