249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4563 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4563  carbamoyl phosphate synthase-like protein  100 
 
 		 330 aa  671    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1133  protein of unknown function DUF201  33.43 
 
 		 342 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2623  hypothetical protein  34.58 
 
 		 341 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0385  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 		 677 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1520  carbamoyl phosphate synthase-like protein  27.45 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0481  protein of unknown function DUF201  29.34 
 
 		 375 aa  120  3e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0753  carbamoyl phosphate synthase-like protein  30.46 
 
 		 326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.564232 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3289  protein of unknown function DUF201  29.79 
 
 		 361 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0509227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0421  hypothetical protein  24.76 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4794  protein of unknown function DUF201  31.47 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0533  carbamoyl phosphate synthase-like protein  26.93 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22630  biotin carboxylase  30.49 
 
 		 333 aa  94.7  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.405302 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0836  protein of unknown function DUF201  27.32 
 
 		 351 aa  95.1  2e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.532579  normal  0.0458825 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1972  hypothetical protein  27.65 
 
 		 349 aa  93.6  4e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3255  protein of unknown function DUF201  30.66 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0588  carbamoyl phosphate synthase-like protein  27.61 
 
 		 320 aa  91.3  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2522  carbamoyl phosphate synthase-like protein  26.13 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000809265 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3820  carbamoyl phosphate synthase-like protein  31.62 
 
 		 343 aa  84  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.937743  normal  0.217924 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0637  hypothetical protein  29.43 
 
 		 484 aa  82.8  0.000000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.110504  normal  0.0645726 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1270  protein of unknown function DUF201  30.13 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.462862 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0342  protein of unknown function DUF201  28.62 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1774  hypothetical protein  28.03 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2484  carbamoyl phosphate synthase-like protein  28.84 
 
 		 354 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.834927  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1462  protein of unknown function DUF201  25.62 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.127358  normal  0.969827 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1919  hypothetical protein  27.27 
 
 		 284 aa  69.3  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.57396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6289  hypothetical protein  29.58 
 
 		 325 aa  69.7  0.00000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2876  hypothetical protein  22.86 
 
 		 734 aa  65.1  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1935  carbamoyl phosphate synthase-like protein  27.65 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3212  protein of unknown function DUF201  24.26 
 
 		 322 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0098  protein of unknown function DUF201  25.1 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2627  D-alanine--D-alanine ligase  30.28 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000105454 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19040  carbamoylphosphate synthase large subunit  26.57 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.127791 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  29.58 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  29.58 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2741  D-alanine--D-alanine ligase  29.44 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.199895  hitchhiker  0.00000666317 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0662  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23.82 
 
 		 1072 aa  53.9  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2582  D-alanine--D-alanine ligase  29.44 
 
 		 304 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0632  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.56 
 
 		 1120 aa  53.5  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298922  normal  0.175677 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4102  D-alanine--D-alanine ligase  34.31 
 
 		 311 aa  53.5  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.422713 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  29.21 
 
 		 304 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  29.21 
 
 		 304 aa  53.1  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0371  hypothetical protein  25.34 
 
 		 290 aa  52.8  0.000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.0000731332  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  28.67 
 
 		 304 aa  52.8  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  29.37 
 
 		 304 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6388  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.96 
 
 		 422 aa  52.4  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.357309  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1990  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25.35 
 
 		 1046 aa  52  0.00001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.950925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0639  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  22.96 
 
 		 1079 aa  51.6  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0789  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  22.96 
 
 		 1079 aa  51.6  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0914  hypothetical protein  24.55 
 
 		 349 aa  51.6  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1840  acetyl-CoA carboxylase biotin carboxylase subunit  25.54 
 
 		 450 aa  51.2  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4702  protein of unknown function DUF201  24.52 
 
 		 346 aa  51.6  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0701331  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5257  protein of unknown function DUF201  28 
 
 		 363 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0361  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.94 
 
 		 1109 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.175688  normal  0.763709 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0044  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  22.58 
 
 		 479 aa  51.2  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.328984  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1093  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP- binding  26.87 
 
 		 459 aa  50.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0818  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.48 
 
 		 1113 aa  50.8  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459239  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0917  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  24.1 
 
 		 1131 aa  50.8  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0045  carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  24.92 
 
 		 604 aa  50.8  0.00003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.308823  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05999  carbamoyl-phosphate synthetase, arginine-specific large chain (Eurofung)  22.66 
 
 		 1173 aa  50.4  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3357  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  22.49 
 
 		 1112 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0668  ATP-grasp protein-like protein  21.99 
 
 		 393 aa  49.7  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  27.93 
 
 		 311 aa  50.1  0.00006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3514  carbamoyl phosphate synthase large subunit  25.5 
 
 		 1067 aa  50.1  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191871  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0124  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.5 
 
 		 938 aa  49.7  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1251  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23.41 
 
 		 1067 aa  50.1  0.00006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0200  hypothetical protein  24.78 
 
 		 405 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.214933  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1370  carbamoyl-phosphate synthase large chain  24.58 
 
 		 1073 aa  49.7  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.636117  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1120  Carbamoyl-phosphate synthase L chain ATP-binding  23.86 
 
 		 554 aa  49.7  0.00007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0373  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23.2 
 
 		 1075 aa  49.3  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1430  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  24.58 
 
 		 1073 aa  49.7  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4016  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  25.81 
 
 		 1065 aa  48.9  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1971  argininosuccinate lyase  27.34 
 
 		 891 aa  48.5  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1033  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23.95 
 
 		 1102 aa  48.9  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1879  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.8 
 
 		 1110 aa  48.5  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.99136 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2475  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.17 
 
 		 1109 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0559306  normal  0.209365 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2175  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.42 
 
 		 1082 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.321083  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0418  hypothetical protein  25.82 
 
 		 411 aa  48.1  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5515  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.01 
 
 		 422 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.330375  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5879  phosphoribosylglycinamide synthetase  27.01 
 
 		 422 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.521142  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1308  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  20.65 
 
 		 1082 aa  48.5  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0363  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  24.04 
 
 		 1099 aa  48.5  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.948928  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1645  hypothetical protein  23 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.428665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1188  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  29.48 
 
 		 404 aa  47.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.265969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3603  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.83 
 
 		 1067 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0849  carbamoyl phosphate synthase large subunit  21.47 
 
 		 1087 aa  47.8  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.173852 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1349  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  30.18 
 
 		 464 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.608306  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0443  acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase  24.06 
 
 		 449 aa  47.4  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0872  carbamoyl phosphate synthase large subunit  21.24 
 
 		 1075 aa  47.4  0.0003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3672  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.83 
 
 		 1067 aa  47.4  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0247546  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0008  carbamoyl phosphate synthase large subunit  24.85 
 
 		 1080 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.196188  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0009  D-alanine/D-alanine ligase  29.41 
 
 		 338 aa  47.8  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.542001  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0085  carbamoylphosphate synthase large subunit  22.89 
 
 		 1127 aa  47.4  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1196  phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2  29.48 
 
 		 404 aa  47.8  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.517415  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1395  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.33 
 
 		 1087 aa  47  0.0004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.943513  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2374  carbamoyl phosphate synthase large subunit  21.75 
 
 		 1071 aa  47  0.0004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.128175  normal  0.572238 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2897  carbamoyl phosphate synthase large subunit  21.54 
 
 		 1067 aa  47.4  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1254  carbamoyl phosphate synthase large subunit  22.8 
 
 		 1074 aa  47.4  0.0004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.179154  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1672  carbamoyl phosphate synthase large subunit  23.53 
 
 		 1107 aa  47.4  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0380  carbamoyl-phosphate synthase, large subunit  23 
 
 		 1099 aa  47  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2560  argininosuccinate lyase  26.39 
 
 		 904 aa  47  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>